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titanheart銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】救助關(guān)于DS藥效團的幾個問題
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1.用DS建立小分子數(shù)據(jù)庫之前，需要對小分子進行處理么？我直接用下載的SDF文件建立的。 2.用訓(xùn)練集構(gòu)建藥效團之前，是否需要預(yù)處理？先前問過相似的問題，仍有些疑問： 用同樣的訓(xùn)練集分子，用Ligand Minimization分配立場和能量最小化后， 建立藥效團的hypo1 與未經(jīng)處理的訓(xùn)練集構(gòu)建的藥效團相比，幾項指標都有提高（totalcost變小 rmsd變小 correl變大。。。 ） 產(chǎn)生這種變化的原因是什么呢？構(gòu)建藥效團前，是否可以給配體分配立場和能量最小化 3.測試集的相關(guān)系數(shù)r是如何計算的？ 參考了下面網(wǎng)址的方法：https://community.accelrys.com/message/1617#1617 但是出現(xiàn)了和樓主相同的問題。。。 4.DS和Catalyst在構(gòu)建藥效團上有什么不同？查了一下，絕大多數(shù)的文獻用的都是Catalyst，不會因為軟件價格原因吧。。。 求助各位~~~~~~高手出馬啊~~~  |
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ts2009
木蟲 (著名寫手)
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2樓2010-09-17 13:04:40
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3樓2010-09-17 18:36:30
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