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zhficcas

銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

應(yīng)助: 27 (小學(xué)生)
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[交流] 【求助】在Gaussianview中過(guò)渡金屬形成的配位鍵如何表示，就用系統(tǒng)里的單鍵表示嗎？已有4人參與

在Gaussianview中過(guò)渡金屬形成的配位鍵如何表示，就用上面的單鍵表示嗎？
還有，我對(duì)包含羰基的過(guò)度金屬配合物采用b3lyp/lanl2dz（過(guò)度金屬），3-21g（其他原子）優(yōu)化后，過(guò)渡金屬與羰基的鍵總是變成了雙鍵！原來(lái)的構(gòu)型里是單鍵的，一直比較困惑，是輸入文件的問(wèn)題，還是基組沒(méi)有選對(duì)，有興趣的蟲(chóng)蟲(chóng)指點(diǎn)一下，多謝！

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1樓 2010-10-04 10:54:41

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zhficcas

銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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引用回帖:

Originally posted by yjcmwgk at 2010-10-04 16:00:01:
你用的既然是dft方法，那么，我們明確的告訴您，dft方法中沒(méi)有鍵的概念。即使有，也是對(duì)dft使用aim或nbo等方法而附加上的概念

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-10-4 at 16:02 ]

謝謝提供，您說(shuō)的我看到了。這里我還有一個(gè)在運(yùn)行高斯時(shí)遇到的，不知您有興趣給俺說(shuō)一下，我用如下輸入文件

#p b3lyp/ gen pseudo=read opt

0 1

分子構(gòu)型如下輸入：
Re
C                1             B1
C                1             B2 2             A1
O                3             B3 1             A2 2             D1
O                2             B4 1             A3 3             D2
Cl                1             B5 2             A4 5             D3
C                1             B6 2             A5 5             D4
C                7             B7 1             A6 2             D5
C                7             B8 1             A7 2             D6
C                7             B9 1             A8 2             D7
C                8          B10 7             A9 1             D8
H                8          B11 7          A10 1             D9
C                9          B12 7          A11 1          D10
C                10          B13 7          A12 1          D11
H                10          B14 7          A13 1          D12
C                11          B15 8          A14 7          D13
H                11          B16 8          A15 7          D14
C                13          B17 9          A16 7          D15
H                14          B18 10          A17 7          D16
H                16          B19 11          A18 8          D17
C                18          B20 13          A19 9          D18
C                13          B21 9          A20 7          D19
H                21          B22 18          A21 13          D20
C                21          B23 18          A22 13          D21
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C                1          B28 2          A27 5          D26
O                29          B29 1          A28 2          D27

B1          1.90343126
B2          1.97991537
B3          1.17970293
B4          1.19530177
B5          2.54602346
B6          4.37529900
B7          1.42037285
B8          1.42249247
B9          1.44559559
B10          1.39615220
B11          1.08634548
B12          1.43183404
B13          1.37589544
B14          1.08717433
B15          1.41142366
B16          1.08495457
B17          1.42223677
B18          1.08721617
B19          1.08234508
B20          1.42165439
B21          2.35068240
B22          1.08692047
B23          1.39539374
B24          1.08587367
B25          1.08482340
B26          1.35778961
B27          1.34899082
B28          1.97980369
B29          1.17971893
A1          88.46923496
A2          176.41934092
A3          177.27077958
A4          97.81091966
A5          115.53019610
A6          106.01919182
A7          11.91316692
A8          130.52793261
A9          118.75952887
A10       120.18232230
A11       120.05292644
A12       121.25244346
A13       118.29801024
A14       120.28619281
A15       121.21107908
A16       120.59064361
A17       120.49827131
A18       120.98391300
A19       117.46024521
A20       146.93870937
A21       119.86179783
A22       119.30164209
A23       146.54253809
A24       121.22362404
A25       122.52719023
A26          30.85955052
A27          88.47141497
A28       176.40265550
D1          58.58089102
D2          94.62895961
D3       -179.96572506
D4          0.03457272
D5          0.00299300
D6       -179.99592871
D7       -179.99620313
D8          0.00000000
D9       -180.00000000
D10       -180.00000000
D11          0.00000000
D12       -180.00000000
D13          0.00000000
D14       -180.00000000
D15          0.00000000
D16       180.00000000
D17       -180.00000000
D18       -180.00000000
D19       -180.00000000
D20       -180.00000000
D21          0.00000000
D22          0.00000000
D23       180.00000000
D24          0.00000000
D25          0.00000000
D26       -94.57091976
D27       -58.66339592

