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qinjysdu金蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】請(qǐng)教達(dá)人：想找出兩個(gè)細(xì)菌中差異表達(dá)的基因，有什么成熟且便宜的方法？
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| 現(xiàn)有兩株細(xì)菌，暫命名為1和2，其中2對(duì)于某種抗逆環(huán)境具有更高的抵抗力，現(xiàn)在想找出在這種環(huán)境下兩個(gè)菌株差異表達(dá)的基因，不知有什么辦法？其中菌1已經(jīng)完成了基因組測(cè)序，菌2未測(cè)序，由于經(jīng)費(fèi)有限，不太可能采用全基因組芯片方法，請(qǐng)教各位達(dá)人，有什么既便宜又比較成熟的方法？不勝感激！ |
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qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
rainwander(金幣+2):鼓勵(lì)積極參與~ 2010-12-08 08:15:07
qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
rainwander(金幣+2):鼓勵(lì)積極參與~ 2010-12-08 08:15:07
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Non-radioactive RNA fingerprint procedure First strand cDNA synthesis was performed with 15 mg of total RNA, 500 pmol oligo(dT)18 and 800U Superscript II reverse transcriptase (Life Technologies) in a volume of 100ml RT buffer, following the manufacturer’s instructions. After heat inactivation of reverse transcriptase and RNase A digestion, reaction products were purified from excess oligonucleotides by using a QIAquick kit (Qiagen). cDNA derived from 75 ng of total RNA was used as template for PCR. Amplification was performed in 20 ml of PCR buffer (10mM Tris-Cl pH 8.3, 50mM KCl, 1.5mM MgCl2) with 125mM dNTPs (Pharmacia) and 1mM each primer. For each reaction, two 18-mer oligonucleotides, of arbitrary sequence and a GC content of 61%, were used. Sequences of all 131 oligonucleotides used in this screen can be obtained upon request. All PCR amplifications were performed on an Omni-Gene thermal cycler (Hybaid). After 2 min of denaturation at 948C, 2 units of Taq DNA polymerase (Roche) were added (manual ‘hot start’). After 1 min at 948C, the profile was started with two, low-stringency cycles (948C for 1.5 min, 508C for 3.5 min and 728C for 3 min) followed by 35–40 high-stringency cycles (948C for 1 min, 658C for 1 min, and 728C for 1 min), and a final 5 min extension at 728C. Reaction products were separated on 2% SeaKem LE agarose gels (FMC) for 3.5 h at 6– 7Vcm21 and 88C. Gel and running buffer was 0.5X TBE (50mM Tris-borate pH 7.9, 1mM Na2-EDTA) containing 5mgml21 ethidium bromide. Bands of interest were excised, DNA was eluted with a Jetsorb kit (Genomed) and the amplicons were cloned directly by using a Topo TA cloning kit (Invitrogen). 這種方法比較的原始，應(yīng)該比較的便宜 |
5樓2010-12-08 04:32:53
qinjysdu
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qinjysdu
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dhd997(金幣+1):鼓勵(lì)交流 2010-12-09 10:32:09
看天(金幣+2):熱心 2010-12-13 12:31:48
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看天(金幣+2):熱心 2010-12-13 12:31:48
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不能個(gè)確定的話 這個(gè)差異只能是外在表現(xiàn)型....多看看相關(guān)文章，國(guó)內(nèi)做的很多事國(guó)外已經(jīng)做過(guò)的，不難查到資料，你可以一那些資料為基礎(chǔ)來(lái)找，不外乎設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增預(yù)測(cè)目的片段，測(cè)序比較差異，這是最簡(jiǎn)單的了....嗯還有 中文文獻(xiàn)可信度比較低，看個(gè)理論就行了，想得到可靠的數(shù)據(jù)還是看外文吧... |
15樓2010-12-09 10:21:39
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scelab(金幣+3):謝謝提供 2010-12-13 10:22:06
scelab(金幣+3):謝謝提供 2010-12-13 10:22:06
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差減雜交：http://202.204.208.83/yichuanxue/wlkc/ckzl/uyju/09.htm 我真暈，樓主要學(xué)會(huì)使用搜索引擎才好 |
24樓2010-12-10 19:01:50
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30樓2010-12-13 10:38:18
xp198766
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dhd99711樓
2010-12-08 08:52
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qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
幫頂一下
pjiang25樓
2010-12-11 00:41
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qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
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[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | 崔wj 2026-03-12 | 4/200 |
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[考研] 420求調(diào)劑 +4 | 莫向外求11 2026-03-10 | 6/300 |
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