 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 11 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2449 | 回復(fù): 10 | |||
| 【獎勵】 本帖被評價5次，作者yhlllf增加金幣 4.5 個 | |||
| 當(dāng)前主題已經(jīng)存檔。 | |||
[資源]
【分享】Gaussian03在linux下的安裝和使用
|
|||
|
先說一下，我安裝的環(huán)境suse企業(yè)版9.0（sp1）64位，cpu個數(shù)是4個，內(nèi)存5G，硬盤空間是110G. 在官網(wǎng)上說Gaussian03默認(rèn)是支持的linux是suse9.0。其實(shí)大多數(shù)的linux的內(nèi)核都是一樣的，只不過是名字不同而已。 我從網(wǎng)上下載的版本是g03e01-em64t.tar.gz，據(jù)說是Gaussian03的最新版本。這里要說明一下，INTER和AMD兩大提供cpu廠商對Gaussian03的支持都是不同的，最好能下載針對自己服務(wù)器cpu的Gaussian03版本，這樣才能發(fā)揮服務(wù)器的最大能力。 Gaussian03的并行運(yùn)算分兩種。一種是在網(wǎng)上經(jīng)�？吹降腸luster，就是把幾臺單機(jī)通過100/1000M以太網(wǎng)聯(lián)起來，通過linux下的NFS和NIS來進(jìn)行并行運(yùn)算。這種并行是基于文件系統(tǒng)級的并行運(yùn)算，運(yùn)算的速度取決于網(wǎng)絡(luò)的速度和操作系統(tǒng)、文件系統(tǒng)的配合以及單機(jī)IO的能力。使用這種模式的時候，要使用一個叫l(wèi)inda的并行程序，一定要注意Gaussian03支持的linda版本號。另一種就是在支持多CPU的單服務(wù)器上做多cpu間的并行運(yùn)算。這種模式對服務(wù)器的投資很大，但是由于服務(wù)器的體系構(gòu)架與單機(jī)PC有很大的不同，多CPU間并行運(yùn)行沒有網(wǎng)絡(luò)帶寬的限制，而且服務(wù)器的IO的技術(shù)是基于SCSI，其速度明顯高于PC的IO。目前的服務(wù)器大多數(shù)都支持64位操作系統(tǒng)，64位操作系統(tǒng)可以使用超過4G的內(nèi)存和文件大小支持超過16G，這一點(diǎn)對Gaussian03很的重要，因?yàn)樵谧鯣aussian03運(yùn)算的時候，我發(fā)現(xiàn)Gaussian03有時候產(chǎn)生大于16G臨時文件，如果在32位操作系統(tǒng)下會運(yùn)算失敗的。 閑言少敘，直入主題吧。 1、裝好的suse下建一個用戶，我建的用戶是abis（名字無所謂） 2、用abis登陸，ftp將g03e01-em64t.tar.gz傳到用戶目錄下（我的是/home/abis/home/下） 3、使用tar -xvf g03e01-em64t.tar.gz將包解開，在abis用戶目錄下會有一個g03的目錄。 4、修改環(huán)境變量。vi .bashrc 添加如下： export GAUSS_EXEDIR=/home/abis/home/g03 export g03root=/home/abis/home/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/home/abis/home/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp/g03(這個是臨時文件目錄，隨便定義，但是要求大小空間50G以上） 這個時候你就可以進(jìn)行運(yùn)算了。 1、先做一個輸入文件。在windows下Gaussian03生成一個gjf文件。如果想用linux的多cpu文件做如下修改， section： %nproc=4 服務(wù)器是4cpu %mem=4096MB 服務(wù)器是5G,千萬不要全占了 %rwf=1，2000，2，2000.......（針對臨時目錄小和32位操作系統(tǒng)不支持超過2G文件，可以生成多個2G的臨時文件）我做個8個2G的文件的測試。 2、將這個gjf文件ftp到abis用戶目錄下，注意一定要執(zhí)行這個命令 dos2unix *.gjf 3、剩下的就是運(yùn)算了 g03 *.gjf 4、觀察運(yùn)算結(jié)果 tail -f *.log 做一個小總結(jié)： 1、在windows下修改%nproc是無效的，修改%mem好像效果也不明顯。 2、一定要注意臨時文件的大小，這是最容易出錯的地方，我的臨時文件目錄是100G 最后，我用我的一個實(shí)際應(yīng)用來說明linux很厲害。我有一個Gaussian03計算在windows2003下運(yùn)行了8小時44分鐘，但是在硬件平臺不變的情況下，在suse linux下運(yùn)行了1個小時。 謹(jǐn)以此篇短文獻(xiàn)給我那讀博士的老婆，愿她早日畢業(yè)，快樂生活。 [ Last edited by yhlllf on 2009-3-17 at 14:10 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Gaussian |
» 猜你喜歡
研究生招生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
哈爾濱工業(yè)大學(xué)（深圳）綠色化學(xué)團(tuán)隊招收2026年秋季入學(xué)博士生
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
物理化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有263人回復(fù)
-
澳大利亞昆士蘭科技大學(xué)PhD博士獎學(xué)金
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
山西大學(xué)資源與環(huán)境工程研究所化工分離/環(huán)境功能材料小組招收2026年博士生
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
【211博士招生】環(huán)境化學(xué)、地學(xué)、毒理方向，擅長污染物遷移轉(zhuǎn)化降解、計算模擬者優(yōu)先
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
求助如何利用vasp計算磁光克爾效應(yīng)
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
070300總分298求調(diào)劑
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
一志愿廈門大學(xué)化學(xué)學(xué)碩307求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿南師大0703化學(xué) 275求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
理論與計算化學(xué)方向調(diào)劑——初試388分（數(shù)學(xué)144）
已經(jīng)有0人回復(fù)
2樓2009-03-17 17:00:47
3樓2009-03-18 10:30:07
4樓2009-03-18 13:33:41
5樓2009-03-29 04:00:25
6樓2009-03-29 09:37:58
7樓2009-03-29 13:11:24
8樓2009-03-30 15:33:21
9樓2009-04-04 00:18:10
10樓2010-01-15 22:52:13
11樓2010-02-01 20:15:29
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 yhlllf 的主題更新
| 11 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +3 | 愛羈絆 2026-03-28 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 壓國家一區(qū)線，求導(dǎo)師收留，有恩必謝！ +7 | 迷人的哈哈 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +11 | zhn03 2026-03-25 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +7 | 孅華 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工 264分各科過A區(qū)國家線 +10 | 哈哈157349 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +4 | 求求了收下我吧?/a> 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +4 | 柚柚yoyo 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 亞克西good 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩310分，數(shù)一英一，一志愿211本科雙非找調(diào)劑信息 +3 | @357 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑 +9 | 稻妻小編 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 334分 一志愿武理 材料求調(diào)劑 +4 | 李李不服輸 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | 15188958825 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +6 | 藍(lán)山月 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪��？！ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +7 | α____ 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化315 求調(diào)劑 +3 | akrrain 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 開開心心沒煩惱 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +4 | LHHL66 2026-03-23 | 4/200 |
|