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nkxiaowu金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】高斯安裝后多用戶使用、多核運(yùn)行及服務(wù)器配置問題
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系統(tǒng)配置：i7-920，12G內(nèi)存 操作系統(tǒng)：CentOS 5.5 Gaussian版本：EM64T-G03RevE.01（論壇內(nèi)下載） 先說安裝 完全參考版內(nèi)高手的指點(diǎn)安裝，參考帖子地址：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1221940 如此安裝之后（我使用DFT01用戶安裝），其他用戶（如DFT02）或者用戶組（如DFT用戶組）如何使用高斯呢？ 也參考了版內(nèi)其他人的一些安裝過程 譬如給g03文件夾授權(quán)等 但是均沒有成功 麻煩高手幫忙 ps：這一過程害我重新安裝系統(tǒng)5遍，因?yàn)榘褞讉�用戶的.bashrc文件、文件夾訪問權(quán)限等改來改去，最后弄得第一個用戶也用不了了。由于本人是首次接觸Linux系統(tǒng)，所以麻煩高手們在解答的時(shí)候盡量詳細(xì)些，多謝 再說使用的問題 由于i7-920使用超線程技術(shù)，所以系統(tǒng)顯示有8核 使用不同的內(nèi)核數(shù)目對一個16C、38H、2N的分子進(jìn)行優(yōu)化（主要為了測試執(zhí)行效率） mem=10G，b3lyp/6-31g* nproc=1 CPU時(shí)間為6.8h， 實(shí)際時(shí)間6.8h，體系能量-663.2214742 =4 CPU時(shí)間為10.2h， 實(shí)際時(shí)間3h， 體系能量-663.2214665 =6 CPU時(shí)間為28h， 優(yōu)化失敗 體系能量-663.221466520（前兩項(xiàng)收斂） =7 CPU時(shí)間為16.2h， 實(shí)際時(shí)間3h， 體系能量-663.2214718 雖然我明白由于另外四核是虛擬出來的，所以在nproc>4的時(shí)候沒有效果，但是為什么優(yōu)化后的能量也不相同？有時(shí)候還會優(yōu)化失敗呢？有沒有人碰到過這種問題？ 另外：聽說對于具有超線程技術(shù)的CPU，可以在主板上關(guān)掉超線程，有沒有人關(guān)過？ 最后，想配一臺服務(wù)器進(jìn)行計(jì)算，大概配置如下： CPU：intel Xeon X5650*2 內(nèi)存：金士頓4G 1333*12 硬盤：ST SAS 450G 主板：intel S5520SC （網(wǎng)上看參數(shù)，只支持SATA II硬盤接口，是真的么？） 選用機(jī)架式，以便以后組集群，請高手給出修改建議！ 本人問題比較多，但金幣不多，都是每天點(diǎn)擊得來的，只能拿出100來，請不要嫌少。 ps：我也想多拿出一些金幣，但是版內(nèi)好多文章都要求金幣>500才能看，所以沒有辦法啊。建議修改一下這種帖子，改成金幣>500或者給本版貢獻(xiàn)N（N<50)個金幣也能看 [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-14 at 09:13 ] |
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zhou2009(金幣+3): 2010-10-14 09:19:41
nkxiaowu(金幣+5):雖然不明白你是什么意思，但還是謝謝 2010-10-14 09:35:59
nkxiaowu(金幣+10):多謝熱心幫助！ 2010-10-15 20:53:25
zhou2009(金幣+3): 2010-10-14 09:19:41
nkxiaowu(金幣+5):雖然不明白你是什么意思，但還是謝謝 2010-10-14 09:35:59
nkxiaowu(金幣+10):多謝熱心幫助！ 2010-10-15 20:53:25
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G03E01-ia64-linux 樓主 去看看什么是計(jì)算機(jī) 什么是PC 你用的估計(jì)是PC 而且是x86的, 這里的x86就是平臺架構(gòu), 你可以去查查, 計(jì)算機(jī)平臺有很多的, 你下載的如果沒有標(biāo)注錯, 那么ia是用于安騰處理器平臺的, 不是atom處理器. (這個atom是個人計(jì)算機(jī) x86架構(gòu)的) ia標(biāo)識, 是說, 根據(jù)源碼, 針對ia架構(gòu)的平臺做的優(yōu)化, 你拿到別的地方, 能運(yùn)行, 那就運(yùn)氣了 用它作東西, 不知道有什么結(jié)果? 超線程? 過時(shí)了吧? 現(xiàn)在的CPU支持核心虛擬的(可以google一下) 不懂硬件, 就買成品. 話說, PC的內(nèi)存, 和服務(wù)器的內(nèi)存, 還是有區(qū)別的. intel新出的i7 i5 i3阿, 與服務(wù)器CPU沒有任何關(guān)系.... |
2樓2010-10-13 22:42:30
pwzhou
