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titanheart銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】救助關(guān)于DS藥效團(tuán)的幾個(gè)問(wèn)題
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1.用DS建立小分子數(shù)據(jù)庫(kù)之前，需要對(duì)小分子進(jìn)行處理么？我直接用下載的SDF文件建立的。 2.用訓(xùn)練集構(gòu)建藥效團(tuán)之前，是否需要預(yù)處理？先前問(wèn)過(guò)相似的問(wèn)題，仍有些疑問(wèn)： 用同樣的訓(xùn)練集分子，用Ligand Minimization分配立場(chǎng)和能量最小化后， 建立藥效團(tuán)的hypo1 與未經(jīng)處理的訓(xùn)練集構(gòu)建的藥效團(tuán)相比，幾項(xiàng)指標(biāo)都有提高（totalcost變小 rmsd變小 correl變大。。。 ） 產(chǎn)生這種變化的原因是什么呢？構(gòu)建藥效團(tuán)前，是否可以給配體分配立場(chǎng)和能量最小化 3.測(cè)試集的相關(guān)系數(shù)r是如何計(jì)算的？ 參考了下面網(wǎng)址的方法：https://community.accelrys.com/message/1617#1617 但是出現(xiàn)了和樓主相同的問(wèn)題。。。 4.DS和Catalyst在構(gòu)建藥效團(tuán)上有什么不同？查了一下，絕大多數(shù)的文獻(xiàn)用的都是Catalyst，不會(huì)因?yàn)檐浖䞍r(jià)格原因吧。。。 求助各位~~~~~~高手出馬啊~~~  |
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ts2009
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
無(wú)業(yè)游民
- 模擬EPI: 1
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- 專(zhuān)業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
2樓2010-09-17 13:04:40
tjegg
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
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- 專(zhuān)業(yè): 抗腫瘤藥物藥理
3樓2010-09-17 18:36:30
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