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【分享】Gaussian03在linux下的安裝和使用
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先說一下，我安裝的環(huán)境suse企業(yè)版9.0（sp1）64位，cpu個數(shù)是4個，內(nèi)存5G，硬盤空間是110G. 在官網(wǎng)上說Gaussian03默認是支持的linux是suse9.0。其實大多數(shù)的linux的內(nèi)核都是一樣的，只不過是名字不同而已。 我從網(wǎng)上下載的版本是g03e01-em64t.tar.gz，據(jù)說是Gaussian03的最新版本。這里要說明一下，INTER和AMD兩大提供cpu廠商對Gaussian03的支持都是不同的，最好能下載針對自己服務器cpu的Gaussian03版本，這樣才能發(fā)揮服務器的最大能力。 Gaussian03的并行運算分兩種。一種是在網(wǎng)上經(jīng)�？吹降腸luster，就是把幾臺單機通過100/1000M以太網(wǎng)聯(lián)起來，通過linux下的NFS和NIS來進行并行運算。這種并行是基于文件系統(tǒng)級的并行運算，運算的速度取決于網(wǎng)絡的速度和操作系統(tǒng)、文件系統(tǒng)的配合以及單機IO的能力。使用這種模式的時候，要使用一個叫l(wèi)inda的并行程序，一定要注意Gaussian03支持的linda版本號。另一種就是在支持多CPU的單服務器上做多cpu間的并行運算。這種模式對服務器的投資很大，但是由于服務器的體系構架與單機PC有很大的不同，多CPU間并行運行沒有網(wǎng)絡帶寬的限制，而且服務器的IO的技術是基于SCSI，其速度明顯高于PC的IO。目前的服務器大多數(shù)都支持64位操作系統(tǒng)，64位操作系統(tǒng)可以使用超過4G的內(nèi)存和文件大小支持超過16G，這一點對Gaussian03很的重要，因為在做Gaussian03運算的時候，我發(fā)現(xiàn)Gaussian03有時候產(chǎn)生大于16G臨時文件，如果在32位操作系統(tǒng)下會運算失敗的。 閑言少敘，直入主題吧。 1、裝好的suse下建一個用戶，我建的用戶是abis（名字無所謂） 2、用abis登陸，ftp將g03e01-em64t.tar.gz傳到用戶目錄下（我的是/home/abis/home/下） 3、使用tar -xvf g03e01-em64t.tar.gz將包解開，在abis用戶目錄下會有一個g03的目錄。 4、修改環(huán)境變量。vi .bashrc 添加如下： export GAUSS_EXEDIR=/home/abis/home/g03 export g03root=/home/abis/home/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/home/abis/home/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp/g03(這個是臨時文件目錄，隨便定義，但是要求大小空間50G以上） 這個時候你就可以進行運算了。 1、先做一個輸入文件。在windows下Gaussian03生成一個gjf文件。如果想用linux的多cpu文件做如下修改， section： %nproc=4 服務器是4cpu %mem=4096MB 服務器是5G,千萬不要全占了 %rwf=1，2000，2，2000.......（針對臨時目錄小和32位操作系統(tǒng)不支持超過2G文件，可以生成多個2G的臨時文件）我做個8個2G的文件的測試。 2、將這個gjf文件ftp到abis用戶目錄下，注意一定要執(zhí)行這個命令 dos2unix *.gjf 3、剩下的就是運算了 g03 *.gjf 4、觀察運算結果 tail -f *.log 做一個小總結： 1、在windows下修改%nproc是無效的，修改%mem好像效果也不明顯。 2、一定要注意臨時文件的大小，這是最容易出錯的地方，我的臨時文件目錄是100G 最后，我用我的一個實際應用來說明linux很厲害。我有一個Gaussian03計算在windows2003下運行了8小時44分鐘，但是在硬件平臺不變的情況下，在suse linux下運行了1個小時。 謹以此篇短文獻給我那讀博士的老婆，愿她早日畢業(yè)，快樂生活。 [ Last edited by yhlllf on 2009-3-17 at 14:10 ] |
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