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夏天的魚(yú)

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[交流] 【求助】amber功能探討

請(qǐng)問(wèn)一下，amber是不是不可以做蛋白嵌入磷脂雙層膜的體系啊？非常非常感謝大家可以參與討論！

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科研就是討論出來(lái)的

1樓 2010-09-10 08:35:02

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zh1987hs

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夏天的魚(yú)(金幣+1): 2010-09-11 08:59:54
lei0736(金幣+2):謝謝 2010-09-11 09:16:36

引用回帖:

Originally posted by 夏天的魚(yú) at 2010-09-11 08:20:35:

現(xiàn)如今實(shí)驗(yàn)室有的軟件就是amber，所以很想知道amber在做這方面是怎么實(shí)現(xiàn)？

呵呵~那得多看相關(guān)的教程了~我是做球蛋白的，所以不涉及跨膜體系，只是看DESMOND的教程里提到特別注重跨膜蛋白的分子動(dòng)力學(xué)模擬，同時(shí)，本版的Bay_gulf兄在NAMD對(duì)膜蛋白的構(gòu)建上特別有心得，至于AMBER倒還真不知道。

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6樓2010-09-11 08:46:18

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風(fēng)間的記憶

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ghcacj(金幣+2):謝謝 2010-09-10 16:22:11
夏天的魚(yú)(金幣+2): 2010-09-10 20:10:03

額。。。上個(gè)帖子看到LZ了
問(wèn)了滿屏幕的問(wèn)題
北大無(wú)機(jī)所應(yīng)該用AMBER09 10
如果你認(rèn)識(shí)或者你們導(dǎo)師認(rèn)識(shí)
可以去詢問(wèn)下

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九州浩淼，任其東西，明日何在，但隨我意。

2樓2010-09-10 16:20:08

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夏天的魚(yú)

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引用回帖:

Originally posted by 風(fēng)間的記憶 at 2010-09-10 16:20:08:
額。。。上個(gè)帖子看到LZ了
問(wèn)了滿屏幕的問(wèn)題
北大無(wú)機(jī)所應(yīng)該用AMBER09 10
如果你認(rèn)識(shí)或者你們導(dǎo)師認(rèn)識(shí)
可以去詢問(wèn)下

哦，謝謝你，不過(guò)還不認(rèn)識(shí)啊，╮(╯▽╰)╭

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科研就是討論出來(lái)的

3樓2010-09-10 20:11:01

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夏天的魚(yú)(金幣+1): 2010-09-11 08:19:47
lei0736(金幣+2):謝謝 2010-09-11 08:44:58

引用回帖:

Originally posted by 夏天的魚(yú) at 2010-09-10 20:11:01:

哦，謝謝你，不過(guò)還不認(rèn)識(shí)啊，╮(╯▽╰)╭

做跨膜體系的NAMD,DESMOND都可以，而且運(yùn)算速度比AMBER要快，如果是新手，你可以嘗試一下DESMOND

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4樓2010-09-10 22:56:52

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