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[交流] 【求助】計算時間求助

我是初學(xué)者，對于Gaussian計算時間沒有很好把握。目前算的體系共有194原子，有2個Mg, 具體是C80H88Mg2N12O12。想用tddft做激發(fā)態(tài)優(yōu)化，如果全用6-31G*，需要1774個基函數(shù)，在8核并行mem=8GB條件下48小時只算了兩個構(gòu)型。如果用混合基組，CNOH用3-21G*, Mg用6-31G*的話，減少到1148基組。問問如果采用后者是否還是需要很長時間？如果再簡化，該如何做？

[ Last edited by gzgzgz on 2010-10-30 at 05:15 ]

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【求助】計算的時間已經(jīng)有6人回復(fù)

1樓 2010-10-26 10:34:24

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gzgzgz

銅蟲 (小有名氣)

頂一下。

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2樓2010-10-26 13:23:32

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銅蟲 (小有名氣)

再頂一下。

3樓2010-10-30 05:15:04

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recoli

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★ ★ ★
gzgzgz(金幣+1):謝謝參與
gzgzgz(金幣+2):謝謝，是葉綠素。我并不知道tddft優(yōu)化比cis慢，那我試試用cis先做試試。我目前的研究的只是單線態(tài)。 2010-10-30 06:18:48
zhou2009(金幣+2): 2010-10-30 08:05:16

這么大，難道你算的是葉綠素嗎，tddft貌似是比較慢的，選用小基組應(yīng)該會快一些。

或者先用CIS優(yōu)化，再tddft優(yōu)化。再或者用dft優(yōu)化三線態(tài)，再tddft優(yōu)化。

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4樓2010-10-30 05:55:06

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用cis需要的rwf文件超級大。。。scratch放不下，用tddft不指定MaxDisk的話用的空間<12GB，用cis如果不指定MaxDisk，SCF(l502)做完后進(jìn)入l804立刻掛掉，在scratch生成了個917GB的rwf文件，然后告知空間不夠死掉。在指定MaxDisk=16GB后，
(Enter /home/gzgzgz/g09/l804.exe)
Closed-shell transformation, MDV=  1073741824 ITran=3 ISComp=1.
Semi-Direct transformation.
ModeAB=          4 MOrb=          272 LenV= 1051761479
LASXX=  61962553972 LTotXX= 61962553972 LenRXX=124787926828
LTotAB= 62825372856 MaxLAS= 68894510080 LenRXY=          0
NonZer=186750480800 LenScr=374965731840 LnRSAI= 68894510080
LnScr1=138329402880 LExtra= 103531555 Total= 707081103183
MaxDsk=  2147483648 SrtSym=          T ITran=          3
Transformation cannot fit in the specified MaxDisk.
Error termination via Lnk1e in /home/gzgzgz/g09/l804.exe at Fri Oct 29 17:10:31 2010.
Job cpu time:  0 days  2 hours 32 minutes 14.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 952851 Int=    0 D2E=    0 Chk= 1696 Scr=    1
也是空間不夠。
為何cis需要如此大的讀寫空間？

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5樓2010-10-30 08:58:37

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hexinchem

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★
gzgzgz(金幣+1):謝謝參與
gzgzgz(金幣+2):謝謝，也只能希望得出的幾何會差不多了 2010-10-30 10:44:06

dft也算是比較精確的方法了，對于這種方法，葉綠素可以算是超大的分子了。雖然機(jī)子的配置是不錯的，但是方法所限，需要的時間一定是很長的。對于此，優(yōu)化的時候可以采用其他方法，相似的低等級方法，然后計算能量。否則需要的時間會很長，也難免遇到死機(jī)的問題，雖然chk可以繼續(xù)，但是還是會比較麻煩，對于你數(shù)據(jù)的得出也不是很有利。

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6樓2010-10-30 10:36:26

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hexinchem

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zhou2009:編輯內(nèi)容 2010-10-30 15:10

恩，優(yōu)化的部分應(yīng)該沒有問題，可能時間稍微長。其實(shí)也可以開始就用最基本的基組或者方法（當(dāng)然，精確度可以接受），然后慢慢提高，看其中的變化，也是可行的方式吧。

[ Last edited by zhou2009 on 2010-10-30 at 15:10 ]

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7樓2010-10-30 10:47:49

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ronnie5031

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★
gzgzgz(金幣+1):謝謝參與
gzgzgz(金幣+1):謝謝 2010-10-30 13:43:34

我覺得分子也太大了吧，計算時間很難估計

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8樓2010-10-30 11:06:19

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gzgzgz

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還有一個很菜的問題，在手冊上看到關(guān)于復(fù)雜度的表示，比如cis對內(nèi)存的需求是4O^2N^2，好像數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)算法里復(fù)雜度的表示都是O(N^2)為啥這里的O上面帶平方？還是說其實(shí)是40^2*N^2 (即1600*N^2，見G98中文手冊)，如果按這個算，我的就算2000個basis function 也不過要6.4GB空間而已。

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9樓2010-10-30 14:28:30

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gzgzgz(金幣+5): 2010-10-31 05:10:17

cis計算需要指定direct關(guān)鍵字才不會產(chǎn)生臨時文件。cis(direct,...)

優(yōu)化三線態(tài)是因?yàn)橛袝r候三線態(tài)和單線態(tài)的構(gòu)型接近。所以可以把三線態(tài)結(jié)構(gòu)作為單線態(tài)結(jié)構(gòu)的初始猜測。

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10樓2010-10-31 04:12:02

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