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【分享】Gaussian03在linux下的安裝和使用
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先說(shuō)一下，我安裝的環(huán)境suse企業(yè)版9.0（sp1）64位，cpu個(gè)數(shù)是4個(gè)，內(nèi)存5G，硬盤空間是110G. 在官網(wǎng)上說(shuō)Gaussian03默認(rèn)是支持的linux是suse9.0。其實(shí)大多數(shù)的linux的內(nèi)核都是一樣的，只不過(guò)是名字不同而已。 我從網(wǎng)上下載的版本是g03e01-em64t.tar.gz，據(jù)說(shuō)是Gaussian03的最新版本。這里要說(shuō)明一下，INTER和AMD兩大提供cpu廠商對(duì)Gaussian03的支持都是不同的，最好能下載針對(duì)自己服務(wù)器cpu的Gaussian03版本，這樣才能發(fā)揮服務(wù)器的最大能力。 Gaussian03的并行運(yùn)算分兩種。一種是在網(wǎng)上經(jīng)�？吹降腸luster，就是把幾臺(tái)單機(jī)通過(guò)100/1000M以太網(wǎng)聯(lián)起來(lái)，通過(guò)linux下的NFS和NIS來(lái)進(jìn)行并行運(yùn)算。這種并行是基于文件系統(tǒng)級(jí)的并行運(yùn)算，運(yùn)算的速度取決于網(wǎng)絡(luò)的速度和操作系統(tǒng)、文件系統(tǒng)的配合以及單機(jī)IO的能力。使用這種模式的時(shí)候，要使用一個(gè)叫l(wèi)inda的并行程序，一定要注意Gaussian03支持的linda版本號(hào)。另一種就是在支持多CPU的單服務(wù)器上做多cpu間的并行運(yùn)算。這種模式對(duì)服務(wù)器的投資很大，但是由于服務(wù)器的體系構(gòu)架與單機(jī)PC有很大的不同，多CPU間并行運(yùn)行沒(méi)有網(wǎng)絡(luò)帶寬的限制，而且服務(wù)器的IO的技術(shù)是基于SCSI，其速度明顯高于PC的IO。目前的服務(wù)器大多數(shù)都支持64位操作系統(tǒng)，64位操作系統(tǒng)可以使用超過(guò)4G的內(nèi)存和文件大小支持超過(guò)16G，這一點(diǎn)對(duì)Gaussian03很的重要，因?yàn)樵谧鯣aussian03運(yùn)算的時(shí)候，我發(fā)現(xiàn)Gaussian03有時(shí)候產(chǎn)生大于16G臨時(shí)文件，如果在32位操作系統(tǒng)下會(huì)運(yùn)算失敗的。 閑言少敘，直入主題吧。 1、裝好的suse下建一個(gè)用戶，我建的用戶是abis（名字無(wú)所謂） 2、用abis登陸，ftp將g03e01-em64t.tar.gz傳到用戶目錄下（我的是/home/abis/home/下） 3、使用tar -xvf g03e01-em64t.tar.gz將包解開，在abis用戶目錄下會(huì)有一個(gè)g03的目錄。 4、修改環(huán)境變量。vi .bashrc 添加如下： export GAUSS_EXEDIR=/home/abis/home/g03 export g03root=/home/abis/home/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/home/abis/home/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp/g03(這個(gè)是臨時(shí)文件目錄，隨便定義，但是要求大小空間50G以上） 這個(gè)時(shí)候你就可以進(jìn)行運(yùn)算了。 1、先做一個(gè)輸入文件。在windows下Gaussian03生成一個(gè)gjf文件。如果想用linux的多cpu文件做如下修改， section： %nproc=4 服務(wù)器是4cpu %mem=4096MB 服務(wù)器是5G,千萬(wàn)不要全占了 %rwf=1，2000，2，2000.......（針對(duì)臨時(shí)目錄小和32位操作系統(tǒng)不支持超過(guò)2G文件，可以生成多個(gè)2G的臨時(shí)文件）我做個(gè)8個(gè)2G的文件的測(cè)試。 2、將這個(gè)gjf文件ftp到abis用戶目錄下，注意一定要執(zhí)行這個(gè)命令 dos2unix *.gjf 3、剩下的就是運(yùn)算了 g03 *.gjf 4、觀察運(yùn)算結(jié)果 tail -f *.log 做一個(gè)小總結(jié)： 1、在windows下修改%nproc是無(wú)效的，修改%mem好像效果也不明顯。 2、一定要注意臨時(shí)文件的大小，這是最容易出錯(cuò)的地方，我的臨時(shí)文件目錄是100G 最后，我用我的一個(gè)實(shí)際應(yīng)用來(lái)說(shuō)明linux很厲害。我有一個(gè)Gaussian03計(jì)算在windows2003下運(yùn)行了8小時(shí)44分鐘，但是在硬件平臺(tái)不變的情況下，在suse linux下運(yùn)行了1個(gè)小時(shí)。 謹(jǐn)以此篇短文獻(xiàn)給我那讀博士的老婆，愿她早日畢業(yè)，快樂(lè)生活。 [ Last edited by yhlllf on 2009-3-17 at 14:10 ] |
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