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zxg200910銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
【求助】結(jié)構(gòu)優(yōu)化-急需解決的問(wèn)題
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Sample Text 各位，大家好！ 我學(xué)習(xí)高斯時(shí)間很短，現(xiàn)在有些問(wèn)題想請(qǐng)教一下： 1.在高斯進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化和能量計(jì)算的時(shí)候，在什么情況下要對(duì)分子加以極化和彌散？加了和沒(méi)加有什么差異？對(duì)于一個(gè)具體的分子，怎么分析是否加極化和彌散？ 2.在對(duì)兩個(gè)或者更多個(gè)不同分子之間作用的體系，怎么確定各個(gè)分子之間的相對(duì)較好 的位置，以為體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供一個(gè)可靠而快速的條件？（例如兩個(gè)MAA和另一個(gè)分子相互作用的體系）有沒(méi)有其它什么快捷的方法輔助進(jìn)行體系分子間相互作用的位置確定？ 3.對(duì)分子的結(jié)構(gòu)在溶劑中進(jìn)行優(yōu)化時(shí)，要輸入溶劑的種類，實(shí)際上應(yīng)該是確定介電常數(shù)是不？對(duì)于混合溶劑怎么考慮呢，比如水和乙腈，在windows版好像只能輸入純種溶劑�；旌先軇┑慕殡姵�(shù)查不到具體比例的數(shù)值，像是要用介電常數(shù)儀測(cè)定，各位認(rèn)為應(yīng)該怎么辦呢？ 請(qǐng)那位高手能夠幫忙解決一下，十分感謝！最好能夠發(fā)到我郵箱一下：zxg200910@126.com 我是貴州大學(xué)的學(xué)生，多多指教！  |
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boylc789
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7樓2010-11-11 15:00:11
manson1998
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zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+2): 2010-11-09 15:08:53
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+2): 2010-11-09 15:08:53
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為什么加極化和彌散 ----樓主可以參考極化和彌散基組的目的，用以處理自己所需要的體系，盡量做到物美(精確度高)價(jià)廉(用時(shí)短)的效果。 如何確定相對(duì)位置 ----樓主可以查閱文獻(xiàn)并依據(jù)自己的化學(xué)知識(shí)，如果是大分子體系，可能需要借助一些計(jì)算來(lái)表征分子表面的各種性質(zhì)來(lái)輔助判斷。 最后一問(wèn) -----尚不清楚 [ Last edited by manson1998 on 2010-11-9 at 14:42 ] |
2樓2010-11-09 14:34:32
hzfish
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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zhou2009(金幣+3): 2010-11-09 15:09:14
zxg200910(金幣+1):多謝，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zhou2009(金幣+3): 2010-11-09 15:09:14
zxg200910(金幣+1):多謝，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59
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1、有相關(guān)文獻(xiàn)可以參考。 建議你在網(wǎng)上搜索《一種選擇從頭算基函數(shù)的有效方法》或中國(guó)科學(xué)上步宇翔的一篇文章也是關(guān)于基組選擇的文章，具體文章名忘記了。 2、你可能參考別人做分子間氫鍵的文章。 3、只確定介電常數(shù)結(jié)果是不可靠的，影響溶劑化效應(yīng)的因素很多， 溶劑化效應(yīng)計(jì)算結(jié)果文件中有以下內(nèi)容： Polarizable Continuum Model (PCM) ================================= Model : PCM. Atomic radii : UA0 (Simple United Atom Topological Model). Polarization charges : Total charges. Charge compensation : None. Solution method : Matrix inversion. Cavity : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890). Default sphere list used, NSphG= 25. Tesserae with average area of 0.200 Ang**2. 1st derivatives : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0). Cavity 1st derivative terms included. Solvent : Water, Eps = 78.390000 Eps(inf)= 1.776000 RSolv = 1.385000 Ang. 要自定義溶劑的話，至少Solvent下面的幾項(xiàng)得給確定了。 GS計(jì)算好象不能直接設(shè)置多元溶劑，不知道用分層的方法或QM，MM接合能否設(shè)置多元溶劑？你可以試試。 |
3樓2010-11-09 14:54:53
zhou2009
版主 (著名寫(xiě)手)
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zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zxg200910(金幣+1):受益匪淺，但有些問(wèn)題還需要請(qǐng)教，有些不明白，謝謝！ 2010-11-09 17:13:57
zxg200910(金幣+1):謝謝參與
zxg200910(金幣+1):受益匪淺，但有些問(wèn)題還需要請(qǐng)教，有些不明白，謝謝！ 2010-11-09 17:13:57
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1、對(duì)分子加極化和彌散，原則上都應(yīng)該進(jìn)行，如哪怕是算H2這樣最小的分子，用6-311++G**才能達(dá)到計(jì)算的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、能量嚴(yán)格與實(shí)驗(yàn)值相符，但是對(duì)原子數(shù)較多的分子，這樣作在計(jì)算時(shí)間上常是不現(xiàn)實(shí)的。 通常只對(duì)在分子體系中需要成鍵軌道較大延伸、變形的原子，具有孤對(duì)電子的原子，配位鍵，分子之間的作用原子，加極化和彌散。 2、對(duì)兩個(gè)或者更多個(gè)不同分子之間作用的體系，怎么確定各個(gè)分子之間的相對(duì)較好的位置，為體系結(jié)構(gòu)優(yōu)化提供一個(gè)可靠而快速的條件？ 這時(shí)可以對(duì)照二者的HOMO、LUMO，或是考慮二者親電、親核的部位，這可看HOMO、LUMO圖，或靜電勢(shì)圖或電子密度圖來(lái)比較。 比如氫鍵，原子的孤對(duì)電子（靜電勢(shì)圖為負(fù)值），對(duì)著另一個(gè)分子的H（連著O、N的，靜電勢(shì)圖為較大正值的），距離取氫鍵距離。 3、對(duì)于混合溶劑，比如水和乙腈，可能應(yīng)在上述氫鍵形成的基礎(chǔ)上，安排一些水和乙腈來(lái)近似模擬、優(yōu)化，你初學(xué)，試探優(yōu)化的工作量大，難度較高。 |
4樓2010-11-09 15:07:29
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