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[交流] 【求助】一個(gè)結(jié)構(gòu)優(yōu)化的問題

本人新手，想問一下大家。再利用Gaussian03優(yōu)化分子的幾何結(jié)構(gòu)時(shí)，要預(yù)先對(duì)分子進(jìn)行怎樣的預(yù)處理？我們現(xiàn)在的做法是通過CHEM3D里邊的MM2對(duì)分子進(jìn)行預(yù)優(yōu)化，然后再把優(yōu)化好的坐標(biāo)輸入到Gaussian03中做下一步的優(yōu)化，如果沒有這一步直接用Gaussian進(jìn)行優(yōu)化，得到的結(jié)果二者有什么區(qū)別？請(qǐng)各位大俠指教，xiexie！��！

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1樓 2010-11-20 09:51:51

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heyo_123

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

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Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 09:51:51:
本人新手，想問一下大家。再利用Gaussian03優(yōu)化分子的幾何結(jié)構(gòu)時(shí)，要預(yù)先對(duì)分子進(jìn)行怎樣的預(yù)處理？我們現(xiàn)在的做法是通過CHEM3D里邊的MM2對(duì)分子進(jìn)行預(yù)優(yōu)化，然后再把優(yōu)化好的坐標(biāo)輸入到Gaussian03中做下一步的優(yōu)化 ...

要看分子的大小，是否還金屬。區(qū)別？？自己輸個(gè)分子試試不就得了.

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2樓2010-11-20 10:15:23

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fatpig8832

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heyo_123(金幣+1):鼓勵(lì)交流！！ 2010-11-20 10:32:46

預(yù)優(yōu)化的作用就是有可能會(huì)節(jié)省時(shí)間...因?yàn)檎f不定你預(yù)優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)跟g03得到的結(jié)構(gòu)很接近，那g03很快就能算完...

但并不是每次都這樣...

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3樓2010-11-20 10:18:24

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hustyh0801

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Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 10:15:23:

要看分子的大小，是否還金屬。區(qū)別？？自己輸個(gè)分子試試不就得了.

分子不大9個(gè)原子，另外也不含金屬，我們想重復(fù)別人的數(shù)據(jù)但是我們得出的結(jié)果與別人相差較大，方法和基組都是一樣的，我們在想是不是預(yù)優(yōu)化的問題，另外我們也分別比較過不預(yù)優(yōu)化與預(yù)優(yōu)化后的優(yōu)化結(jié)果還是有一定的差別，一開始我的理解也是預(yù)優(yōu)化只是為了節(jié)省Gaussian計(jì)算時(shí)間，但是后來發(fā)現(xiàn)結(jié)果還是。。。。。請(qǐng)版主賜教�。�！

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4樓2010-11-20 10:46:21

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heyo_123

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hustyh0801(金幣+2): 2010-11-20 12:07:35

引用回帖:

Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 10:46:21:

分子不大9個(gè)原子，另外也不含金屬，我們想重復(fù)別人的數(shù)據(jù)但是我們得出的結(jié)果與別人相差較大，方法和基組都是一樣的，我們在想是不是預(yù)優(yōu)化的問題，另外我們也分別比較過不預(yù)優(yōu)化與預(yù)優(yōu)化后的優(yōu)化結(jié)果還是有一定 ...

不要用MM2了，直接用gaussian算。先低基組優(yōu)化結(jié)構(gòu)，后高級(jí)組算能量。你懂的。

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5樓2010-11-20 11:26:14

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Originally posted by fatpig8832 at 2010-11-20 10:18:24:
預(yù)優(yōu)化的作用就是有可能會(huì)節(jié)省時(shí)間...因?yàn)檎f不定你預(yù)優(yōu)化出來的結(jié)構(gòu)跟g03得到的結(jié)構(gòu)很接近，那g03很快就能算完...

但并不是每次都這樣...

那二者的結(jié)果應(yīng)該沒有差別吧，但是通過我們對(duì)比發(fā)現(xiàn)還是有一定的差距的。

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6樓2010-11-20 11:35:30

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Originally posted by heyo_123 at 2010-11-20 11:26:14:

不要用MM2了，直接用gaussian算。先低基組優(yōu)化結(jié)構(gòu)，后高級(jí)組算能量。你懂的。

先謝謝版主了，我們是一個(gè)一價(jià)離子，那我們是用方法B3LYP/3-21++G opt 還是B3LYP/STO-3++G 預(yù)優(yōu)化好? 再用B3LYP/6-311++G opt 算出最低單點(diǎn)能是否合理？

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7樓2010-11-20 12:07:02

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zhangmt

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heyo_123(金幣+2):鼓勵(lì)交流！！ 2010-11-20 13:41:44

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Originally posted by hustyh0801 at 2010-11-20 12:07:02:
先謝謝版主了，我們是一個(gè)一價(jià)離子，那我們是用方法B3LYP/3-21++G opt 還是B3LYP/STO-3++G 預(yù)優(yōu)化好? 再用B3LYP/6-311++G opt 算出最低單點(diǎn)能是否合理？

什么叫做“一價(jià)離子”？陽離子還是陰離子？陽離子沒必要用彌散的啊。
再說了，就STO-3G那么小的一個(gè)基組，你還能加彌散校正？本來就差遠(yuǎn)了，加彌散能有什么用？還++？更不可行了。。。。3-21G也是太小的基組了，要么你就直接3-21g預(yù)優(yōu)化一下，意思意思，要么就從6-31g開始。然后再上大基組。

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8樓2010-11-20 12:31:40

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Originally posted by zhangmt at 2010-11-20 12:31:40:

什么叫做“一價(jià)離子”？陽離子還是陰離子？陽離子沒必要用彌散的啊。
再說了，就STO-3G那么小的一個(gè)基組，你還能加彌散校正？本來就差遠(yuǎn)了，加彌散能有什么用？還++？更不可行了。。。。3-21G也是太小的基組了 ...

小弟新手，很多東西不懂。我們是陰離子才用的彌散函數(shù)，按你的意思先直接上6-31G 然后可以采用哪些更大的基組。？

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9樓2010-11-20 12:45:57

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zhangmt

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一般只要化學(xué)基礎(chǔ)不是太差，初始分子結(jié)構(gòu)比較合理，直接6-31g*起優(yōu)化，如果分子很大，這就足夠了。如果嫌能量算的不準(zhǔn)，可以加大基組，比如用6-311++g**單點(diǎn)算。

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10樓2010-11-20 13:03:38

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Originally posted by zhangmt at 2010-11-20 13:03:38:
一般只要化學(xué)基礎(chǔ)不是太差，初始分子結(jié)構(gòu)比較合理，直接6-31g*起優(yōu)化，如果分子很大，這就足夠了。如果嫌能量算的不準(zhǔn)，可以加大基組，比如用6-311++g**單點(diǎn)算。

謝謝指點(diǎn)，問一個(gè)基礎(chǔ)的問題，什么情況下加上極化函數(shù)？

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11樓2010-11-20 15:09:44

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天下楓葉

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

是有點(diǎn)差別的，能量是有點(diǎn)出入

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12樓2011-07-31 23:03:52

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