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zhang668木蟲 (正式寫手)
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【原創(chuàng)】寫了個(gè)集群下應(yīng)用測(cè)試K點(diǎn)或截?cái)嗄艿哪_本 已有4人參與
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由于我用的是學(xué)校服務(wù)器，scf生成的總能等信息都寫在了任務(wù)提交系統(tǒng)指定的結(jié)果文件output..+（變化ID） 文件中，提交任務(wù)時(shí)的指定輸出沒(méi)用，因此寫了個(gè)在指定任務(wù)提交系統(tǒng)下的腳本測(cè)試截?cái)嗄芎蚄點(diǎn)。 #!/bin/sh for i in 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 do cat > scf.in < &control calculation= 'scf' restart_mode='from_scratch' pseudo_dir = './' outdir ='./' prefix = 'BiAlO3' tprnfor = .true. / &system ibrav = 1, celldm(1)=7.09, nat=5, ntyp = 3, ecutwfc = $i, ecutrho = 300, / &electrons diagonalization = 'david' conv_thr = 1.0e-8 mixing_beta = 0.7 / ATOMIC_SPECIES Bi 208.98 Bi.pbe-d-mt.UPF Al 26.98 Al.pbe-sp-van.UPF O 15.9994 O.pbe-van_ak.UPF ATOMIC_POSITIONS Bi 0 0 0 Al 0.5 0.5 0.5 O 0.5 0.5 0 O 0.5 0 0.5 O 0 0.5 0.5 K_POINTS AUTOMATIC 5 5 5 0 0 0 ! pw.x -inp scf.in E=`grep 'Harris-Foulkes estimate ' output.* |tail -1 |awk '{printf "%7.6f \n", $4}'` echo $i $E >>Evi.dat done |
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2樓2010-10-24 18:32:43
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得到的Evi.dat文件中，同一組的i，E數(shù)據(jù)重復(fù)出現(xiàn)次數(shù)和并行節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣多，這個(gè)貌似沒(méi)辦法解決。下面是我測(cè)試的結(jié)果：（第一列是截?cái)嗄�，單位Ry） 60 -397.677201 70 -397.680237 80 -397.685099 90 -397.689479 100 -397.691504 110 -397.692147 120 -397.692890 130 -397.694475 140 -397.696578 150 -397.698359 160 -397.699449 170 -397.700197 180 -397.701290 190 -397.703283 200 -397.706246 發(fā)現(xiàn)一個(gè)奇怪的現(xiàn)象，能量變化幅度不是隨之截?cái)嗄艿脑黾佣饾u減小的，而是在120Ry達(dá)到最小后，就開(kāi)始增加了。不知道大家有沒(méi)有遇到過(guò)這種情況？是什么原因呢？ [ Last edited by zhang668 on 2010-10-24 at 18:38 ] |
3樓2010-10-24 18:36:54
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4樓2010-10-24 18:43:31
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K點(diǎn)測(cè)試結(jié)果，截?cái)嗄苡玫?20Ry，其中用的N X N X N 0 0 0的K網(wǎng)格，（第一列為N） 3 -387.643933 4 -387.652958 5 -387.616159 6 -387.646384 7 -387.615051 8 -387.646694 9 -387.659891 偶數(shù)K網(wǎng)格沒(méi)包括G點(diǎn)，但差異也太大了，還不知道是什么原因，是不是輸入文件里哪些參數(shù)沒(méi)設(shè)好？ [ Last edited by zhang668 on 2010-10-24 at 18:56 ] |
5樓2010-10-24 18:54:27
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7樓2010-10-24 18:58:33
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又測(cè)試了BaTiO3的截?cái)嗄埽l(fā)現(xiàn)問(wèn)題更嚴(yán)重： 60 -303.813125 70 -303.814416 80 -303.818065 90 -303.856576 100 -303.780413 110 -303.857970 120 -303.858565 130 -303.782552 140 -303.861488 150 -303.784901 160 -303.862501 170 -303.862636 180 -303.786074 190 -303.865467 200 -303.868279 能量變化太大了，有人遇到過(guò)這種情況嗎？請(qǐng)討論或指點(diǎn)下！ |
8樓2010-10-24 22:42:00
goldenfisher
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
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樓主幫我看看我這個(gè)在自己電腦上做測(cè)試的腳本哪里不對(duì)呢，我試了試不成功 #!bin/sh for i in 20 30 40 50 60 70 80 90 do cat>si.$i.in< &control calculation = 'scf' restart_mode='from_scratch', prefix='silicon', tstress = .true. tprnfor = .true. pseudo_dir = '/home/espresso-4.2/pseudo/', outdir='/root/tmp/' / &system ibrav= 2, celldm(1) =10.20, nat= 2, ntyp= 1, ecutwfc =$i, / &electrons diagonalization='david' mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 conv_thr = 1.0d-8 / ATOMIC_SPECIES Si 28.086 Si.pz-vbc.UPF ATOMIC_POSITIONS Si 0.00 0.00 0.00 Si 0.25 0.25 0.25 K_POINTS automatic 4 4 4 0 0 0 ! pw.x E='grep 'Harris-Foulkes estimate' si.$i.out|tail -l|awk '{printf "%7.6f\n",$4}'' echo $i $E >>Evi.dat done |
11樓2010-11-25 21:44:20
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zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2011-01-05 14:18:12
zzy870720z(金幣+2):謝謝交流 2011-01-05 14:18:12
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個(gè)人測(cè)試截?cái)嗄芎途Ц癯?shù)兩個(gè)參數(shù)，采用與CASTEP下相同的方法，結(jié)果居然隨著晶格常數(shù)增加，總能一直在降低……相當(dāng)無(wú)語(yǔ)……提高截?cái)嗄芎蚄點(diǎn)都不成，但是理論上總能應(yīng)該有個(gè)最低點(diǎn)，以表示收斂啊…… 不過(guò)值得一提的是，同樣的晶體結(jié)構(gòu)，同樣的截?cái)嗄埽ò裄y換算為eV的話）、K點(diǎn)設(shè)置，居然PWscf的速度比CASTEP快得有點(diǎn)難以接受…… 順便，建議在每個(gè)單獨(dú)的計(jì)算后，rm -rf $DIR_TEMP/*，以防止臨時(shí)文件對(duì)后續(xù)計(jì)算有影響，至少CASTEP下偶爾就有這個(gè)毛病，相當(dāng)煩人…… [ Last edited by souledge on 2011-1-1 at 20:35 ] |
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