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【求助】求博士論——文分子對接在藥物設計中的應用
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上海藥物所陳凱先,蔣華良的博士研究生羅小民的博士論文 藥物設計新手的導讀首選材料 目 錄 文摘 英文文摘 第一章 分子對接及其在藥物設計中的應用 1.1引言 1.2分子對接法的基本原理 1.3Docking 1.4DOCK 1.4.1形狀匹配 1.4.2分而治之的匹配算法 1.4.3基于經(jīng)驗勢能函數(shù)的評價函數(shù) 1.4.4柔性對接 1.5AutoDock 1.5.1評價函數(shù) 1.5.2柔性搜尋方法 1.6FlexX 1.6.1FlexX對化學現(xiàn)象的模擬 1.6.2對接算法 1.7FlexiDock 1.7.1FlexiDock預處理 1.7.2FlexiDock中的遺傳算法 1.8分子對接在藥物設計中的應用 1.8.1 HIV-1蛋白酶 1.8.2胸苷酸合成酶 1.8.3流行感冒血凝素 1.8.4寄生蟲蛋白酶 1.9結語 參考文獻 第二章 酪氨酸激酶抑制劑的分子設計及其與酪氨酸激酶的作用機理研究 2.1引言 2.2研究方法 2.3結果與討論 2.3.1 DOCK 4.0能量與Sybyl分子力學能量特征 2.3.2分子結構特征 2.4藥理測試 2.5結論 參考文獻 第三章 乙酰膽堿酯酶抑制劑的數(shù)據(jù)庫搜尋及其與乙酰膽堿酯酶的作用機理研究 3.1引言 3.2石杉堿甲衍生物與乙酰膽堿酯酶的作用機理 3.2.1研究方法 3.2.2結果與討論 3.2.3小結 3.3利用三維藥效基團搜尋以及分子對接方法尋找新型乙酰膽堿酯酶抑制劑 3.3.1研究方法 3.3.2結果與討論 3.4利用分子對接方法從天然產(chǎn)物中搜尋乙酰膽堿酯酶抑制劑先導化合物 3.4.1研究方法 3.4.2結果與討論 3.4.3小結 3.5結論 參考文獻 第四章 白樺子酸及齊墩果酸類抗HIV試劑的定量構效關系研究 4.1引言 4.2研究方法 4.3結果與討論 4.4結論 參考文獻 第五章 分子對接程序DOCK 4.0在國產(chǎn)超級計算機上的并行化 5.1引言 5.2程序移植及并行化 5.3結果及討論 5.3.1神威超級計算機,DEC alpha工作站計算結果與SGI 工作站計算結果比較 5.3.2并行分子對接的效率 5.3.3今后改進的方向 5.4結論 參考文獻 Selected Publication 論壇里誰有這篇論文嗎?可否共享下,最近課題需要做dock,急需protocol,謝謝啊。 |
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