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yangisyoung

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[求助] GROMACS運(yùn)行出錯了，求助中已有3人參與

大俠們，我在運(yùn)行GROMACS的時候能夠出現(xiàn)輸出文件，但是mdrun_mpi迅速終止了，然后*.o文件出現(xiàn)這樣的報錯信息：

[node7:03155] *** Process received signal ***
[node7:03155] Signal: Segmentation fault (11)
[node7:03155] Signal code: Address not mapped (1)
[node7:03155] Failing at address: 0x2b4b7b6b3570
[node7:03153] *** Process received signal ***
[node7:03153] Signal: Segmentation fault (11)
[node7:03153] Signal code: Address not mapped (1)
[node7:03153] Failing at address: 0x38587920
[node7:03155] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3fc9c0f4a0]
[node7:03155] [ 1] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(nb_kernel_ElecCSTab_VdwCSTab_GeomW3P1_VF_avx_256_single+0x998) [0x2b4b6ef6cc28]
[node7:03155] [ 2] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(do_nonbonded+0xe51) [0x2b4b6ecac481]
[node7:03155] [ 3] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_lowlevel+0x177c) [0x2b4b6e8ddc5c]
[node7:03155] [ 4] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_cutsGROUP+0x1a5d) [0x2b4b6e8759bd]
[node7:03155] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x77f2) [0x431a52]
[node7:03155] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0x1441) [0x410b71]
[node7:03155] [ 7] mdrun_mpi(cmain+0x183e) [0x43603e]
[node7:03155] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3fc981ecdd]
[node7:03155] [ 9] mdrun_mpi() [0x407189]
[node7:03155] *** End of error message ***
[node7:03153] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3fc9c0f4a0]
[node7:03153] [ 1] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(nb_kernel_ElecCSTab_VdwNone_GeomW3P1_VF_avx_256_single+0x7da) [0x2acc900d7dfa]
[node7:03153] [ 2] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(do_nonbonded+0xe89) [0x2acc8fe024b9]
[node7:03153] [ 3] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_lowlevel+0x177c) [0x2acc8fa33c5c]
[node7:03153] [ 4] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_cutsGROUP+0x1a5d) [0x2acc8f9cb9bd]
[node7:03153] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x77f2) [0x431a52]
[node7:03153] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0x1441) [0x410b71]
[node7:03153] [ 7] mdrun_mpi(cmain+0x183e) [0x43603e]
[node7:03153] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3fc981ecdd]
[node7:03153] [ 9] mdrun_mpi() [0x407189]
[node7:03153] *** End of error message ***
[node7:03156] *** Process received signal ***
[node7:03156] Signal: Segmentation fault (11)
[node7:03156] Signal code: Address not mapped (1)
[node7:03156] Failing at address: 0x2b8e7019c890
[node7:03156] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x3fc9c0f4a0]
[node7:03156] [ 1] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(nb_kernel_ElecCSTab_VdwCSTab_GeomW3P1_VF_avx_256_single+0x9b5) [0x2b8e63a45c45]
[node7:03156] [ 2] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libgmx_mpi.so.8(do_nonbonded+0xe51) [0x2b8e63785481]
[node7:03156] [ 3] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_lowlevel+0x177c) [0x2b8e633b6c5c]
[node7:03156] [ 4] /public/software/gromacs-4.6.5/bin/../lib/libmd_mpi.so.8(do_force_cutsGROUP+0x1a5d) [0x2b8e6334e9bd]
[node7:03156] [ 5] mdrun_mpi(do_md+0x77f2) [0x431a52]
[node7:03156] [ 6] mdrun_mpi(mdrunner+0x1441) [0x410b71]
[node7:03156] [ 7] mdrun_mpi(cmain+0x183e) [0x43603e]
[node7:03156] [ 8] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x3fc981ecdd]
[node7:03156] [ 9] mdrun_mpi() [0x407189]
[node7:03156] *** End of error message ***
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 3153 on node node7 exited on signal 11 (Segmentation fault).
--------------------------------------------------------------------------
有誰知道這樣的問題如何解決呢？

提前說聲謝謝啦

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1樓 2014-03-19 09:57:55

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smutao

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-19 20:32:01

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2樓2014-03-19 11:09:28

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yangisyoung

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好吧在端口直接運(yùn)行也有問題一樣的

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3樓2014-03-20 10:14:44

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jiaoyixiong

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月只藍(lán): 金幣+2, 應(yīng)助指數(shù)+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-21 16:49:42

在端口直接運(yùn)行也有問題一樣的？？
如果是運(yùn)行第一步就有這樣的問題，請仔細(xì)檢查你的模型建立的是否合理，尤其是邊界條件設(shè)置，用VMD好好看看

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4樓2014-03-20 10:43:21

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-03-21 16:50:01

引用回帖:

4樓: Originally posted by jiaoyixiong at 2014-03-20 10:43:21
在端口直接運(yùn)行也有問題一樣的？？
如果是運(yùn)行第一步就有這樣的問題，請仔細(xì)檢查你的模型建立的是否合理，尤其是邊界條件設(shè)置，用VMD好好看看

md.log文件中可能會有出錯提示吧

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5樓2014-03-20 13:32:01

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smutao

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月只藍(lán): 金幣+1, 應(yīng)助指數(shù)+1, 鼓勵交流！ 2014-03-21 16:50:07

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6樓2014-03-20 13:38:29

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yangisyoung

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6樓: Originally posted by smutao at 2014-03-20 13:38:29
groamcs并行版本如果不指定調(diào)用cpu線程數(shù)目，會自動調(diào)用多核，建議使用單個線程運(yùn)行。
另外請將輸出文件貼出

謝謝您的回復(fù)，我把輸入和輸出文件作為附件貼出來了

輸入文件包括提交作業(yè)的PBS文件，top文件，tpr文件，gro文件，mdp文件

輸出文件包括edr以及trr文件（文件都是零字節(jié)，所以沒有貼上），還有l(wèi)og文件和集群機(jī).o文件。。。

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2014-03-21 09:40:26, 226 bytes

附件 2 : ethanol.top

2014-03-21 09:40:54, 4.2 K

附件 3 : ethanol.gro

2014-03-21 09:41:09, 181.59 K

附件 4 : ethanol_direct.0.mdp

2014-03-21 09:41:18, 3.22 K

附件 5 : ethanol.0.tpr

2014-03-21 09:41:53, 68.98 K

附件 6 : ethanol.0.log

2014-03-21 09:42:40, 12.24 K

附件 7 : GMX.try5.o592

2014-03-21 09:42:51, 11.35 K

7樓2014-03-21 09:47:38

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smutao

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8樓2014-03-21 13:31:25

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8樓: Originally posted by smutao at 2014-03-21 13:31:25
看了你的腳本
#PBS -l nodes=1:ppn=2
。。。
mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 4 mdrun_mpi -deffnm ethanol.0

把-np 4改成 -np 2
試試

唉還是不行太郁悶了

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9樓2014-03-21 14:42:02

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5樓: Originally posted by aileen2010 at 2014-03-20 13:32:01
md.log文件中可能會有出錯提示吧...

他是在作計算的第一步崩潰的
例子是tutorial 上面的
我用過好幾個不同的tutorial 都是這樣出錯

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10樓2014-03-21 14:44:54

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