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[交流]
【討論】水分子的兩個HT原子之間不應(yīng)該成鍵 已有5人參與
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我知道產(chǎn)生問題的原因是和壇子里的一個同學(xué)一樣：水分子的兩個HT原子之間不應(yīng)該成鍵。在產(chǎn)生psf是出現(xiàn)的問題，可我不會解決，望大家?guī)兔?br />
在運(yùn)行后出現(xiàn)這個問題：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（如圖） 這是我的命令： 去掉硫酸根： mol load pdb 1KIM.pdb set sel [atomselect top "not resname SO4"] $sel writepdb 1kims.pdb $sel writepsf 1kims.psf exit 去掉THM： mol load pdb 1kims.pdb set sel [atomselect top "not resname THM"] $sel writepdb 1kimst.pdb exit 分鏈： mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "protein and chain A"] set b {atomselect top "protein and chain B"] $a writepdb 1kimstA.pdb $b writepdb 1kimstB.pdb exit mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "water and chain A"] set b {atomselect top "water and chain B"] $a writepdb crystwatA.pdb $b writepdb crystwatB.pdb exit 產(chǎn)生psf： package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias residue HOH TIP3 foreach S { A B } { segment $S { pdb 1kimst$S.pdb } coordpdb 1kimst$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb 1kim.pdb writepsf 1kim.psf 加水： set all [atomselect top all] measure minmax $all package require solvate solvate 1kim.psf 1kim.pdb -o 1kim_wb -b 1.5 -minmax {{-10 48 8} {70 120 80}} 平衡動力學(xué)： |
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4樓2010-12-17 15:40:16
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幫頂一下。。。 |
3樓2010-12-17 15:10:18
coolrainbow
木蟲 (著名寫手)
未來國家凍涼
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 貴賓: 0.1
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- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2010-12-17 16:43:00
6樓2010-12-17 17:15:22
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