版塊導航: 正在加載中...

登錄注冊

應《網(wǎng)絡安全法》要求，自2017年10月1日起，未進行實名認證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進行手機號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

北京石油化工學院2026年研究生招生接收調劑公告

返回列表

liusha80167

木蟲 (正式寫手)

應助: 0 (幼兒園)
金幣: 3708.8
散金: 435
紅花: 1
帖子: 608
在線: 71.6小時
蟲號: 461664
注冊: 2007-11-18
性別: MM
專業(yè): 基因組學

[交流] 【求助/交流】求生物信息高手指教

今天做了個blastn 部分結果很奇怪，以前從來沒遇到過，還請高手幫忙解決：
output文件：
BLASTN 2.2.18 [Mar-02-2008]

Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
"Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.

Query= 1452_1848_129,28,+;3609_x1
      (28 letters)

Database: Publicknow_TE.gff.seq
         431,743 sequences; 90,834,805 total letters

Searching..................................................done

                                                               Score E
Sequences producing significant alignments:                   (bits) Value

scaffold1883_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00399324  Target ... 32 0.092
nscaf3026_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00303428  Target "L1... 32 0.092
nscaf2865_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00182017  Target "gy... 32 0.092
nscaf2948_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00242753  Target "L1... 30 0.28
                                    ...................................

>scaffold1060_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00389796  target "TRAS3-2" 4324 1  class "LINE-BM"_1_-
      Length = 1557

Score = 28.5 bits (17), Expect = 0.83
Identities = 4/19 (21%)
Strand = Plus / Plus

Query: 3    cattttaaggaaataattt 21
                              | | |       |
Sbjct: 458 tcggaaccagaatggggct 476

>nscaf2948_TransposonPrediction BGIBMKNOWNTEA00242753  Target "L1Bm-2" 193 298  class          "LINE-BM"_261_+
      Length = 108

Score = 30.1 bits (18), Expect = 0.28
Identities = 0/28 (0%)
Strand = Plus / Plus

Query: 1 tacattttaaggaaataattttaactag 28

Sbjct: 194                                           221

命令如下：nohup blastall -p blastn -i inputfile -o outputfile -d ./database -W 7 -q -1 -F F -I T &

所有文件均為fasta格式

回復此樓

» 猜你喜歡

不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI” 已經(jīng)有0人回復
納米粒度分析已經(jīng)有3人回復
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費? 已經(jīng)有118人回復
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京已經(jīng)有0人回復
留學--博士招生已經(jīng)有16人回復
化學工程，本211，求調劑，ab區(qū)不限已經(jīng)有4人回復
湖北師范大學招調劑啦已經(jīng)有6人回復
邵陽學院食品與化學工程學院碩士調劑已經(jīng)有0人回復
天津商業(yè)大學生物與醫(yī)藥課題組招生已經(jīng)有0人回復
生物化工學碩招收調劑已經(jīng)有0人回復

我就用這個表情面對科研，愛咋咋地

1樓 2010-07-05 16:23:51

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

智能機器人

Robot (super robot)

我們都愛小木蟲

找到一些相關的精華帖子，希望有用哦~

求PCR高手來�。。。�！已經(jīng)有14人回復
PCR高手請進！這個PCR 擴增條件看不懂，求高手指點！急！急！已經(jīng)有5人回復
DEAE-Sepharose Fast Flow column純化問題，求高手指教已經(jīng)有9人回復
國內生物醫(yī)學材料就業(yè)前景怎樣？請高人指點。。。已經(jīng)有43人回復
VSAP計算中出現(xiàn)這個提示是什么問題啊，求高手已經(jīng)有18人回復
求高人指教細胞房用酸缸的配制方法已經(jīng)有6人回復
欲PCR擴增4200bp左右的目的片段，一直得不到目的條帶，求高人指教！已經(jīng)有25人回復
求助分析蛋白的生物信息學分析方法已經(jīng)有8人回復
請問有沒有人用殼寡糖做膜的呢？求高手指教已經(jīng)有14人回復
如何用一直的一小段EST得到基因全長，求高手指教~ 已經(jīng)有7人回復
萬惡的淀粉水解圈啊。。。求高人指教。已經(jīng)有10人回復
最近用HB2151表達遇到以下情況，懇請高手指教已經(jīng)有6人回復
要做蛋白純化了，求高手指教注意細節(jié) 已經(jīng)有8人回復
PCR引物的量如何確定，求助高手指教已經(jīng)有11人回復
大腸桿菌表達蛋白提取總不成功，求助高手指教！已經(jīng)有5人回復
用過pET28a(+)表達載體的高人請指教已經(jīng)有31人回復
求高手指點witting反應已經(jīng)有14人回復
【求助/交流】請求高手指點，幫忙解釋下TMHMM預測結果已經(jīng)有14人回復
【求助/交流】PCR沒有結果，希望高手指教已經(jīng)有29人回復
【求助/交流】求高人指教凍存管掉液氮罐里了咋辦呢已經(jīng)有5人回復
NCBI blast 結果一些參數(shù)的含義求高手指點已經(jīng)有12人回復

點擊這里搜索更多相關資源

科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人

相關版塊跳轉我要訂閱樓主 liusha80167 的主題更新