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【原創(chuàng)】非變性凝膠電泳原理及應(yīng)用實例 已有1人參與
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電泳、bio-rad 電轉(zhuǎn)化儀及操作 | 專業(yè)電子書 | 分子生物學(xué)實驗 |
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樓主夠熱情,同時我也想介紹一些我的看法和做法,借樓主寶地,還請不要介意。與樓主不同之處,可能是因為做的蛋白質(zhì)不同,就當(dāng)豐富主帖內(nèi)容,無對錯之分。 1、蛋白質(zhì)形狀也會影響在非變性電泳中的泳動速度,不是所有蛋白質(zhì)都是球狀或者幾乎是球狀的,例如有些有CBM的纖維素酶,或者某些有長鏈糖基化修飾的蛋白質(zhì)。 2、即使是變性電泳,蛋白質(zhì)也可以進行復(fù)性嘗試,可以復(fù)性,但不知道是不是已經(jīng)100%復(fù)性,沒計算過比例。例如纖維素酶。 3、是否需要把電泳槽放在冰水混合物中不僅與緩沖液的離子強度有關(guān),還與緩沖液使用次數(shù)有關(guān),如果目的蛋白質(zhì)耐高溫,那也不用這樣費事。 4、跑完電泳之后要染色,漂洗不用那么多步驟,泡久了蛋白質(zhì)會有一點跑到溶液里去的,不知道樓主是否測定過漂洗過后有多少蛋白質(zhì)跑了出來,或者蛋白質(zhì)帶變寬,似乎有一個所謂的“固定”說法。我只用清水蕩滌一下就行,大多數(shù)情況是從電泳槽里拿出來之后直接考染,沒那么多步驟。 既然樓主熱情,我就給5星評價。 |
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1、“SDS-PAGE體系,但是樣品上樣前是沒有煮沸的”,這樣能夠使多少蛋白質(zhì),或者說你的目的蛋白質(zhì)保持活性?是否不加變性劑,有助于更多的蛋白質(zhì)保持活性?有沒有想過這個問題?有沒有測定過目的蛋白質(zhì)得率? 2、“而在電泳完成后,用Tris-Hcl緩沖液清洗分離膠,可以充分去除SDS”。既然要清洗,為什么要加SDS? 3、“用Tris-Hcl緩沖液清洗分離膠,可以充分去除SDS,之后再用清水清洗3次。置于50mmol/L的Tris-HCl (pH 7.5)中37℃溫育8小時”。有沒有考慮過此時能有多少目的蛋白質(zhì)在電泳膠中?有多少在清洗和溫浴中損失掉了? 4、“就可以用R250染色了”。R250應(yīng)為考染。 5、“在分離膠里是加了明膠的,作用在于胰蛋白酶能降解明膠,按上述步驟處理過后,就可以染色,整塊膠被R250染成藍色背景,而被胰蛋白酶降解的區(qū)域不會被染色,仍為透明的”。 沒有脫色步驟,是否說明即使不用脫色,考馬斯亮藍也不能把沒有明膠的地方染藍?如果有脫色步驟,那么本來處在明膠降解帶處的酶哪里去了? “(這和通常凝膠的考馬斯亮藍染色結(jié)果正好相反的)” 說明在漂洗和溫。ū3汁h(huán)境恒定讓酶降解明膠)的過程中跑出凝膠了? 請樓主解惑 |
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看樣子討論結(jié)果已經(jīng)幾乎明了了,我再贅言幾句: 1、SDS含量多少對各種蛋白質(zhì)的變性作用應(yīng)該是有可能不同的,所以我覺得在做非變性電泳時能否用SDS-PAGE體系,能用的話怎么樣用,這值得思考。SDS對蛋白質(zhì)活性的抑制作用是否都是可逆的,這也值得摸索各人實驗各自摸索。 2、對于我來說,如果想知道淀粉酶有沒有活力,可以使用更直接的方法,測定酶活力就行,測定過程只需要十分鐘,但做一個電泳來驗證有沒有活性,從樣品準(zhǔn)備跑膠到染色一系列下來至少5小時。