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老和山猥瑣派九段
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【活動】vasp計算分子動力學(xué)討論合集及專貼（籌劃中） 已有26人參與
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vasp大部分用來做結(jié)構(gòu)弛豫和電子結(jié)構(gòu)計算。它在分子動力學(xué)及模擬退火方面的計算目前關(guān)注度不夠。這可能是因?yàn)関asp的操作界面不好，以及功能有限。但它本身作為一個成熟軟件，其分子動力學(xué)的功能，以及vasp DFT計算結(jié)果在動力學(xué)上的挖掘應(yīng)用應(yīng)該值得關(guān)注。 我會用一周的時間整理版內(nèi)的相關(guān)帖子。同時希望各位專家、版主、潛伏在版內(nèi)的牛牛們跟帖分享你的收藏、學(xué)識和智慧，給大家普及提高一下vasp在分析動力學(xué)等非結(jié)構(gòu)弛豫和電子結(jié)構(gòu)結(jié)算方面的應(yīng)用心得體會，經(jīng)驗(yàn)和理論。 對于有價值的貢獻(xiàn)，金幣應(yīng)該不會少吧？  [ Last edited by cenwanglai on 2010-11-5 at 16:57 ] |
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8樓2010-11-05 16:30:56
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占位 http://www.gaoyang168.com/html/201006/2086568.html 作者: goldenfisher 收錄日期: 2010-06-04 發(fā)布日期: 2010-05-25 很長一段時間以來，一直有人在問BOMD與CPMD究竟有什么不同？這里我就簡單說一些二者的區(qū)別。 實(shí)際上，我想大部分人理解和接觸的第一原理分子動力學(xué)方法以CPMD居多。CPMD，就是Car和Parrinello兩個人作出的基于密度泛函的分子動力學(xué)方法，其特點(diǎn)是在引入電子虛擬質(zhì)量，將電子運(yùn)動耦合到了運(yùn)動方程中，每一步分子動力學(xué)計算后，對電子結(jié)構(gòu)的計算就不再需要自洽場迭代這一過程，因此可以大大節(jié)省計算資源，在計算機(jī)還不是那么好的80，90年代是彌足珍貴的。CPMD的建立開創(chuàng)了第一原理分子動力學(xué)方法的新時代，使其真正開始了實(shí)用化進(jìn)程。 而BOMD，顧名思義，就是Born-Oppenheimer分子動力學(xué)。Born-Oppenheimer近似，也就是絕熱近似，指的是將電子和離子的求解分離開來，只處理離子的動力學(xué)部分，而認(rèn)為電子可以快速跟上電子的運(yùn)動。其特點(diǎn)是每一步分子動力學(xué)計算之后都需要對電子結(jié)構(gòu)進(jìn)行自洽場迭代，使電子達(dá)到基態(tài)。正式由于這個自洽場迭代過程需要的計算量巨大，致使其一直沒有達(dá)到廣泛運(yùn)用，直到90年代中后期，計算機(jī)技術(shù)的發(fā)展，才使BOMD開始逐步被人們重視。 CPMD和BOMD各有優(yōu)劣。CPMD雖然計算速度更快，不需要進(jìn)行自洽場迭代計算，計算量小，但是由于計算中并沒有使體系真正達(dá)到基態(tài)，而只是盡量靠近基態(tài)，因此其準(zhǔn)確性對電子的虛擬質(zhì)量這個參數(shù)的選取依賴程度很大，一旦計算參數(shù)不對，得到的體系很可能遠(yuǎn)遠(yuǎn)偏離真實(shí)的勢能面，得不到正確的動力學(xué)軌跡。同時，為了保證其盡量靠近基態(tài)，分子動力學(xué)時間步長一般選得較小。而BOMD雖然計算量大，但是由于每一步都保證系統(tǒng)達(dá)到基態(tài)，因此其分子動力學(xué)步長可以取得較大，一般1fs到5fs都有可能。綜合來說，如果能結(jié)合二者的優(yōu)勢，第一原理分子動力學(xué)計算效率將大大提高，這也成為近年來其發(fā)展的重要方向。 關(guān)于這部分近年來的發(fā)展，可以參考以下兩篇文獻(xiàn)，以及其參考文獻(xiàn)和引用他們的文獻(xiàn)。 http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevLett.98.066401 http://iopscience.iop.org/0295-5075/88/2/20001/?rss=2.0 這部分實(shí)際上也是一個研究熱點(diǎn)，歡迎大家熱辣討論，并長期關(guān)注。 作者：beyondstar 頂，嚴(yán)重支持�。。。。。。。。。。。。� 作者：zsjan 寫得非常好��！ 作者：valenhou001 另外一個CPMD處理金屬體系有是不大好的。 作者：vasp001 CPMD 用的勢場是 on the fly ,而BOMD 用的勢場是嚴(yán)格的第一性原理的勢場，即從能量對粒子位置求一次偏倒得到。 CPMD 處理金屬體系時，引入了熱庫的概念。來表示電子和離子的耦合。即電子在一定的頻率范圍以上認(rèn)為和離子進(jìn)行有效的耦合，即在一定的頻率薄層范圍內(nèi)，都是認(rèn)為電子和離子進(jìn)行有效耦合的。 作者：enola 謝謝goldenfisher 作者：freer007 將得好，謝謝樓主分享。 作者：xirainbow 牛��；） 作者：goldenfisher 目前大部分CPMD程序只能進(jìn)行Gamma點(diǎn)的計算，而BOMD可以進(jìn)行多k點(diǎn)計算。這也是因?yàn)镃PMD一般處理流體等無對稱性的對象，所以Gamma點(diǎn)可以增加計算速度，且不關(guān)心體系對稱性。 作者：quantumfang 可能不能評價   作者：oulihui666 頂，好貼！  [ Last edited by cenwanglai on 2011-1-11 at 20:31 ] |