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nkxiaowu(金幣+20):先送上20，我先去試試，成功再多送，^_^ 2010-10-14 09:40:01
zhou2009(金幣+4): 2010-10-14 09:20:46
nkxiaowu(金幣+20):先送上20，我先去試試，成功再多送，^_^ 2010-10-14 09:40:01
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讓多個用戶同時(shí)使用Gaussian，必須使所有用戶都屬于同一個組，然后將Gaussian安裝到系統(tǒng)目錄下，簡單說一下： 假如Gaussian安裝到/usr/local下，所有用戶屬于Gaussian組，以下步驟請以root身份進(jìn)行： cd /usr/local tar zxvf g03e01-em64t.tar.gz (請修改為自己的Gaussian安裝包名稱） 如果使用的使不帶linda的版本的話，以下四行命令可以省略 ******************************** export g03root=/usr/local cd $g03root/g03 chmod +x bsd/install bsd/install ******************************** groupadd Gaussian chown -R root:Gaussian /usr/local/g03 要使新加的用戶屬于Gaussian組，可以在添加用戶的時(shí)候用-G參數(shù)指定，比如： useradd -G Gaussian username 要把已有的用戶加入Gaussian組，請用命令usermod，比如： usermod -a Gaussian username 設(shè)置用戶的環(huán)境變量： export g03root=/usr/local export GAUSS_SCRDIR=/tmp . $g03root/g03/bsd/g03.profile 上面這三行足夠，不用去看那些比這更復(fù)雜的設(shè)置。 [ Last edited by pwzhou on 2010-10-13 at 23:49 ] |
3樓2010-10-13 23:46:51
zhangmt
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首先GS的版本是我標(biāo)錯了，當(dāng)時(shí)下載的時(shí)候是這個名字，但是計(jì)算結(jié)果顯示的版本是EM64T-G03RevE.01，所以用于個人PC進(jìn)行計(jì)算應(yīng)該沒有問題 硬件我是不怎么懂，但我想我說清楚了。至于是不是超線程，我已經(jīng)把CPU型號說了，采用什么技術(shù)懂硬件的都明白，就算我說錯了唄。i7-920系統(tǒng)顯示有8核，計(jì)算時(shí)用不同的內(nèi)核數(shù)目，計(jì)算時(shí)間不同可以理解，但是優(yōu)化出的能量也不相同就比較奇怪了。因?yàn)槲衣犇切┯肎S的老師說，同樣的體系同樣的方法，GS老版本和新版本計(jì)算出的結(jié)果應(yīng)該是一樣的，這就是GS的精確之處。但為啥我的計(jì)算結(jié)果卻不同呢 另外，對于你的最后兩句話很不明白，我知道服務(wù)器的CPU、內(nèi)存和PC的CPU、內(nèi)存都不相同的，但現(xiàn)在我想重新購置一臺服務(wù)器進(jìn)行計(jì)算，詳細(xì)配置我已經(jīng)給了，金士頓同樣有4G 1333的服務(wù)器內(nèi)存吧？ 還是不明白你最后說的是什么意思  |
5樓2010-10-14 09:26:53
calfwoo
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沒有搞定  均按照帖子的步驟 修改用戶環(huán)境變量后(.bashrc文件) 登錄時(shí)提示“bash: ./usr/local/g03/bsd/g03.profile: 沒有那個文件或目錄” 用命令“which g03”也會顯示“no g03”   如果把". $g03root/g03/bsd/g03.profile"改成"source $g03root/g03/bsd/g03.profile" 登陸倒是不提示錯誤了，但是which g03依然找不到 如果按照我原來的安裝方法修改.bashrc export GAUSS_EXEDIR=/usr/local/g03 export g03root=/usr/local/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/usr/local/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp 這下倒是能找到g03命令，但是一運(yùn)行就出錯 錯誤提示”forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred“  再幫幫忙吧，哪里出錯了？  [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-15 at 15:30 ] |
7樓2010-10-15 13:27:02
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