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ouczhouyi銅蟲 (初入文壇)
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[交流]
【求助】namd 密度控制 已有5人參與
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| 本人是一新手，先正模仿一遍文獻(xiàn)，做水在cnt中的md，文獻(xiàn)中要求密度恒定，不知如何解決 |
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2樓2010-11-15 17:45:32
ouczhouyi
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3樓2010-11-16 21:33:48
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-17 13:03:32
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-17 13:03:32
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n=N/V，按定義應(yīng)該是N和V是常數(shù)，那么密度為常數(shù)。所以真正的密度恒定應(yīng)該是在NVT系綜下實(shí)現(xiàn)的。然而模擬一般不可能一開始就達(dá)到想要的某一密度，所以先用NPT平衡調(diào)控到想要的密度平均值附近，然后轉(zhuǎn)到NVT下模擬。除非你的“密度”不是體系的密度，那另說了。 [ Last edited by gzgzgz on 2010-11-17 at 08:55 ] |
4樓2010-11-17 08:51:03
5樓2010-11-17 10:18:00
girljxj
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6樓2010-11-18 18:16:17
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7樓2010-11-28 20:13:24
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8樓2010-12-01 20:52:03
9樓2010-12-02 01:13:38
★
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Av=6.02*1E-23 MW = molecular weight, for example: CH4 = 16 g/Mol No. of molecules in 0.001 g = (0.001*Av/MW) 1mL = (0.01*1E10)^3 = 1E-24 Ang^3 n = (0.001*Av/MW) / (1E-24) = (1E21*Av/MW) 所以，如果你有N個(gè)分子參與模擬，則要把你的體系體積控制在 N/n . [ Last edited by gzgzgz on 2010-12-2 at 01:29 ] |
10樓2010-12-02 01:22:58
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