lyy880530

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[交流] 【討論】過渡態(tài)能量

計算的體系有兩個過渡態(tài)的能量都比與其相連的一側(cè)極小值的能量低，并且低的多的那個達(dá)到了7kcal/mol，從過渡態(tài)的振動方式上看，應(yīng)該是正確的，基態(tài)和激發(fā)態(tài)找到的過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)也差不多。跑IRC沒有正常結(jié)束，但是取兩邊的結(jié)構(gòu)再優(yōu)化，結(jié)果與已經(jīng)優(yōu)化好的極小值一樣。
遇到這種情況應(yīng)該怎么處理，是不是計算中會出現(xiàn)這種情況，那么過渡態(tài)的能量比極小值能量低多少可以接受，可以解釋呢，又怎么解釋呢
請各位蟲子幫忙，謝謝大家

[ Last edited by lyy880530 on 2010-12-7 at 19:34 ]

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1樓 2010-12-07 19:31:00

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erylingjet

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★ ★ ★
小紅豆(金幣+3):感謝交流 2010-12-08 08:44:34
lyy880530(金幣+1):3 2011-01-04 20:08:50

那不行吧？是不是這個過渡態(tài)是更穩(wěn)定的，又或者是這個過渡態(tài)跟穩(wěn)定的之間還有過渡態(tài)呢？
好好分析一下，呵呵

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2樓2010-12-07 22:31:18

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lyy880530(金幣+8): 2010-12-11 10:50:35

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Originally posted by lyy880530 at 2010-12-07 19:31:00:
計算的體系有兩個過渡態(tài)的能量都比與其相連的一側(cè)極小值的能量低，并且低的多的那個達(dá)到了7kcal/mol，從過渡態(tài)的振動方式上看，應(yīng)該是正確的，基態(tài)和激發(fā)態(tài)找到的過渡態(tài)的結(jié)構(gòu)也差不多。跑IRC沒有正常結(jié)束，但是取 ...

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, it could be the symmetry breaking in the density.

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3樓2010-12-08 04:09:28

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Originally posted by mchen10 at 2010-12-08 04:09:28:

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, i ...

虛頻是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考慮，都會產(chǎn)生什么影響呢

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4樓2010-12-08 09:18:09

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Originally posted by lyy880530 at 2010-12-08 09:18:09:

虛頻是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考慮，都會產(chǎn)生什么影響呢

it looks like a good Transition state since the iFreq is big.

check if you have ignored the complexation.

for example: A + B = C reaaction, X is the transition state

it is possible that E(X) < E(A) + E(B), because A and B and form weakly bonding complex A - - B, which lower the energy of the system. This gives E(X) > E(A - - B), and X is the valid transition state.

Hope this could fit your case ..

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5樓2010-12-08 11:05:40

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yan824

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lyy880530(金幣+8): 2010-12-11 10:51:49

我看過有些反應(yīng)的過渡態(tài)是比反應(yīng)物和產(chǎn)物能量低，但是反應(yīng)物和過渡態(tài)中間有個結(jié)構(gòu)，這個結(jié)構(gòu)是反應(yīng)物要進(jìn)行反應(yīng)之前做的一個變化，變化之后，能量就降低了，但而且比過渡態(tài)低。于是可以把它作為反應(yīng)物。這是我在一篇文獻(xiàn)里看到的。文獻(xiàn)中的反應(yīng)物是兩個，經(jīng)過優(yōu)化，兩個反應(yīng)物相互作用成為一個體系，這個體系沒有虛頻，能量低于過渡態(tài)，可以作為新的反應(yīng)物。不知道有沒有道理。

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6樓2010-12-08 11:12:15

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lyy880530(金幣+8): 2010-12-11 10:51:10

這種過渡態(tài)能量比R/P低是自由能還是電子能？
-----都嘗試一下。
計算的模型是否是完整模型？
-----如果在簡單模型中遇到這種問題，且無論電子能或者自由能都無法得出結(jié)論的話，用完整模型試一下。

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7樓2010-12-08 11:14:25

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manson1998

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Originally posted by yan824 at 2010-12-08 11:12:15:
我看過有些反應(yīng)的過渡態(tài)是比反應(yīng)物和產(chǎn)物能量低，但是反應(yīng)物和過渡態(tài)中間有個結(jié)構(gòu)，這個結(jié)構(gòu)是反應(yīng)物要進(jìn)行反應(yīng)之前做的一個變化，變化之后，能量就降低了，但而且比過渡態(tài)低。于是可以把它作為反應(yīng)物。這是我在一 ...

。。。你說的是中間體吧

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8樓2010-12-08 11:16:10

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Originally posted by manson1998 at 2010-12-08 11:16:10:

。。。你說的是中間體吧

可能是吧，可以成為中間體吧，我感覺我樓上用英文說的也是我那個意思，可能我說的比較不規(guī)范，中間有些漏洞。

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9樓2010-12-08 11:20:13

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mscic

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Originally posted by manson1998 at 2010-12-08 11:16:10:

。。。你說的是中間體吧

這個是一個COMPLEX結(jié)構(gòu)（一般是由于弱的相互作用形成的，比如氫鍵），能量自然會比反應(yīng)物低。

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10樓2010-12-08 11:21:42

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manson1998

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Originally posted by mscic at 2010-12-08 11:21:42:

這個是一個COMPLEX結(jié)構(gòu)（一般是由于弱的相互作用形成的，比如氫鍵），能量自然會比反應(yīng)物低。

。。。。這和樓主的問題有啥關(guān)系，樓主說了過渡態(tài)比臨近的極小值還低，又沒說比反應(yīng)物低。

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11樓2010-12-08 11:34:51

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Originally posted by manson1998 at 2010-12-08 11:34:51:

。。。。這和樓主的問題有啥關(guān)系，樓主說了過渡態(tài)比臨近的極小值還低，又沒說比反應(yīng)物低。

那不知道是不是過渡態(tài)照的不對啊？

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12樓2010-12-08 11:37:22

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應(yīng)該是中間還有個中間體

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13樓2010-12-08 11:59:04

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