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ter20鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】g09如何指定內(nèi)存 已有4人參與
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用了g09之后，還是像過(guò)去用g03那樣，用"%mem=800MW"指定內(nèi)存，可是交了任務(wù)開(kāi)始算后，總是顯示如下： 內(nèi)存總是顯示只用了零點(diǎn)幾或是一點(diǎn)幾，不知道是指定內(nèi)存的關(guān)鍵字用錯(cuò)了（個(gè)人覺(jué)得不是，因?yàn)間09沒(méi)有報(bào)錯(cuò)），還是g09的問(wèn)題？（機(jī)器應(yīng)該沒(méi)有問(wèn)題，因?yàn)橛胓03和別的軟件都不存在這個(gè)問(wèn)題） 希望高手解答，多謝了！ |
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aylayl08(金幣+1):感謝討論 2010-07-07 15:18:42
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2085070 我早就發(fā)現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題了，無(wú)解 |
2樓2010-07-06 21:23:42
sunlong650
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3樓2010-07-06 21:35:22
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aylayl08(金幣+8):感謝詳細(xì)介紹 2010-07-07 15:19:21
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aylayl08(金幣+8):感謝詳細(xì)介紹 2010-07-07 15:19:21
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知道800mw相當(dāng)于多少mb嗎？是6400mb= 6.4GB gaussian說(shuō)明書(shū)中提到計(jì)算效率的時(shí)候有說(shuō)明各個(gè)計(jì)算任務(wù)所需內(nèi)存大小的估算 普通計(jì)算過(guò)程如L401，L502等計(jì)算所需內(nèi)存一般僅有幾十兆或幾百兆就可以了 當(dāng)然體系大些所需內(nèi)存也會(huì)相應(yīng)增加 與basis set成二次方 如果指定的內(nèi)存很大，計(jì)算任務(wù)用不了那么大，就會(huì)有很多空閑內(nèi)存。系統(tǒng)需要去處理一下去選擇多少內(nèi)存合適。這樣也會(huì)降低一些計(jì)算效率的。 當(dāng)計(jì)算freq也就是在L1102進(jìn)程中，對(duì)內(nèi)存的需求比較大，有一個(gè)命令freqmem 可以幫你計(jì)算一個(gè)體系所需內(nèi)存的大小，與開(kāi)殼層閉殼層、basis set數(shù)目、原子數(shù)目、基組劈裂方式等有關(guān)。 另外串行和并行之間內(nèi)存的需求也是不同的，如1nproc所需內(nèi)存為1GB，2nproc則為1.75GB,有一個(gè)公式可以幫助大家估算并行的內(nèi)存：Mem(n proc) = Mem (1 proc) *（0.75* n + 0.25） 因此，提交任務(wù)之前最好估算一下計(jì)算所需內(nèi)存的估算值。這樣才能保證較高的計(jì)算效率。 如果計(jì)算任務(wù)設(shè)定的內(nèi)存小于所需內(nèi)存，則在計(jì)算的時(shí)候就會(huì)被迫降低效率或是使用更大的硬盤(pán)來(lái)彌補(bǔ)內(nèi)存的不足，內(nèi)存最好不要小于計(jì)算所需最小值； 例如當(dāng)內(nèi)存不夠用的時(shí)候，計(jì)算freq時(shí)常常出現(xiàn) CoulSu: requested number of processors reduced to: 1 ShMem 1 Linda 這是gaussian進(jìn)行了降低并行效率的處理。這個(gè)時(shí)候你會(huì)發(fā)現(xiàn)cpu的并行數(shù)目要小于你的設(shè)定值。 當(dāng)物理內(nèi)存或是硬盤(pán)不能滿(mǎn)足所需內(nèi)存的最小值時(shí)，就會(huì)報(bào)錯(cuò)停止計(jì)算，好像是出現(xiàn)Netrr Error。 希望會(huì)對(duì)大家有幫助。 [ Last edited by xiaoma541 on 2010-7-6 at 22:59 ] |
4樓2010-07-06 22:54:36
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5樓2010-07-07 09:28:13
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7樓2010-07-07 13:01:50
8樓2010-07-07 13:06:37
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