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【求助】結(jié)構(gòu)優(yōu)化-急需解決的問題
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Sample Text 各位，大家好！ 我學(xué)習(xí)高斯時間很短，現(xiàn)在有些問題想請教一下： 1.在高斯進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化和能量計算的時候，在什么情況下要對分子加以極化和彌散？加了和沒加有什么差異？對于一個具體的分子，怎么分析是否加極化和彌散？ 2.在對兩個或者更多個不同分子之間作用的體系，怎么確定各個分子之間的相對較好 的位置，以為體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供一個可靠而快速的條件？（例如兩個MAA和另一個分子相互作用的體系）有沒有其它什么快捷的方法輔助進(jìn)行體系分子間相互作用的位置確定？ 3.對分子的結(jié)構(gòu)在溶劑中進(jìn)行優(yōu)化時，要輸入溶劑的種類，實(shí)際上應(yīng)該是確定介電常數(shù)是不？對于混合溶劑怎么考慮呢，比如水和乙腈，在windows版好像只能輸入純種溶劑�；旌先軇┑慕殡姵�(shù)查不到具體比例的數(shù)值，像是要用介電常數(shù)儀測定，各位認(rèn)為應(yīng)該怎么辦呢？ 請那位高手能夠幫忙解決一下，十分感謝！最好能夠發(fā)到我郵箱一下：zxg200910@126.com 我是貴州大學(xué)的學(xué)生，多多指教！  |
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zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+3): 2010-11-09 15:09:14
zxg200910(金幣+1):多謝，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59
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zxg200910(金幣+1):多謝，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59
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1、有相關(guān)文獻(xiàn)可以參考。 建議你在網(wǎng)上搜索《一種選擇從頭算基函數(shù)的有效方法》或中國科學(xué)上步宇翔的一篇文章也是關(guān)于基組選擇的文章，具體文章名忘記了。 2、你可能參考別人做分子間氫鍵的文章。 3、只確定介電常數(shù)結(jié)果是不可靠的，影響溶劑化效應(yīng)的因素很多， 溶劑化效應(yīng)計算結(jié)果文件中有以下內(nèi)容： Polarizable Continuum Model (PCM) ================================= Model : PCM. Atomic radii : UA0 (Simple United Atom Topological Model). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Matrix inversion. Cavity : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890). Default sphere list used, NSphG= 25. Tesserae with average area of 0.200 Ang**2. 1st derivatives : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : Water, Eps = 78.390000 Eps(inf)= 1.776000 RSolv = 1.385000 Ang. 要自定義溶劑的話，至少Solvent下面的幾項得給確定了。 GS計算好象不能直接設(shè)置多元溶劑，不知道用分層的方法或QM，MM接合能否設(shè)置多元溶劑？你可以試試。 |
3樓2010-11-09 14:54:53
manson1998
金蟲 (著名寫手)
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- 蟲號: 687411
★ ★ ★
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+2): 2010-11-09 15:08:53
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+2): 2010-11-09 15:08:53
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為什么加極化和彌散 ----樓主可以參考極化和彌散基組的目的，用以處理自己所需要的體系，盡量做到物美(精確度高)價廉(用時短)的效果。 如何確定相對位置 ----樓主可以查閱文獻(xiàn)并依據(jù)自己的化學(xué)知識，如果是大分子體系，可能需要借助一些計算來表征分子表面的各種性質(zhì)來輔助判斷。 最后一問 -----尚不清楚 [ Last edited by manson1998 on 2010-11-9 at 14:42 ] |
2樓2010-11-09 14:34:32
zhou2009
版主 (著名寫手)
- QC強(qiáng)帖: 15
- 應(yīng)助: 337 (大學(xué)生)
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- 蟲號: 676800
★
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zxg200910(金幣+1):受益匪淺，但有些問題還需要請教，有些不明白，謝謝！ 2010-11-09 17:13:57
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zxg200910(金幣+1):受益匪淺，但有些問題還需要請教，有些不明白，謝謝！ 2010-11-09 17:13:57
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1、對分子加極化和彌散，原則上都應(yīng)該進(jìn)行，如哪怕是算H2這樣最小的分子，用6-311++G**才能達(dá)到計算的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、能量嚴(yán)格與實(shí)驗值相符，但是對原子數(shù)較多的分子，這樣作在計算時間上常是不現(xiàn)實(shí)的。 通常只對在分子體系中需要成鍵軌道較大延伸、變形的原子，具有孤對電子的原子，配位鍵，分子之間的作用原子，加極化和彌散。 2、對兩個或者更多個不同分子之間作用的體系，怎么確定各個分子之間的相對較好的位置，為體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供一個可靠而快速的條件？ 這時可以對照二者的HOMO、LUMO，或是考慮二者親電、親核的部位，這可看HOMO、LUMO圖，或靜電勢圖或電子密度圖來比較。 比如氫鍵，原子的孤對電子（靜電勢圖為負(fù)值），對著另一個分子的H（連著O、N的，靜電勢圖為較大正值的），距離取氫鍵距離。 3、對于混合溶劑，比如水和乙腈，可能應(yīng)在上述氫鍵形成的基礎(chǔ)上，安排一些水和乙腈來近似模擬、優(yōu)化，你初學(xué)，試探優(yōu)化的工作量大，難度較高。 |
4樓2010-11-09 15:07:29
5樓2010-11-09 16:16:05
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