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zhangguangping木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[資源]
Gromacs 4.5.5安裝記錄
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1編譯fftw單雙精度版(fftw的精度版本要與Gromacs保持一致)(http://www.fftw.org/download.html) tar zxvf fftw-3.3.2.tar.gz cd fftw-3.3.2.tar.gz 單精度版本 ./configure --enable-float --enable-mpi --enable-sse --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2 make make install 雙精度版本 ./configure --enable-sse --enable-mpi --enable-shared --prefix=/usr/local/software/fftw-3.3.2 make make install 設(shè)置fftw環(huán)境變量 export CPPFLAGS=”-I/home/fftw-3.1.2/include” export LDFLAGS=”-L/home/fftw-3.1.2/lib” 2.編譯Gromacs 利用fftw編譯 ./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 --enable-shared --with-fft=fftw3 --enable-mpi --disable-gcc41-check 利用mkl編譯，速度稍快 ./configure --prefix=/usr/local/software/gromacs-4.5.5 CC=mpicc F77=mpif90 --enable-shared --with-fft=mkl LIBS="-L/opt/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_core -lmkl_em64t -lguide –lpthread" --enable-mpi --disable-gcc41-check 注：--disable-gcc41-check是因?yàn)镃語(yǔ)言編譯采用了gcc并且是4.1.2版本，gromacs提示該版本對(duì)于高級(jí)優(yōu)化可能會(huì)有bug,所以可以用這個(gè)選項(xiàng)，繼續(xù)使用4.1.2版本，或者選擇別的C編譯器 make make mdrun make install make install-mdrun 環(huán)境設(shè)置： 寫(xiě)入用戶bash source /usr/local/software/gromacs-4.5.5/bin/GMXRC 注意：修改 export CPPFLAGS=”-I/usr/local/software/fftw-3.3.2/include” export LDFLAGS=”-L/usr/local/software/fftw-3.3.2/lib” [ Last edited by zhangguangping on 2014-3-15 at 00:53 ] |
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5樓2014-01-05 14:14:41
zhangguangping
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 71 (初中生)
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6樓2014-05-30 00:36:17
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游子89212樓
2012-09-03 15:33
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love52643樓
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