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【討論】在創(chuàng)建鉀離子通道蛋白四聚體時(shí)出現(xiàn)問題 已有3人參與
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在創(chuàng)建鉀離子通道蛋白四聚體時(shí)出現(xiàn)問題，我按照tutorial操作的過程如下： 在01-BUILD目錄下： vmd Extensions ——》Tk Console mol load pdb 1K4C.pdb set all [atomselect top all] $all set segname A $all writepdb KCSA-A.pdb $all delete set sel [atomselect top "all and not name K"] $sel set segname B $sel move {{-1.0 0.0 0.0 310.66} {0.0 -1.0 0.0 310.66} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb KCSA-B.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1K4C.pdb set sel [atomselect top "all and not name K"] $sel set segname C $sel move {{0.0 -1.0 0.0 310.66} {1.0 0.0 0.0 0.0} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb KCSA-C.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1K4C.pdb set sel [atomselect top "all and not name K"] $sel set segname D $sel move {{0.0 1.0 0.0 0.0} {-1.0 0.0 0.0 310.66} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb KCSA-D.pdb $sel delete Exit VMD cat KCSA-A.pdb KCSA-B.pdb KCSA-C.pdb KCSA-D.pdb > KCSA.pdb gedit KCSA.pdb，然后 delete the lines: END CRYST1 155.330 155.330 76.270 90.00 90.00 90.00 P 1 1 再存儲(chǔ)為KCSA-ALL.pdb 再次在在01-BUILD目錄下打開VMD，發(fā)現(xiàn)KCSA-ALL.pdb不是四聚體構(gòu)象   而01-BUILD目錄的example-out里的KCSA-ALL.pdb用vmd打開后是四聚體構(gòu)象：   我查看了我的KCSA-A.pdb KCSA-B.pdb KCSA-C.pdb KCSA-D.pdb 坐標(biāo)，發(fā)現(xiàn)坐標(biāo)沒有重復(fù)的啊。然后用VMD依次打開發(fā)現(xiàn)正好可以構(gòu)成一個(gè)四聚體的構(gòu)象，而且和example-out里的KCSA-ALL.pdb一樣。這是依次打開后所構(gòu)成的圖請(qǐng)看：   |
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wally8962
木蟲 (著名寫手)
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4樓2010-11-10 17:28:12
2樓2010-11-10 15:45:33
3樓2010-11-10 15:49:36
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已解決，就是處于segementA與B B與C C與D之間的 END CRYST1 155.330 155.330 76.270 90.00 90.00 90.00 P 1 1 我沒收刪除。這樣VMD讀取分子時(shí)讀到END就會(huì)停止，而導(dǎo)致出來的不是四聚體構(gòu)象。 自己太粗心了，沒好好理解這句話： Using a text editor open the file KCSA.pdb, search for END and delete the lines: END CRYST1 155.330 155.330 76.270 90.00 90.00 90.00 P 1 1 that are between segments A and B, B and C, as well as those found between segments C and D. 終于克服了。 謝謝各位的指點(diǎn)了。謝謝 |
5樓2010-11-10 19:21:02
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