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panguohui銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】fullprof 精修，指標(biāo)化-歡迎參與討論 已有7人參與
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初始接觸精修，獲得一個(gè)未知晶態(tài)化合物，用WinPLOTR 進(jìn)行指標(biāo)化時(shí)，產(chǎn)生一個(gè)PCR文件，在fullprof下運(yùn)行，衍射峰位和指標(biāo)化都較好，但實(shí)驗(yàn)曲線與計(jì)算的強(qiáng)度有很大差別，該如何編輯PCR文獻(xiàn)，調(diào)整哪些參數(shù)啊，使他們吻合較好。 請(qǐng)教高手！ 下面是我調(diào)整峰形參數(shù)后得到的擬合圖，比最初好多了，但有2個(gè)峰強(qiáng)度差別仍較大。 該材料為六方晶系，晶胞參數(shù)：7.5476 7.5476 9.5047 90.0000 90.0000 120.0000  [ Last edited by panguohui on 2010-7-12 at 00:52 ] |
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 好帖子收集 | 結(jié)構(gòu)精修 | FullProf |
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daxu
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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2樓2010-07-11 18:32:33
panguohui
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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yanhualover(金幣+2):謝謝交流 2010-07-12 14:49:07
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謝謝你的指點(diǎn)，想必你一定很熟悉晶體結(jié)構(gòu)解析了。我也看了fullprof的指南手冊(cè)，但覺(jué)得很多還是搞不清楚啊，挺難的。 情況是這樣：最近我合成了一個(gè)新的化合物，是純相的，只有粉末XRD，連成分都還確定不了，測(cè)量了ICP和CHN分析，能大致給出分子式。我想確定它的結(jié)構(gòu)，該怎么一步步來(lái)？請(qǐng)指點(diǎn)？我看有人發(fā)帖按如下步驟做，是這樣吧？ “首先，如果有同構(gòu)的就好辦了！ 如果沒(méi)有同構(gòu)，要指標(biāo)化（ITO, TREOR, DICVOL, MCMAILLE....），解析空間群(CHEKCELL...)。 接著就要提取結(jié)構(gòu)因子（FULLPROF, GSAS..）----倒空間法 或者構(gòu)建幾何剛體（FOX，EXPOIR...），直接模擬。-----正空間法！ 或者charging flipping, (topas4.0 , jana2006...) SIR2008,EXPO2009都是很好的軟件！ 最后就是結(jié)構(gòu)精修(FULLPROF, GSAS,LHPM...)！” 我的嘗試如下： 用fullprof suite這個(gè)軟件包解析結(jié)構(gòu)，利用Winplotr 指標(biāo)化，確定出晶胞參數(shù)，晶系，并獲得一個(gè)PCR文件，用fullprof運(yùn)行這個(gè)文件后，得到PRF文件，可在winplotr打開(kāi)，看到profile fitting 的結(jié)果，發(fā)現(xiàn)位置對(duì)的很好，但強(qiáng)度差別大，調(diào)整PCR文件的峰形參數(shù)U，V，W，擬合效果好的多，但個(gè)別峰強(qiáng)渡差別仍很大（如上圖），現(xiàn)在問(wèn)題是很多參數(shù)，如您所說(shuō)的“原子坐標(biāo)、占位率、溫度因子”都確定不了啊，下一步怎么辦呢？請(qǐng)指點(diǎn)？利用Checkgroup 給出的空間群卻是一系列可能項(xiàng)，我怎么進(jìn)一步確定呢？其它的精修步驟又該如何進(jìn)行？如獲得鍵長(zhǎng)，鍵角，原子坐標(biāo)等。 [ Last edited by panguohui on 2010-7-12 at 00:48 ] |
3樓2010-07-12 00:39:17
daxu
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yanhualover(金幣+2):謝謝交流 2010-07-12 14:48:56
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實(shí)在抱歉，我對(duì)解結(jié)構(gòu)并不熟悉，只是對(duì)一般的結(jié)構(gòu)精修了解而已 我覺(jué)得你應(yīng)該首先確定分子式，然后再談什么結(jié)構(gòu)解析，確定了分子式之后，然后根據(jù)指標(biāo)化的結(jié)果找相似的結(jié)構(gòu)模型，再進(jìn)行結(jié)構(gòu)解析。如果能制得單晶最好了，結(jié)構(gòu)就好解多了 我也是門(mén)外漢，建議僅供參考~~~ |
4樓2010-07-12 09:06:39
5樓2010-07-12 10:23:26
panguohui
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是的，我用的就是做Le Bail Fitting。再問(wèn)一下,你說(shuō)的有些變量，我不確定是哪個(gè)？ zeroshift 是變量Zero-Zero Point (Zero for T)還是 Code-codeword (codeword for zero-shift )？他們各有什么意義啊，是和衍射儀的較準(zhǔn)有關(guān)嘛？ Peak shape是包括，Shape1, U,V.W,這些嘛？ Peak asymmetry應(yīng)該包括PA1,PA2,PA3,PA4這些參數(shù)吧。 不知道這些參數(shù)的一般調(diào)節(jié)范圍多大。 |
6樓2010-07-12 13:48:47
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yanhualover(金幣+2):謝謝交流 2010-07-12 14:48:37
panguohui(金幣+5): 2010-07-14 21:04:54
yanhualover(金幣+2):謝謝交流 2010-07-12 14:48:37
panguohui(金幣+5): 2010-07-14 21:04:54
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你好！ 不知道這些參數(shù)的一般調(diào)節(jié)范圍多大？ 答：精修是指：一個(gè)漸漸逼近的過(guò)程，在這個(gè)過(guò)程中，參量可以慢慢調(diào)整到函數(shù)收斂的附近，我們勾上變量，它就自動(dòng)收斂了。 那么我們?nèi)绾卧O(shè)定這些初始變量呢？詳見(jiàn)：小木蟲(chóng)（profile fitting的帖子），通過(guò)profile fitting,我們能夠得到相近的初始變量，擬合就一定收斂。 Le Bail fitting 的修正參數(shù)，為cell parameters zero shift peak shape(U,V.W eta-) peak asymmetry(PA1,PA2,PA3,PA4).... 不知道這些參數(shù)的一般調(diào)節(jié)范圍多大？ 答：請(qǐng)通過(guò)profile fitting獲得！ 謝謝參考！ |
7樓2010-07-12 14:30:04
panguohui
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8樓2010-07-14 22:14:26
9樓2010-07-15 11:41:11
panguohui
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10樓2010-07-15 18:06:38
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