 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2450 | 回復(fù): 10 | |||
| 【獎勵】 本帖被評價5次，作者yhlllf增加金幣 4.5 個 | |||
| 當(dāng)前主題已經(jīng)存檔。 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[資源]
【分享】Gaussian03在linux下的安裝和使用
|
|||
|
先說一下，我安裝的環(huán)境suse企業(yè)版9.0（sp1）64位，cpu個數(shù)是4個，內(nèi)存5G，硬盤空間是110G. 在官網(wǎng)上說Gaussian03默認是支持的linux是suse9.0。其實大多數(shù)的linux的內(nèi)核都是一樣的，只不過是名字不同而已。 我從網(wǎng)上下載的版本是g03e01-em64t.tar.gz，據(jù)說是Gaussian03的最新版本。這里要說明一下，INTER和AMD兩大提供cpu廠商對Gaussian03的支持都是不同的，最好能下載針對自己服務(wù)器cpu的Gaussian03版本，這樣才能發(fā)揮服務(wù)器的最大能力。 Gaussian03的并行運算分兩種。一種是在網(wǎng)上經(jīng)�？吹降腸luster，就是把幾臺單機通過100/1000M以太網(wǎng)聯(lián)起來，通過linux下的NFS和NIS來進行并行運算。這種并行是基于文件系統(tǒng)級的并行運算，運算的速度取決于網(wǎng)絡(luò)的速度和操作系統(tǒng)、文件系統(tǒng)的配合以及單機IO的能力。使用這種模式的時候，要使用一個叫l(wèi)inda的并行程序，一定要注意Gaussian03支持的linda版本號。另一種就是在支持多CPU的單服務(wù)器上做多cpu間的并行運算。這種模式對服務(wù)器的投資很大，但是由于服務(wù)器的體系構(gòu)架與單機PC有很大的不同，多CPU間并行運行沒有網(wǎng)絡(luò)帶寬的限制，而且服務(wù)器的IO的技術(shù)是基于SCSI，其速度明顯高于PC的IO。目前的服務(wù)器大多數(shù)都支持64位操作系統(tǒng)，64位操作系統(tǒng)可以使用超過4G的內(nèi)存和文件大小支持超過16G，這一點對Gaussian03很的重要，因為在做Gaussian03運算的時候，我發(fā)現(xiàn)Gaussian03有時候產(chǎn)生大于16G臨時文件，如果在32位操作系統(tǒng)下會運算失敗的。 閑言少敘，直入主題吧。 1、裝好的suse下建一個用戶，我建的用戶是abis（名字無所謂） 2、用abis登陸，ftp將g03e01-em64t.tar.gz傳到用戶目錄下（我的是/home/abis/home/下） 3、使用tar -xvf g03e01-em64t.tar.gz將包解開，在abis用戶目錄下會有一個g03的目錄。 4、修改環(huán)境變量。vi .bashrc 添加如下： export GAUSS_EXEDIR=/home/abis/home/g03 export g03root=/home/abis/home/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/home/abis/home/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp/g03(這個是臨時文件目錄，隨便定義，但是要求大小空間50G以上） 這個時候你就可以進行運算了。 1、先做一個輸入文件。在windows下Gaussian03生成一個gjf文件。如果想用linux的多cpu文件做如下修改， section： %nproc=4 服務(wù)器是4cpu %mem=4096MB 服務(wù)器是5G,千萬不要全占了 %rwf=1，2000，2，2000.......（針對臨時目錄小和32位操作系統(tǒng)不支持超過2G文件，可以生成多個2G的臨時文件）我做個8個2G的文件的測試。 2、將這個gjf文件ftp到abis用戶目錄下，注意一定要執(zhí)行這個命令 dos2unix *.gjf 3、剩下的就是運算了 g03 *.gjf 4、觀察運算結(jié)果 tail -f *.log 做一個小總結(jié)： 1、在windows下修改%nproc是無效的，修改%mem好像效果也不明顯。 2、一定要注意臨時文件的大小，這是最容易出錯的地方，我的臨時文件目錄是100G 最后，我用我的一個實際應(yīng)用來說明linux很厲害。我有一個Gaussian03計算在windows2003下運行了8小時44分鐘，但是在硬件平臺不變的情況下，在suse linux下運行了1個小時。 謹以此篇短文獻給我那讀博士的老婆，愿她早日畢業(yè)，快樂生活。 [ Last edited by yhlllf on 2009-3-17 at 14:10 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Gaussian |
» 猜你喜歡
比利時魯汶大學(xué)與國家留學(xué)基金委共同資助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
請問四氫呋喃溶解的聚合物用甲醇沉淀時，如何使沉淀過程加速？
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有272人回復(fù)
-
倫敦大學(xué)學(xué)院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光譜、催化相關(guān)26年博士生
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最經(jīng)典的一本表面上化學(xué)相互作用教材
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
分子動力學(xué)模擬合作需求
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
中國科學(xué)院成都山地災(zāi)害與環(huán)境研究所2026年特別研究助理（博士后）招聘啟事
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
誠邀有志之士加入江蘇大學(xué)環(huán)境學(xué)院合成生物學(xué)課題組！(長期接收學(xué)碩專碩、碩博連讀)
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
一志愿南大理論與計算化學(xué)方向（070300）342分，求調(diào)劑
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
歡迎化學(xué)、化工、物理、材料、或計算機背景的考研咨詢
已經(jīng)有0人回復(fù)
3樓2009-03-18 10:30:07
2樓2009-03-17 17:00:47
4樓2009-03-18 13:33:41
5樓2009-03-29 04:00:25
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +13 | 新時代材料 2026-03-27 | 13/650 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 崔wj 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥調(diào)劑 +3 | Feisty。 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085600 材料與化工 329分求調(diào)劑 +10 | Mr. Z 2026-03-25 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +10 | 北道巷 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +6 | 璞玉~~ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +9 | 奶油草莓. 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0856，材料與化工321分求調(diào)劑 +12 | 大饞小子 2026-03-27 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)/290求調(diào)劑/本科經(jīng)歷豐富/工科也可 +9 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +7 | 孅華 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +8 | 超級伊昂大王 2026-03-24 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 安徽大學(xué)專碩生物與醫(yī)藥專業(yè)(086000)324分，英語已過四六級，六級521，求調(diào)劑 +4 | 美味可樂雞翅 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +11 | junqihahaha 2026-03-26 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +5 | 1() 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 347求調(diào)劑 +4 | L when 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 26申博自薦 +3 | whh869393 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿國科過程所081700，274求調(diào)劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料/農(nóng)業(yè)專業(yè)，07/08開頭均可，過線就行 +3 | 呵唔哦豁 2026-03-23 | 4/200 |
|