1 2 1.0 3 1.0 29 1.0 28 1.0 27 1.0 6 1.0
2 5 2.0
3 4 2.0
4
5
6
7 8 1.5 9 1.5 10 1.5
8 11 1.5 12 1.0
9 13 1.5 27 1.0
10 14 2.0 15 1.0
11 16 1.5 17 1.0
12
13 18 1.5 28 1.5
14 18 1.5 19 1.0
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17
18 21 1.5
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21 23 1.0 24 1.5
22 24 1.5 25 1.0 28 1.5
23
24 26 1.0
25
26
27
28
29 30 2.0
30

Re 0
lanl2dz
****
H C N O Cl 0
3-21g
****

Re 0
lanl2dz

這樣輸入，高斯提示無(wú)法運(yùn)行！
然后分子構(gòu)型我采用如下輸入，卻可以，不知道為什么。

Re
C                1             B1
C                1             B2 2             A1
O                3             B3 1             A2 2             D1
O                2             B4 1             A3 3             D2
Cl                1             B5 2             A4 5             D3
C                1             B6 2             A5 5             D4
C                7             B7 1             A6 2             D5
C                7             B8 1             A7 2             D6
C                7             B9 1             A8 2             D7
C                8          B10 7             A9 1             D8
H                8          B11 7          A10 1             D9
C                9          B12 7          A11 1          D10
C                10          B13 7          A12 1          D11
H                10          B14 7          A13 1          D12
C                11          B15 8          A14 7          D13
H                11          B16 8          A15 7          D14
C                13          B17 9          A16 7          D15
H                14          B18 10          A17 7          D16
H                16          B19 11          A18 8          D17
C                18          B20 13          A19 9          D18
C                13          B21 9          A20 7          D19
H                21          B22 18          A21 13          D20
C                21          B23 18          A22 13          D21
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6樓2010-10-05 08:15:29

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zhangmt

至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

我叫MT

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現(xiàn)在的新人進(jìn)版就開(kāi)始問(wèn)問(wèn)題，既不看高斯說(shuō)明書(shū)，也不看置頂?shù)腇AQ，懶到這種地步啊。。。
樓主請(qǐng)先把置頂?shù)奶覨AQ看完，再提問(wèn)題吧。

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一群自以為正義凜然的年輕人將一切不能以科學(xué)解釋的事情定性為封建迷信并大刀闊斧地進(jìn)行消滅，其實(shí)這是修養(yǎng)不足學(xué)識(shí)淺薄的一種體現(xiàn)，也是可惡的偏執(zhí)和愚蠢的自以

2樓2010-10-04 11:49:10

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zhficcas

銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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引用回帖:

Originally posted by zhangmt at 2010-10-04 11:49:10:
現(xiàn)在的新人進(jìn)版就開(kāi)始問(wèn)問(wèn)題，既不看高斯說(shuō)明書(shū)，也不看置頂?shù)腇AQ，懶到這種地步啊。。。
樓主請(qǐng)先把置頂?shù)奶覨AQ看完，再提問(wèn)題吧。

呵呵，多謝提醒！高斯說(shuō)明書(shū)，我下載了一個(gè)但沒(méi)有對(duì)類似的說(shuō)明，相關(guān)的問(wèn)題，我在網(wǎng)上也找了幾天了，但都沒(méi)有答案，F(xiàn)AQ我先看看，能否解決問(wèn)題。

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3樓2010-10-04 12:17:04

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yjcmwgk

禁蟲(chóng) (文壇精英)

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4樓2010-10-04 15:58:09

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