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cenwanglai榮譽版主 (知名作家)
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【活動】vasp計算分子動力學討論合集及專貼（籌劃中） 已有26人參與
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vasp大部分用來做結構弛豫和電子結構計算。它在分子動力學及模擬退火方面的計算目前關注度不夠。這可能是因為vasp的操作界面不好，以及功能有限。但它本身作為一個成熟軟件，其分子動力學的功能，以及vasp DFT計算結果在動力學上的挖掘應用應該值得關注。 我會用一周的時間整理版內的相關帖子。同時希望各位專家、版主、潛伏在版內的牛牛們跟帖分享你的收藏、學識和智慧，給大家普及提高一下vasp在分析動力學等非結構弛豫和電子結構結算方面的應用心得體會，經(jīng)驗和理論。 對于有價值的貢獻，金幣應該不會少吧？  [ Last edited by cenwanglai on 2010-11-5 at 16:57 ] |
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cenwanglai
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占位 Vasp做分子動力學的好處，由于vasp是近些年開發(fā)的比較成熟的軟件，在做電子scf速度方面有較好的優(yōu)勢。 缺點：可選系綜太少。 盡管如此，對于大多數(shù)有關分子動力學的任務還是可以勝任的。 主要使用的系綜是 NVT 和 NVE。 下面我將對主要參數(shù)進行介紹！ 一般做分子動力學的時候都需要較多原子，一般都超過100個。 當原子數(shù)多的時候，k點實際就需要較少了。有的時候用一個k點就行，不過這都需要嚴格的測試。通常超過200個原子的時候，用一個k點，即Gamma點就可以了。 INCAR： EDIFF 一般來說，用1E-4 或者1E-5都可以，這個參數(shù)只是對第一個離子步的自洽影響大一些，對于長時間的分子動力學的模擬，精度小一點也無所謂，但不能太小。 IBRION=0 分子動力學模擬 IALGO=48 一般用48，對于原子數(shù)較多，這個優(yōu)化方式較好。 NSW=1000 多少個時間步長。 POTIM=3 時間步長,單位fs, 通常1到3. ISIF=2 計算外界的壓力. NBLOCK= 1 多少個時間步長，寫一次CONTCAR，CHG和CHGCAR，PCDAT. KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 個步長寫一次 XDATCAR. ISMEAR=-1 費米迪拉克分布. SIGMA =0.05 單位:電子伏 NELMIN=8 一般用6到8, 最小的電子scf數(shù).太少的話,收斂的不好. LREAL=A APACO=10 徑向分布函數(shù)距離, 單位是埃. NPACO=200 徑向分布函數(shù)插的點數(shù). LCHARG=F 盡量不寫電荷密度,否則CHG文件太大. TEBEG=300 初始溫度. TEEND=300 終態(tài)溫度。 不設的話，等于TEBEG. SMASS -3 NVE ensemble;-1 用來做模擬退火。大于0 NVT 系綜。 作者：chuzhaonan 這個要認真學習 作者：wuchenwf 感謝分享 分子動力學模擬的參數(shù)可選擇性也不小，不要完全被某個INCAR所局限，要明白每個參數(shù)是什么意思 作者：study163 這個要看看，不錯 作者：spur 感謝分享。問一下樓主：有辦法得到體系在某一個方向上(e.g. x, y, z)的徑向分布函數(shù)嗎？另外樓主能不能給大家講講SMASS=1，2，3的區(qū)別？ [ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ] 作者：xiaowandouer 樓主太無私了，感動ing。。。。。。。。 收藏起來，以備不時之需 作者：wuchenwf QUOTE: Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58: 感謝分享。問一下樓主：有辦法得到體系在某一個方向上(e.g. x, y, z)的徑向分布函數(shù)嗎？另外樓主能不能給大家講講SMASS=1，2，3的區(qū)別？ [ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ] 這個還真沒有聽說過，有一個問題是徑向分布函數(shù)其本身就是一維的物理量 作者：aylayl08  作者：xbelinda QUOTE: Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58: 感謝分享。問一下樓主：有辦法得到體系在某一個方向上(e.g. x, y, z)的徑向分布函數(shù)嗎？另外樓主能不能給大家講講SMASS=1，2，3的區(qū)別？ [ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ] SMASS=1,2,3 是沒有區(qū)別的。都是NVT ensemble。 SMASS只要是大于0就是NVT系綜。 另一個問題，我也不會。沒用到過。 作者：gavinliu7390 it is worth to learn. 作者：csfn 樓主能否考慮簡單介紹下vasp做了md后的主要輸出文件（主要結果）分析  [ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:51 ] 學習了，但是要指出你的一點小錯誤。 