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feiye2214木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助/交流】BLAST之后，怎么拿全序列��？ 已有5人參與
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從頭說起，我想獲得目的物種的beta-actin基因全序列，以一些相近物種的同源序列（mRNA完整片段）設計引物，以目的物種的基因組DNA為模板，獲得了一條853bp的序列，經(jīng)BLAST之后，與人類9號染色體上的片段相似度78%，與小鼠的：Mus musculus actin, beta, cytoplasmic (Actb), mRNA Length=1891，覆蓋率96%，相似度83%； 還有一個：PREDICTED: Mus musculus similar to gamma actin-like protein (LOC667260), misc RNA Length=1313，覆蓋率96%，相似度83%，這個“similar to gamma actin-like protein ”是說什么蛋白�。� 與相近物種比對之后，有基因DNA序列的，也有mRNA序列的，覆蓋率、相似度都在百分之八九十！ 為什么我用的是DNA進行擴增的，序列為什么跟mRNA同源性那么高�。恐虚g不是應該有內(nèi)含子嗎？還是850bp不夠長？都處在外顯子了？？ 進一步的問題：小弟想搞到這個beta-actin基因全序列，是不是以這個獲得的850bp的序列為設計區(qū)段，設計引物向兩頭擴增？染色體步移是不是就是說這個情況？高手給點指導哈。 [ Last edited by feiye2214 on 2010-12-25 at 14:41 ] |
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