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nkxiaowu金蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助】高斯安裝后多用戶使用、多核運行及服務器配置問題
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系統(tǒng)配置：i7-920，12G內存 操作系統(tǒng)：CentOS 5.5 Gaussian版本：EM64T-G03RevE.01（論壇內下載） 先說安裝 完全參考版內高手的指點安裝，參考帖子地址：http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1221940 如此安裝之后（我使用DFT01用戶安裝），其他用戶（如DFT02）或者用戶組（如DFT用戶組）如何使用高斯呢？ 也參考了版內其他人的一些安裝過程 譬如給g03文件夾授權等 但是均沒有成功 麻煩高手幫忙 ps：這一過程害我重新安裝系統(tǒng)5遍，因為把幾個用戶的.bashrc文件、文件夾訪問權限等改來改去，最后弄得第一個用戶也用不了了。由于本人是首次接觸Linux系統(tǒng)，所以麻煩高手們在解答的時候盡量詳細些，多謝 再說使用的問題 由于i7-920使用超線程技術，所以系統(tǒng)顯示有8核 使用不同的內核數(shù)目對一個16C、38H、2N的分子進行優(yōu)化（主要為了測試執(zhí)行效率） mem=10G，b3lyp/6-31g* nproc=1 CPU時間為6.8h， 實際時間6.8h，體系能量-663.2214742 =4 CPU時間為10.2h， 實際時間3h， 體系能量-663.2214665 =6 CPU時間為28h， 優(yōu)化失敗 體系能量-663.221466520（前兩項收斂） =7 CPU時間為16.2h， 實際時間3h， 體系能量-663.2214718 雖然我明白由于另外四核是虛擬出來的，所以在nproc>4的時候沒有效果，但是為什么優(yōu)化后的能量也不相同？有時候還會優(yōu)化失敗呢？有沒有人碰到過這種問題？ 另外：聽說對于具有超線程技術的CPU，可以在主板上關掉超線程，有沒有人關過？ 最后，想配一臺服務器進行計算，大概配置如下： CPU：intel Xeon X5650*2 內存：金士頓4G 1333*12 硬盤：ST SAS 450G 主板：intel S5520SC （網(wǎng)上看參數(shù)，只支持SATA II硬盤接口，是真的么？） 選用機架式，以便以后組集群，請高手給出修改建議！ 本人問題比較多，但金幣不多，都是每天點擊得來的，只能拿出100來，請不要嫌少。 ps：我也想多拿出一些金幣，但是版內好多文章都要求金幣>500才能看，所以沒有辦法啊。建議修改一下這種帖子，改成金幣>500或者給本版貢獻N（N<50)個金幣也能看 [ Last edited by nkxiaowu on 2010-10-14 at 09:13 ] |
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ope123456789
銅蟲 (小有名氣)
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9樓2010-10-15 13:56:00
abbott
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zhou2009(金幣+3): 2010-10-14 09:19:41
nkxiaowu(金幣+5):雖然不明白你是什么意思，但還是謝謝 2010-10-14 09:35:59
nkxiaowu(金幣+10):多謝熱心幫助！ 2010-10-15 20:53:25
zhou2009(金幣+3): 2010-10-14 09:19:41
nkxiaowu(金幣+5):雖然不明白你是什么意思，但還是謝謝 2010-10-14 09:35:59
nkxiaowu(金幣+10):多謝熱心幫助！ 2010-10-15 20:53:25
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G03E01-ia64-linux 樓主 去看看什么是計算機 什么是PC 你用的估計是PC 而且是x86的, 這里的x86就是平臺架構, 你可以去查查, 計算機平臺有很多的, 你下載的如果沒有標注錯, 那么ia是用于安騰處理器平臺的, 不是atom處理器. (這個atom是個人計算機 x86架構的) ia標識, 是說, 根據(jù)源碼, 針對ia架構的平臺做的優(yōu)化, 你拿到別的地方, 能運行, 那就運氣了 用它作東西, 不知道有什么結果? 超線程? 過時了吧? 現(xiàn)在的CPU支持核心虛擬的(可以google一下) 不懂硬件, 就買成品. 話說, PC的內存, 和服務器的內存, 還是有區(qū)別的. intel新出的i7 i5 i3阿, 與服務器CPU沒有任何關系.... |
2樓2010-10-13 22:42:30
pwzhou
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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zhou2009(金幣+4): 2010-10-14 09:20:46
nkxiaowu(金幣+20):先送上20，我先去試試，成功再多送，^_^ 2010-10-14 09:40:01
zhou2009(金幣+4): 2010-10-14 09:20:46
nkxiaowu(金幣+20):先送上20，我先去試試，成功再多送，^_^ 2010-10-14 09:40:01
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讓多個用戶同時使用Gaussian，必須使所有用戶都屬于同一個組，然后將Gaussian安裝到系統(tǒng)目錄下，簡單說一下： 假如Gaussian安裝到/usr/local下，所有用戶屬于Gaussian組，以下步驟請以root身份進行： cd /usr/local tar zxvf g03e01-em64t.tar.gz (請修改為自己的Gaussian安裝包名稱） 如果使用的使不帶linda的版本的話，以下四行命令可以省略 ******************************** export g03root=/usr/local cd $g03root/g03 chmod +x bsd/install bsd/install ******************************** groupadd Gaussian chown -R root:Gaussian /usr/local/g03 要使新加的用戶屬于Gaussian組，可以在添加用戶的時候用-G參數(shù)指定，比如： useradd -G Gaussian username 要把已有的用戶加入Gaussian組，請用命令usermod，比如： usermod -a Gaussian username 設置用戶的環(huán)境變量： export g03root=/usr/local export GAUSS_SCRDIR=/tmp . $g03root/g03/bsd/g03.profile 上面這三行足夠，不用去看那些比這更復雜的設置。 [ Last edited by pwzhou on 2010-10-13 at 23:49 ] |
3樓2010-10-13 23:46:51
zhangmt
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4樓2010-10-14 09:23:31
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