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yangisyoung金蟲 (小有名氣)
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[求助]
GROMACS運行出錯了，求助中 已有3人參與
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大俠們， 我在運行GROMACS的時候能夠出現(xiàn)輸出文件，但是mdrun_mpi迅速終止了，然后*.o文件出現(xiàn)這樣的報錯信息： [node7:03155] *** Process received signal *** [node7:03155] Signal: Segmentation fault (11) [node7:03155] Signal code: Address not mapped (1) [node7:03155] Failing at address: 0x2b4b7b6b3570 [node7:03153] *** Process received signal *** [node7:03153] Signal: Segmentation fault (11) [node7:03153] Signal code: Address not mapped (1) [node7:03153] Failing at address: 0x38587920 [node7:03155] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3fc9c0f4a0] [node7:03155] [ 1] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(nb_kernel_ElecCSTab_VdwCSTab_GeomW3P1_VF_avx_256_single+0x998) [0x2b4b6ef6cc28] [node7:03155] [ 2] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(do_nonbonded+0xe51) [0x2b4b6ecac481] [node7:03155] [ 3] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_lowlevel+0x177c) [0x2b4b6e8ddc5c] [node7:03155] [ 4] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_cutsGROUP+0x1a5d) [0x2b4b6e8759bd] [node7:03155] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x77f2) [0x431a52] [node7:03155] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0x1441) [0x410b71] [node7:03155] [ 7] mdrun_mpi(cmain+0x183e) [0x43603e] [node7:03155] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3fc981ecdd] [node7:03155] [ 9] mdrun_mpi() [0x407189] [node7:03155] *** End of error message *** [node7:03153] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3fc9c0f4a0] [node7:03153] [ 1] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(nb_kernel_ElecCSTab_VdwNone_GeomW3P1_VF_avx_256_single+0x7da) [0x2acc900d7dfa] [node7:03153] [ 2] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(do_nonbonded+0xe89) [0x2acc8fe024b9] [node7:03153] [ 3] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_lowlevel+0x177c) [0x2acc8fa33c5c] [node7:03153] [ 4] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_cutsGROUP+0x1a5d) [0x2acc8f9cb9bd] [node7:03153] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x77f2) [0x431a52] [node7:03153] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0x1441) [0x410b71] [node7:03153] [ 7] mdrun_mpi(cmain+0x183e) [0x43603e] [node7:03153] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3fc981ecdd] [node7:03153] [ 9] mdrun_mpi() [0x407189] [node7:03153] *** End of error message *** [node7:03156] *** Process received signal *** [node7:03156] Signal: Segmentation fault (11) [node7:03156] Signal code: Address not mapped (1) [node7:03156] Failing at address: 0x2b8e7019c890 [node7:03156] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3fc9c0f4a0] [node7:03156] [ 1] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(nb_kernel_ElecCSTab_VdwCSTab_GeomW3P1_VF_avx_256_single+0x9b5) [0x2b8e63a45c45] [node7:03156] [ 2] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(do_nonbonded+0xe51) [0x2b8e63785481] [node7:03156] [ 3] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_lowlevel+0x177c) [0x2b8e633b6c5c] [node7:03156] [ 4] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_cutsGROUP+0x1a5d) [0x2b8e6334e9bd] [node7:03156] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x77f2) [0x431a52] [node7:03156] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0x1441) [0x410b71] [node7:03156] [ 7] mdrun_mpi(cmain+0x183e) [0x43603e] [node7:03156] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3fc981ecdd] [node7:03156] [ 9] mdrun_mpi() [0x407189] [node7:03156] *** End of error message *** -------------------------------------------------------------------------- mpirun noticed that process rank 0 with PID 3153 on node node7 exited on signal 11 (Segmentation fault). -------------------------------------------------------------------------- 有誰知道這樣的問題如何解決呢？ 提前說聲謝謝啦 |
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月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-19 20:32:01
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2樓2014-03-19 11:09:28
yangisyoung
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6樓2014-03-20 13:38:29
yangisyoung
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謝謝您的回復(fù)，我把輸入和輸出文件作為附件貼出來了 輸入文件包括提交作業(yè)的PBS文件，top文件，tpr文件，gro文件，mdp文件 輸出文件包括edr以及trr文件（文件都是零字節(jié)，所以沒有貼上），還有l(wèi)og文件和集群機.o文件。。。 |
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- 附件 2 : ethanol.top
- 附件 3 : ethanol.gro
- 附件 4 : ethanol_direct.0.mdp
- 附件 5 : ethanol.0.tpr
- 附件 6 : ethanol.0.log
- 附件 7 : GMX.try5.o592
2014-03-21 09:40:26, 226 bytes
2014-03-21 09:40:54, 4.2 K
2014-03-21 09:41:09, 181.59 K
2014-03-21 09:41:18, 3.22 K
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月只藍(lán): 金幣+2, 應(yīng)助指數(shù)+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-21 16:50:17
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8樓2014-03-21 13:31:25
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9樓2014-03-21 14:42:02
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