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【求助】計(jì)算時(shí)間求助
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我是初學(xué)者，對(duì)于Gaussian計(jì)算時(shí)間沒(méi)有很好把握。目前算的體系共有194原子，有2個(gè)Mg, 具體是C80H88Mg2N12O12。想用tddft做激發(fā)態(tài)優(yōu)化，如果全用6-31G*，需要1774個(gè)基函數(shù)，在8核并行mem=8GB條件下48小時(shí)只算了兩個(gè)構(gòu)型。如果用混合基組，CNOH用3-21G*, Mg用6-31G*的話，減少到1148基組。問(wèn)問(wèn)如果采用后者是否還是需要很長(zhǎng)時(shí)間？如果再簡(jiǎn)化，該如何做？ [ Last edited by gzgzgz on 2010-10-30 at 05:15 ] |
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recoli
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4樓2010-10-30 05:55:06
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頂一下。 [ Last edited by gzgzgz on 2010-10-30 at 05:14 ] |
2樓2010-10-26 13:23:32
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用cis需要的rwf文件超級(jí)大。。。scratch放不下，用tddft不指定MaxDisk的話用的空間<12GB，用cis如果不指定MaxDisk，SCF(l502)做完后進(jìn)入l804立刻掛掉，在scratch生成了個(gè)917GB的rwf文件，然后告知空間不夠死掉。在指定MaxDisk=16GB后， (Enter /home/gzgzgz/g09/l804.exe) Closed-shell transformation, MDV= 1073741824 ITran=3 ISComp=1. Semi-Direct transformation. ModeAB= 4 MOrb= 272 LenV= 1051761479 LASXX= 61962553972 LTotXX= 61962553972 LenRXX=124787926828 LTotAB= 62825372856 MaxLAS= 68894510080 LenRXY= 0 NonZer=186750480800 LenScr=374965731840 LnRSAI= 68894510080 LnScr1=138329402880 LExtra= 103531555 Total= 707081103183 MaxDsk= 2147483648 SrtSym= T ITran= 3 Transformation cannot fit in the specified MaxDisk. Error termination via Lnk1e in /home/gzgzgz/g09/l804.exe at Fri Oct 29 17:10:31 2010. Job cpu time: 0 days 2 hours 32 minutes 14.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 952851 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1696 Scr= 1 也是空間不夠。 為何cis需要如此大的讀寫(xiě)空間？ |
5樓2010-10-30 08:58:37
hexinchem
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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gzgzgz(金幣+1):謝謝參與
gzgzgz(金幣+2):謝謝，也只能希望得出的幾何會(huì)差不多了 2010-10-30 10:44:06
gzgzgz(金幣+1):謝謝參與
gzgzgz(金幣+2):謝謝，也只能希望得出的幾何會(huì)差不多了 2010-10-30 10:44:06
| dft也算是比較精確的方法了，對(duì)于這種方法，葉綠素可以算是超大的分子了。雖然機(jī)子的配置是不錯(cuò)的，但是方法所限，需要的時(shí)間一定是很長(zhǎng)的。對(duì)于此，優(yōu)化的時(shí)候可以采用其他方法，相似的低等級(jí)方法，然后計(jì)算能量。否則需要的時(shí)間會(huì)很長(zhǎng)，也難免遇到死機(jī)的問(wèn)題，雖然chk可以繼續(xù)，但是還是會(huì)比較麻煩，對(duì)于你數(shù)據(jù)的得出也不是很有利。 |
6樓2010-10-30 10:36:26
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