 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 864 | 回復(fù): 13 | |||
ouczhouyi銅蟲 (初入文壇)
|
[交流]
【求助】namd 密度控制 已有5人參與
|
| 本人是一新手，先正模仿一遍文獻(xiàn)，做水在cnt中的md，文獻(xiàn)中要求密度恒定，不知如何解決 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
申博26年
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿C9材料與化工專業(yè)總分300求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
274求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑，求導(dǎo)師收
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料學(xué)碩，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
307求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
材料專碩331求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 可視化軟件怎么選擇
已經(jīng)有2人回復(fù)
- NAMD入門教程——win教程
已經(jīng)有343人回復(fù)
- 【500金幣本版活動(dòng)】“經(jīng)驗(yàn)力場(chǎng)分子模擬+第一性原理計(jì)算問題討論互助及資源共享”
已經(jīng)有82人回復(fù)
- 【求助】在NAMD運(yùn)行中使用CHARMM格式的力場(chǎng)文件，但力場(chǎng)參數(shù)來自AMBER力場(chǎng)，會(huì)出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM誰最適合生物大分子模擬？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多嗎？如何選擇？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】NAMD和Gromacs哪個(gè)簡(jiǎn)單？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】namd tutorial遇到問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【在線答疑】關(guān)于NAMD/VMD
已經(jīng)有210人回復(fù)
2樓2010-11-15 17:45:32
ouczhouyi
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 114.4
- 帖子: 24
- 在線: 46.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 883603
- 注冊(cè): 2009-10-25
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
3樓2010-11-16 21:33:48
★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-17 13:03:32
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-17 13:03:32
|
n=N/V，按定義應(yīng)該是N和V是常數(shù)，那么密度為常數(shù)。所以真正的密度恒定應(yīng)該是在NVT系綜下實(shí)現(xiàn)的。然而模擬一般不可能一開始就達(dá)到想要的某一密度，所以先用NPT平衡調(diào)控到想要的密度平均值附近，然后轉(zhuǎn)到NVT下模擬。除非你的“密度”不是體系的密度，那另說了。 [ Last edited by gzgzgz on 2010-11-17 at 08:55 ] |
4樓2010-11-17 08:51:03
5樓2010-11-17 10:18:00
girljxj
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 35.2
- 散金: 10
- 帖子: 52
- 在線: 25.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 790670
- 注冊(cè): 2009-06-09
- 專業(yè): 化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)
6樓2010-11-18 18:16:17
席月調(diào)琴
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 110.5
- 帖子: 12
- 在線: 11.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 415029
- 注冊(cè): 2007-06-28
- 專業(yè): 高分子物理與高分子物理化
7樓2010-11-28 20:13:24
ouczhouyi
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 114.4
- 帖子: 24
- 在線: 46.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 883603
- 注冊(cè): 2009-10-25
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
8樓2010-12-01 20:52:03
9樓2010-12-02 01:13:38
★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
|
Av=6.02*1E-23 MW = molecular weight, for example: CH4 = 16 g/Mol No. of molecules in 0.001 g = (0.001*Av/MW) 1mL = (0.01*1E10)^3 = 1E-24 Ang^3 n = (0.001*Av/MW) / (1E-24) = (1E21*Av/MW) 所以，如果你有N個(gè)分子參與模擬，則要把你的體系體積控制在 N/n . [ Last edited by gzgzgz on 2010-12-2 at 01:29 ] |
10樓2010-12-02 01:22:58
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 ouczhouyi 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +5 | 匹克i 2026-03-23 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[基金申請(qǐng)] 請(qǐng)教下大家 2026年國(guó)家基金申請(qǐng)是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +10 | Zhao anqi 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料專碩找調(diào)劑 +3 | 哈哈哈吼吼吼哈 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 269求調(diào)劑 +4 | 我想讀研11 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑 +6 | zxts12 2026-03-21 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 336化工調(diào)劑 +4 | 王大坦1 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研]
 一志愿070300浙大化學(xué)358分，求調(diào)劑！
+4
|
酥酥魚.. 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0854電子信息求調(diào)劑 +3 | α____ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +5 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +7 | 懷瑾握瑜l 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑一志愿211 +3 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿深大，0703化學(xué)，總分302，求調(diào)劑 +4 | 七月-七七 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 勇敢的小吳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調(diào)劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601調(diào)劑 358分 +3 | zzzzggh 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
295復(fù)試調(diào)劑
+8
|
簡(jiǎn)木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 拉鉤不許變 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|