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[資源]
【原創(chuàng)】寫了個集群下應用測試K點或截斷能的腳本 已有4人參與
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由于我用的是學校服務器，scf生成的總能等信息都寫在了任務提交系統(tǒng)指定的結果文件output..+（變化ID） 文件中，提交任務時的指定輸出沒用，因此寫了個在指定任務提交系統(tǒng)下的腳本測試截斷能和K點。 #!/bin/sh for i in 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 do cat > scf.in < &control calculation= 'scf' restart_mode='from_scratch' pseudo_dir = './' outdir ='./' prefix = 'BiAlO3' tprnfor = .true. / &system ibrav = 1, celldm(1)=7.09, nat=5, ntyp = 3, ecutwfc = $i, ecutrho = 300, / &electrons diagonalization = 'david' conv_thr = 1.0e-8 mixing_beta = 0.7 / ATOMIC_SPECIES Bi 208.98 Bi.pbe-d-mt.UPF Al 26.98 Al.pbe-sp-van.UPF O 15.9994 O.pbe-van_ak.UPF ATOMIC_POSITIONS Bi 0 0 0 Al 0.5 0.5 0.5 O 0.5 0.5 0 O 0.5 0 0.5 O 0 0.5 0.5 K_POINTS AUTOMATIC 5 5 5 0 0 0 ! pw.x -inp scf.in E=`grep 'Harris-Foulkes estimate ' output.* |tail -1 |awk '{printf "%7.6f \n", $4}'` echo $i $E >>Evi.dat done |
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2樓2010-10-24 18:32:43
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得到的Evi.dat文件中，同一組的i，E數據重復出現次數和并行節(jié)點數一樣多，這個貌似沒辦法解決。下面是我測試的結果：（第一列是截斷能，單位Ry） 60 -397.677201 70 -397.680237 80 -397.685099 90 -397.689479 100 -397.691504 110 -397.692147 120 -397.692890 130 -397.694475 140 -397.696578 150 -397.698359 160 -397.699449 170 -397.700197 180 -397.701290 190 -397.703283 200 -397.706246 發(fā)現一個奇怪的現象，能量變化幅度不是隨之截斷能的增加而逐漸減小的，而是在120Ry達到最小后，就開始增加了。不知道大家有沒有遇到過這種情況？是什么原因呢？ [ Last edited by zhang668 on 2010-10-24 at 18:38 ] |
3樓2010-10-24 18:36:54
4樓2010-10-24 18:43:31
5樓2010-10-24 18:54:27
6樓2010-10-24 18:54:43
7樓2010-10-24 18:58:33
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又測試了BaTiO3的截斷能，發(fā)現問題更嚴重： 60 -303.813125 70 -303.814416 80 -303.818065 90 -303.856576 100 -303.780413 110 -303.857970 120 -303.858565 130 -303.782552 140 -303.861488 150 -303.784901 160 -303.862501 170 -303.862636 180 -303.786074 190 -303.865467 200 -303.868279 能量變化太大了，有人遇到過這種情況嗎？請討論或指點下！ |
8樓2010-10-24 22:42:00
9樓2010-11-08 16:27:08
10樓2010-11-09 10:31:16
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
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樓主幫我看看我這個在自己電腦上做測試的腳本哪里不對呢，我試了試不成功 #!bin/sh for i in 20 30 40 50 60 70 80 90 do cat>si.$i.in< &control calculation = 'scf' restart_mode='from_scratch', prefix='silicon', tstress = .true. tprnfor = .true. pseudo_dir = '/home/espresso-4.2/pseudo/', outdir='/root/tmp/' / &system ibrav= 2, celldm(1) =10.20, nat= 2, ntyp= 1, ecutwfc =$i, / &electrons diagonalization='david' mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 conv_thr = 1.0d-8 / ATOMIC_SPECIES Si 28.086 Si.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS Si 0.00 0.00 0.00 Si 0.25 0.25 0.25 K_POINTS automatic 4 4 4 0 0 0 ! pw.x E='grep 'Harris-Foulkes estimate' si.$i.out|tail -l|awk '{printf "%7.6f\n",$4}'' echo $i $E >>Evi.dat done |
11樓2010-11-25 21:44:20
12樓2010-11-30 10:35:55
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zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2011-01-05 14:18:12
zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2011-01-05 14:18:12
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個人測試截斷能和晶格常數兩個參數，采用與CASTEP下相同的方法，結果居然隨著晶格常數增加，總能一直在降低……相當無語……提高截斷能和K點都不成，但是理論上總能應該有個最低點，以表示收斂啊…… 不過值得一提的是，同樣的晶體結構，同樣的截斷能（把Ry換算為eV的話）、K點設置，居然PWscf的速度比CASTEP快得有點難以接受…… 順便，建議在每個單獨的計算后，rm -rf $DIR_TEMP/*，以防止臨時文件對后續(xù)計算有影響，至少CASTEP下偶爾就有這個毛病，相當煩人…… [ Last edited by souledge on 2011-1-1 at 20:35 ] |
13樓2011-01-01 20:33:28
14樓2011-01-01 20:54:37
15樓2011-01-02 16:25:42
16樓2011-01-05 09:10:53
17樓2011-01-05 10:00:02
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