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【求助】結(jié)構(gòu)優(yōu)化-急需解決的問題
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Sample Text 各位，大家好！ 我學習高斯時間很短，現(xiàn)在有些問題想請教一下： 1.在高斯進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化和能量計算的時候，在什么情況下要對分子加以極化和彌散？加了和沒加有什么差異？對于一個具體的分子，怎么分析是否加極化和彌散？ 2.在對兩個或者更多個不同分子之間作用的體系，怎么確定各個分子之間的相對較好 的位置，以為體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供一個可靠而快速的條件？（例如兩個MAA和另一個分子相互作用的體系）有沒有其它什么快捷的方法輔助進行體系分子間相互作用的位置確定？ 3.對分子的結(jié)構(gòu)在溶劑中進行優(yōu)化時，要輸入溶劑的種類，實際上應該是確定介電常數(shù)是不？對于混合溶劑怎么考慮呢，比如水和乙腈，在windows版好像只能輸入純種溶劑�；旌先軇┑慕殡姵�(shù)查不到具體比例的數(shù)值，像是要用介電常數(shù)儀測定，各位認為應該怎么辦呢？ 請那位高手能夠幫忙解決一下，十分感謝！最好能夠發(fā)到我郵箱一下：zxg200910@126.com 我是貴州大學的學生，多多指教！  |
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2樓2010-11-09 14:34:32
★ ★ ★ ★
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+3): 2010-11-09 15:09:14
zxg200910(金幣+1):多謝，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+3): 2010-11-09 15:09:14
zxg200910(金幣+1):多謝，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59
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1、有相關(guān)文獻可以參考。 建議你在網(wǎng)上搜索《一種選擇從頭算基函數(shù)的有效方法》或中國科學上步宇翔的一篇文章也是關(guān)于基組選擇的文章，具體文章名忘記了。 2、你可能參考別人做分子間氫鍵的文章。 3、只確定介電常數(shù)結(jié)果是不可靠的，影響溶劑化效應的因素很多， 溶劑化效應計算結(jié)果文件中有以下內(nèi)容： Polarizable Continuum Model (PCM) ================================= Model : PCM. Atomic radii : UA0 (Simple United Atom Topological Model). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Matrix inversion. Cavity : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890). Default sphere list used, NSphG= 25. Tesserae with average area of 0.200 Ang**2. 1st derivatives : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : Water, Eps = 78.390000 Eps(inf)= 1.776000 RSolv = 1.385000 Ang. 要自定義溶劑的話，至少Solvent下面的幾項得給確定了。 GS計算好象不能直接設(shè)置多元溶劑，不知道用分層的方法或QM，MM接合能否設(shè)置多元溶劑？你可以試試。 |
3樓2010-11-09 14:54:53
★
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zxg200910(金幣+1):受益匪淺，但有些問題還需要請教，有些不明白，謝謝！ 2010-11-09 17:13:57
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zxg200910(金幣+1):受益匪淺，但有些問題還需要請教，有些不明白，謝謝！ 2010-11-09 17:13:57
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1、對分子加極化和彌散，原則上都應該進行，如哪怕是算H2這樣最小的分子，用6-311++G**才能達到計算的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、能量嚴格與實驗值相符，但是對原子數(shù)較多的分子，這樣作在計算時間上常是不現(xiàn)實的。 通常只對在分子體系中需要成鍵軌道較大延伸、變形的原子，具有孤對電子的原子，配位鍵，分子之間的作用原子，加極化和彌散。 2、對兩個或者更多個不同分子之間作用的體系，怎么確定各個分子之間的相對較好的位置，為體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供一個可靠而快速的條件？ 這時可以對照二者的HOMO、LUMO，或是考慮二者親電、親核的部位，這可看HOMO、LUMO圖，或靜電勢圖或電子密度圖來比較。 比如氫鍵，原子的孤對電子（靜電勢圖為負值），對著另一個分子的H（連著O、N的，靜電勢圖為較大正值的），距離取氫鍵距離。 3、對于混合溶劑，比如水和乙腈，可能應在上述氫鍵形成的基礎(chǔ)上，安排一些水和乙腈來近似模擬、優(yōu)化，你初學，試探優(yōu)化的工作量大，難度較高。 |
4樓2010-11-09 15:07:29
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