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lyy880530

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[交流] 【討論】過(guò)渡態(tài)能量

計(jì)算的體系有兩個(gè)過(guò)渡態(tài)的能量都比與其相連的一側(cè)極小值的能量低，并且低的多的那個(gè)達(dá)到了7kcal/mol，從過(guò)渡態(tài)的振動(dòng)方式上看，應(yīng)該是正確的，基態(tài)和激發(fā)態(tài)找到的過(guò)渡態(tài)的結(jié)構(gòu)也差不多。跑IRC沒(méi)有正常結(jié)束，但是取兩邊的結(jié)構(gòu)再優(yōu)化，結(jié)果與已經(jīng)優(yōu)化好的極小值一樣。
遇到這種情況應(yīng)該怎么處理，是不是計(jì)算中會(huì)出現(xiàn)這種情況，那么過(guò)渡態(tài)的能量比極小值能量低多少可以接受，可以解釋呢，又怎么解釋呢
請(qǐng)各位蟲(chóng)子幫忙，謝謝大家

[ Last edited by lyy880530 on 2010-12-7 at 19:34 ]

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1樓 2010-12-07 19:31:00

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manson1998

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Originally posted by yan824 at 2010-12-08 11:12:15:
我看過(guò)有些反應(yīng)的過(guò)渡態(tài)是比反應(yīng)物和產(chǎn)物能量低，但是反應(yīng)物和過(guò)渡態(tài)中間有個(gè)結(jié)構(gòu)，這個(gè)結(jié)構(gòu)是反應(yīng)物要進(jìn)行反應(yīng)之前做的一個(gè)變化，變化之后，能量就降低了，但而且比過(guò)渡態(tài)低。于是可以把它作為反應(yīng)物。這是我在一 ...

。。。你說(shuō)的是中間體吧

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8樓2010-12-08 11:16:10

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erylingjet

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小紅豆(金幣+3):感謝交流 2010-12-08 08:44:34
lyy880530(金幣+1):3 2011-01-04 20:08:50

那不行吧？是不是這個(gè)過(guò)渡態(tài)是更穩(wěn)定的，又或者是這個(gè)過(guò)渡態(tài)跟穩(wěn)定的之間還有過(guò)渡態(tài)呢？
好好分析一下，呵呵

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2樓2010-12-07 22:31:18

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mchen10

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lyy880530(金幣+8): 2010-12-11 10:50:35

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Originally posted by lyy880530 at 2010-12-07 19:31:00:
計(jì)算的體系有兩個(gè)過(guò)渡態(tài)的能量都比與其相連的一側(cè)極小值的能量低，并且低的多的那個(gè)達(dá)到了7kcal/mol，從過(guò)渡態(tài)的振動(dòng)方式上看，應(yīng)該是正確的，基態(tài)和激發(fā)態(tài)找到的過(guò)渡態(tài)的結(jié)構(gòu)也差不多。跑IRC沒(méi)有正常結(jié)束，但是取 ...

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, it could be the symmetry breaking in the density.

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3樓2010-12-08 04:09:28

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Originally posted by mchen10 at 2010-12-08 04:09:28:

how big is the imaginary frequency? what method did you use? have you counted in the complexation energies?

if you are using DFT method with HF exchange as a component, for instance b3lyp, i ...

虛頻是848.18，是用的B3LYP方法。
complexation energies 和symmetry breaking怎么考慮，都會(huì)產(chǎn)生什么影響呢

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4樓2010-12-08 09:18:09

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