NBLOCK= 1 指的是多少個離子步（時間步長只是對于MD而言，對于其它的計算，NBLOCK也是起控制作用的）寫一次XDATCAR KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 個離子步寫一次PCDAT. CONTCAR是每個離子步之后都會寫出來的，但是會用新的把老的覆蓋 CHG是在每10個離子步寫一次，不會覆蓋 CHGCAR是在任務正常結束之后才寫的。 [ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:55 ] 原文鏈接： 感謝xbelinda http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1744011&fpage=0&view=&highlight=&page=1 [ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:57 ] |
3樓2010-11-04 10:54:46
cenwanglai
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占位 http://www.gaoyang168.com/html/201006/2086568.html 作者: goldenfisher 收錄日期: 2010-06-04 發(fā)布日期: 2010-05-25 很長一段時間以來，一直有人在問BOMD與CPMD究竟有什么不同？這里我就簡單說一些二者的區(qū)別。 實際上，我想大部分人理解和接觸的第一原理分子動力學方法以CPMD居多。CPMD，就是Car和Parrinello兩個人作出的基于密度泛函的分子動力學方法，其特點是在引入電子虛擬質量，將電子運動耦合到了運動方程中，每一步分子動力學計算后，對電子結構的計算就不再需要自洽場迭代這一過程，因此可以大大節(jié)省計算資源，在計算機還不是那么好的80，90年代是彌足珍貴的。CPMD的建立開創(chuàng)了第一原理分子動力學方法的新時代，使其真正開始了實用化進程。 而BOMD，顧名思義，就是Born-Oppenheimer分子動力學。Born-Oppenheimer近似，也就是絕熱近似，指的是將電子和離子的求解分離開來，只處理離子的動力學部分，而認為電子可以快速跟上電子的運動。其特點是每一步分子動力學計算之后都需要對電子結構進行自洽場迭代，使電子達到基態(tài)。正式由于這個自洽場迭代過程需要的計算量巨大，致使其一直沒有達到廣泛運用，直到90年代中后期，計算機技術的發(fā)展，才使BOMD開始逐步被人們重視。 CPMD和BOMD各有優(yōu)劣。CPMD雖然計算速度更快，不需要進行自洽場迭代計算，計算量小，但是由于計算中并沒有使體系真正達到基態(tài)，而只是盡量靠近基態(tài)，因此其準確性對電子的虛擬質量這個參數(shù)的選取依賴程度很大，一旦計算參數(shù)不對，得到的體系很可能遠遠偏離真實的勢能面，得不到正確的動力學軌跡。同時，為了保證其盡量靠近基態(tài)，分子動力學時間步長一般選得較小。而BOMD雖然計算量大，但是由于每一步都保證系統(tǒng)達到基態(tài)，因此其分子動力學步長可以取得較大，一般1fs到5fs都有可能。綜合來說，如果能結合二者的優(yōu)勢，第一原理分子動力學計算效率將大大提高，這也成為近年來其發(fā)展的重要方向。 關于這部分近年來的發(fā)展，可以參考以下兩篇文獻，以及其參考文獻和引用他們的文獻。 http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevLett.98.066401 http://iopscience.iop.org/0295-5075/88/2/20001/?rss=2.0 這部分實際上也是一個研究熱點，歡迎大家熱辣討論，并長期關注。 作者：beyondstar 頂，嚴重支持�。。。。。。。。。。。�！ 作者：zsjan 寫得非常好啊！ 作者：valenhou001 另外一個CPMD處理金屬體系有是不大好的。 作者：vasp001 CPMD 用的勢場是 on the fly ,而BOMD 用的勢場是嚴格的第一性原理的勢場，即從能量對粒子位置求一次偏倒得到。 CPMD 處理金屬體系時，引入了熱庫的概念。來表示電子和離子的耦合。即電子在一定的頻率范圍以上認為和離子進行有效的耦合，即在一定的頻率薄層范圍內，都是認為電子和離子進行有效耦合的。 作者：enola 謝謝goldenfisher 作者：freer007 將得好，謝謝樓主分享。 作者：xirainbow 牛��；） 作者：goldenfisher 目前大部分CPMD程序只能進行Gamma點的計算，而BOMD可以進行多k點計算。這也是因為CPMD一般處理流體等無對稱性的對象，所以Gamma點可以增加計算速度，且不關心體系對稱性。 作者：quantumfang 可能不能評價   作者：oulihui666 頂，好貼！  [ Last edited by cenwanglai on 2011-1-11 at 20:31 ] |
2樓2010-11-04 10:54:34
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5樓2010-11-04 11:48:03
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7樓2010-11-04 18:05:44
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