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[交流]
【求助/交流】請教達人：想找出兩個細菌中差異表達的基因，有什么成熟且便宜的方法？
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| 現(xiàn)有兩株細菌，暫命名為1和2，其中2對于某種抗逆環(huán)境具有更高的抵抗力，現(xiàn)在想找出在這種環(huán)境下兩個菌株差異表達的基因，不知有什么辦法？其中菌1已經(jīng)完成了基因組測序，菌2未測序，由于經(jīng)費有限，不太可能采用全基因組芯片方法，請教各位達人，有什么既便宜又比較成熟的方法？不勝感激！ |
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2樓2010-12-07 20:00:25
3樓2010-12-07 22:33:42
4樓2010-12-07 23:34:29
★ ★ ★
qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
rainwander(金幣+2):鼓勵積極參與~ 2010-12-08 08:15:07
qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
rainwander(金幣+2):鼓勵積極參與~ 2010-12-08 08:15:07
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Non-radioactive RNA fingerprint procedure First strand cDNA synthesis was performed with 15 mg of total RNA, 500 pmol oligo(dT)18 and 800U Superscript II reverse transcriptase (Life Technologies) in a volume of 100ml RT buffer, following the manufacturer’s instructions. After heat inactivation of reverse transcriptase and RNase A digestion, reaction products were purified from excess oligonucleotides by using a QIAquick kit (Qiagen). cDNA derived from 75 ng of total RNA was used as template for PCR. Amplification was performed in 20 ml of PCR buffer (10mM Tris-Cl pH 8.3, 50mM KCl, 1.5mM MgCl2) with 125mM dNTPs (Pharmacia) and 1mM each primer. For each reaction, two 18-mer oligonucleotides, of arbitrary sequence and a GC content of 61%, were used. Sequences of all 131 oligonucleotides used in this screen can be obtained upon request. All PCR amplifications were performed on an Omni-Gene thermal cycler (Hybaid). After 2 min of denaturation at 948C, 2 units of Taq DNA polymerase (Roche) were added (manual ‘hot start’). After 1 min at 948C, the profile was started with two, low-stringency cycles (948C for 1.5 min, 508C for 3.5 min and 728C for 3 min) followed by 35–40 high-stringency cycles (948C for 1 min, 658C for 1 min, and 728C for 1 min), and a final 5 min extension at 728C. Reaction products were separated on 2% SeaKem LE agarose gels (FMC) for 3.5 h at 6– 7Vcm21 and 88C. Gel and running buffer was 0.5X TBE (50mM Tris-borate pH 7.9, 1mM Na2-EDTA) containing 5mgml21 ethidium bromide. Bands of interest were excised, DNA was eluted with a Jetsorb kit (Genomed) and the amplicons were cloned directly by using a Topo TA cloning kit (Invitrogen). 這種方法比較的原始，應該比較的便宜 |
5樓2010-12-08 04:32:53
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23樓2010-12-09 12:49:44
★ ★ ★
scelab(金幣+3):謝謝提供 2010-12-13 10:22:06
scelab(金幣+3):謝謝提供 2010-12-13 10:22:06
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差減雜交：http://202.204.208.83/yichuanxue/wlkc/ckzl/uyju/09.htm 我真暈，樓主要學會使用搜索引擎才好 |
24樓2010-12-10 19:01:50
26樓2010-12-11 01:19:36
27樓2010-12-13 09:50:06
28樓2010-12-13 10:27:49
29樓2010-12-13 10:29:03
30樓2010-12-13 10:38:18
31樓2010-12-13 14:36:29
32樓2010-12-14 09:35:53
簡單回復
dhd99711樓
2010-12-08 08:52
回復
qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
幫頂一下
pjiang25樓
2010-12-11 00:41
回復
qinjysdu(金幣+2):謝謝參與
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