2樓2010-11-04 10:54:34
putian
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10樓2010-11-05 16:56:29
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13樓2010-11-06 20:47:50
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占位 Vasp做分子動力學(xué)的好處，由于vasp是近些年開發(fā)的比較成熟的軟件，在做電子scf速度方面有較好的優(yōu)勢。 缺點(diǎn)：可選系綜太少。 盡管如此，對于大多數(shù)有關(guān)分子動力學(xué)的任務(wù)還是可以勝任的。 主要使用的系綜是 NVT 和 NVE。 下面我將對主要參數(shù)進(jìn)行介紹！ 一般做分子動力學(xué)的時候都需要較多原子，一般都超過100個。 當(dāng)原子數(shù)多的時候，k點(diǎn)實(shí)際就需要較少了。有的時候用一個k點(diǎn)就行，不過這都需要嚴(yán)格的測試。通常超過200個原子的時候，用一個k點(diǎn)，即Gamma點(diǎn)就可以了。 INCAR： EDIFF 一般來說，用1E-4 或者1E-5都可以，這個參數(shù)只是對第一個離子步的自洽影響大一些，對于長時間的分子動力學(xué)的模擬，精度小一點(diǎn)也無所謂，但不能太小。 IBRION=0 分子動力學(xué)模擬 IALGO=48 一般用48，對于原子數(shù)較多，這個優(yōu)化方式較好。 NSW=1000 多少個時間步長。 POTIM=3 時間步長,單位fs, 通常1到3. ISIF=2 計算外界的壓力. NBLOCK= 1 多少個時間步長，寫一次CONTCAR，CHG和CHGCAR，PCDAT. KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 個步長寫一次 XDATCAR. ISMEAR=-1 費(fèi)米迪拉克分布. SIGMA =0.05 單位:電子伏 NELMIN=8 一般用6到8, 最小的電子scf數(shù).太少的話,收斂的不好. LREAL=A APACO=10 徑向分布函數(shù)距離, 單位是埃. NPACO=200 徑向分布函數(shù)插的點(diǎn)數(shù). LCHARG=F 盡量不寫電荷密度,否則CHG文件太大. TEBEG=300 初始溫度. TEEND=300 終態(tài)溫度。 不設(shè)的話，等于TEBEG. SMASS -3 NVE ensemble;-1 用來做模擬退火。大于0 NVT 系綜。 作者：chuzhaonan 這個要認(rèn)真學(xué)習(xí) 作者：wuchenwf 感謝分享 分子動力學(xué)模擬的參數(shù)可選擇性也不小，不要完全被某個INCAR所局限，要明白每個參數(shù)是什么意思 作者：study163 這個要看看，不錯 作者：spur 感謝分享。問一下樓主：有辦法得到體系在某一個方向上(e.g. x, y, z)的徑向分布函數(shù)嗎？另外樓主能不能給大家講講SMASS=1，2，3的區(qū)別？ [ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ] 作者：xiaowandouer 樓主太無私了，感動ing。。。。。。。。 收藏起來，以備不時之需 作者：wuchenwf QUOTE: Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58: 感謝分享。問一下樓主：有辦法得到體系在某一個方向上(e.g. x, y, z)的徑向分布函數(shù)嗎？另外樓主能不能給大家講講SMASS=1，2，3的區(qū)別？ [ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ] 這個還真沒有聽說過，有一個問題是徑向分布函數(shù)其本身就是一維的物理量 作者：aylayl08  作者：xbelinda QUOTE: Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58: 感謝分享。問一下樓主：有辦法得到體系在某一個方向上(e.g. x, y, z)的徑向分布函數(shù)嗎？另外樓主能不能給大家講講SMASS=1，2，3的區(qū)別？ [ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ] SMASS=1,2,3 是沒有區(qū)別的。都是NVT ensemble。 SMASS只要是大于0就是NVT系綜。 另一個問題，我也不會。沒用到過。 作者：gavinliu7390 it is worth to learn. 作者：csfn 樓主能否考慮簡單介紹下vasp做了md后的主要輸出文件（主要結(jié)果）分析  [ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:51 ] 學(xué)習(xí)了，但是要指出你的一點(diǎn)小錯誤。 NBLOCK= 1 指的是多少個離子步（時間步長只是對于MD而言，對于其它的計算，NBLOCK也是起控制作用的）寫一次XDATCAR KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 個離子步寫一次PCDAT. CONTCAR是每個離子步之后都會寫出來的，但是會用新的把老的覆蓋 CHG是在每10個離子步寫一次，不會覆蓋 CHGCAR是在任務(wù)正常結(jié)束之后才寫的。 [ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:55 ] 原文鏈接： 感謝xbelinda http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1744011&fpage=0&view=&highlight=&page=1 [ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:57 ] |
3樓2010-11-04 10:54:46
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