所以樓主說那個實驗是用來驗證有沒有活性的,我就覺得是不是樓主的胰蛋白酶在那個實驗階段是不是仍不適宜測定酶活力?底物是否只用明膠最合適?而不適宜用酪蛋白之類的底物來測定?既然樓主在后面的純化中要計算得率,那么所用來測定酶活力的方法是什么?能不能代替非變性膠這個耗時長的實驗來檢測蛋白酶有無活力?會不會更省時? 3、我知道做細胞內(nèi)全蛋白質(zhì)的染色可以只染半小時就能清楚看到幾十條蛋白質(zhì)帶的,而你所說的胰蛋白酶染色需要較長時間,這是否與染色液有關(guān)?考馬斯亮藍與蛋白質(zhì)結(jié)合很穩(wěn)定的,你染不上,是所用考馬斯亮藍濃度特別低還是染色過程極其短?你說的時間很短,究竟有多短?在提取非變性膠里的蛋白質(zhì)的時候有人是把膠切碎浸泡,使蛋白質(zhì)從膠里跑出來的,所以我有一個疑問,你的胰蛋白酶是不是在漂洗和浸泡過程中跑掉了所以只有降解帶而沒有蛋白質(zhì)帶? 放假了,回家不能做實驗不能進庫看文獻,所以才有空糾結(jié)一下小木蟲,如果樓主忙就不要管我這個閑人了。 |
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樓主,你好,最近在做蛋白的分離純化,純化后跑SDS-PAGE是兩條帶,再純化也一直分不開,猜測可能是兩個亞基,因此嘗試做了下非變性的凝膠電泳,結(jié)果是一個單條帶,應(yīng)該可以證明是兩個亞基,F(xiàn)在的問題是跑非變性電泳的Marker應(yīng)該是不能直接用SDS-PAGE的Marker,如何確定那條帶的分子量呢? P.S 本來是直接用變性的Marker,那個單條帶的分子量差不多是SDS-PAGE里兩條帶的分子量之和,但考慮在非變性電泳里,蛋白的位置就算一樣也不一定表明分子量是一樣的,因為還跟蛋白的電荷是有關(guān)的,所以很糾結(jié)啊 |
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看了樓主的這個經(jīng)驗之談,雖然沒有發(fā)現(xiàn)我想要的。不過還是很支持LZ的。因為本人一直做的是Native-PAGE回收蛋白,也來說說我和LZ不同的幾點吧。 1.蛋白樣品的處理,不煮沸也和LZ一樣,不過我們所用的上樣緩沖液里面也不再加SDS和巰基乙醇。 2.我們用的是Tris-Hcl,濃縮是6.7,分離是8.8。 3.回收染色,一般目的蛋白的表達量比較 大,所以我們選擇是不加Marker。不插上樣梳子的做法。 4.回收過程是用0.25%的Kcl染色,看到的最粗的白色條帶為目的蛋白。當(dāng)然,這個蛋白回收后需要加Marker跑SDS-PAGE鑒定大小以及濃度和純度一個大概了解。 就說怎么多,希望有戰(zhàn)友交流。 本人最近被3個蛋白的表達量少弄的焦頭爛額,希望各位戰(zhàn)友給出經(jīng)驗之談。不知道能不能留QQ,留一下吧,如果不讓留,希望版主修改下。QQ:95227615 |
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【求助】非變性電泳跑小分子易聚合蛋白質(zhì)的問題。 我最近在做Aβ蛋白的非變性電泳,單體分子量4kD左右,容易聚合。之所以做非變性電泳,是因為之前師姐跑過一次變性電泳,在比較高分子量處出現(xiàn)一團印記(不是一條),而且泳道也不太干凈。師姐認為是變性使蛋白聚合了。但是在跑非變形電泳時在4kD處不出現(xiàn)條帶,只在約16kD處出現(xiàn)一條較淺的條帶,而且跑了幾次大概都是那個位置,膠的上沿也能看到染色較深的帶,師姐認為是沒跑下來的多聚體。我聽說非變性電泳無法確定分子量,可是這個結(jié)果可以確定那個較淺的條帶就是我們想要的條帶嗎?如何確定該條帶是單體還是多聚體呢? |
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