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lyy880530

木蟲 (正式寫手)

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[交流] 【討論】過渡態(tài)能量

計(jì)算的體系有兩個過渡態(tài)的能量都比與其相連的一側(cè)極小值的能量低，并且低的多的那個達(dá)到了7kcal/mol，從過渡態(tài)的振動方式上看，應(yīng)該是正確的，基態(tài)和激發(fā)態(tài)找到的過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)也差不多。跑IRC沒有正常結(jié)束，但是取兩邊的結(jié)構(gòu)再優(yōu)化，結(jié)果與已經(jīng)優(yōu)化好的極小值一樣。
遇到這種情況應(yīng)該怎么處理，是不是計(jì)算中會出現(xiàn)這種情況，那么過渡態(tài)的能量比極小值能量低多少可以接受，可以解釋呢，又怎么解釋呢
請各位蟲子幫忙，謝謝大家

[ Last edited by lyy880530 on 2010-12-7 at 19:34 ]

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1樓 2010-12-07 19:31:00

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mchen10

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lyy880530(金幣+8): 2010-12-11 10:50:35

引用回帖:

Originally posted by lyy880530 at 2010-12-07 19:31:00:
計(jì)算的體系有兩個過渡態(tài)的能量都比與其相連的一側(cè)極小值的能量低，并且低的多的那個達(dá)到了7kcal/mol，從過渡態(tài)的振動方式上看，應(yīng)該是正確的，基態(tài)和激發(fā)態(tài)找到的過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)也差不多。跑IRC沒有正常結(jié)束，但是取 ...

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, it could be the symmetry breaking in the density.

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3樓2010-12-08 04:09:28

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erylingjet

鐵桿木蟲 (著名寫手)

★ ★ ★
小紅豆(金幣+3):感謝交流 2010-12-08 08:44:34
lyy880530(金幣+1):3 2011-01-04 20:08:50

那不行吧？是不是這個過渡態(tài)是更穩(wěn)定的，又或者是這個過渡態(tài)跟穩(wěn)定的之間還有過渡態(tài)呢？
好好分析一下，呵呵

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2樓2010-12-07 22:31:18

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Originally posted by mchen10 at 2010-12-08 04:09:28:

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, i ...

虛頻是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考慮，都會產(chǎn)生什么影響呢

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4樓2010-12-08 09:18:09

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mchen10

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引用回帖:

Originally posted by lyy880530 at 2010-12-08 09:18:09:

虛頻是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考慮，都會產(chǎn)生什么影響呢

it looks like a good Transition state since the iFreq is big.

check if you have ignored the complexation.

for example: A + B = C reaaction, X is the transition state

it is possible that E(X) < E(A) + E(B), because A and B and form weakly bonding complex A - - B, which lower the energy of the system. This gives E(X) > E(A - - B), and X is the valid transition state.

Hope this could fit your case ..

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5樓2010-12-08 11:05:40

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