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qqfly2003

銀蟲 (初入文壇)

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[交流] 【求助】虛頻消除問(wèn)題--虛頻振動(dòng)坐標(biāo)能找到，怎么找不到相應(yīng)的原坐標(biāo) 已有2人參與

網(wǎng)上找到一個(gè)方法：
找到虛頻振動(dòng)坐標(biāo)
把xsd存為mol,用寫字板打開，里面有各原子坐標(biāo)
把虛頻坐標(biāo)一半加到相應(yīng)原子坐標(biāo)上，以之為初始即可
問(wèn)題：打開Fe2Ge5-1-D5h.mol
  MatStudio       3D                            0

  7 15  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
-5.4950 0.7640 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.7560 -1.0250 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.4830 -0.1005 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-1.3029 2.3467 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.5402 3.4508 -0.0099 Ge  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.4375 1.3215 1.1536 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
-3.4375 1.3215 -1.1733 Fe  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
  3  2  1  0  0  0
  4  3  1  0  0  0
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  1  5  1  0  0  0
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  5  7  1  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  3  7  1  0  0  0
  2  7  1  0  0  0
  1  7  1  0  0  0
M  END
不知道該如何下手
尋求：如何找到對(duì)應(yīng)的坐標(biāo)，下圖如何相加
比如  1:  -45.0

Ge x    0.0000
y    0.1858
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    -0.5216
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    0.6011
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    -0.5216
z    0.0000
Ge x    0.0000
y    0.1858
z    0.0000
Fe x    0.0000
y    0.0402
z    -0.1053
Fe x    0.0000
y    0.0402
z    0.1053

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1樓 2010-07-07 10:57:04

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lfhuang

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★ ★
qqfly2003(金幣+1):謝謝參與
lvjian8596(金幣+1):感謝交流！ 2010-07-07 12:59:10
qqfly2003(金幣+2): 2010-07-09 08:27:51

消除虛頻可以直接結(jié)構(gòu)優(yōu)化（無(wú)對(duì)稱性限制）。如果這樣還有虛頻，那純屬振動(dòng)頻率計(jì)算的數(shù)值誤差導(dǎo)致的。

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2樓2010-07-07 12:24:59

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直接優(yōu)化，我試著使用不同精度進(jìn)行再次優(yōu)化，多數(shù)有虛頻的結(jié)構(gòu)仍然沒(méi)有消除，是不是需要嘗試調(diào)整一下結(jié)構(gòu)..

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3樓2010-07-09 08:30:30

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引用回帖:

Originally posted by qqfly2003 at 2010-07-07 10:57:04:
網(wǎng)上找到一個(gè)方法：
找到虛頻振動(dòng)坐標(biāo)
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把虛頻坐標(biāo)一半加到相應(yīng)原子坐標(biāo)上，以之為初始即可
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4樓2010-07-09 08:30:54

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zzy870720z(金幣+1):謝謝指點(diǎn) 2010-07-09 14:32:04

計(jì)算振動(dòng)頻率很可能需要較高的收斂精度和較多的基組數(shù)目（在其它地方可以理解為較高的截?cái)嗄埽?img src="https://muchongimg.xmcimg.com/data/emuch_bbs_images/smilies/smile.gif" align="absmiddle" border="0">

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5樓2010-07-09 13:39:17

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yasistar

禁蟲 (正式寫手)

★
qqfly2003(金幣+1):謝謝參與

本帖內(nèi)容被屏蔽

6樓2011-04-18 12:14:14

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★
qqfly2003(金幣+1): 謝謝參與

你在小木蟲里找個(gè)消除虛頻的軟件

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7樓2012-06-27 14:22:03

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