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heapyssb木蟲 (著名寫手)
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[求助]
PSI-BLAST怎樣輸出蛋白序列的PSSM打分矩陣
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最近在研究PSSM方面的問(wèn)題，新手入門，很多東西都不明白，還希望精通這方面的學(xué)者給予幫助啊。先謝謝大家了。 我在網(wǎng)上也找了很多相關(guān)的資料，但基本上啊是沒找到我想要的。 很多人用blastpgp能得到這個(gè)pssm的打分舉證，但是我在ncbi上下載本地版的blast安裝后，在bin文件夾里面沒有找到這個(gè)blastpgp課執(zhí)行文件啊（blast版本為blast-2.2.25+） 很多文獻(xiàn)報(bào)道PSI-BLAST得到profile（我不知道這個(gè)單詞怎么翻譯跟準(zhǔn)確），那個(gè)這個(gè)profile和pssm有聯(lián)系嗎？ 可能是我對(duì)pssm具體是指什么還不是很明白，希望能有人幫下我，具體的說(shuō)明下跟怎樣使用現(xiàn)在這個(gè)版本的blast得到被測(cè)序列的pssm值。 |
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heapyssb(金幣+2): 2011-12-02 18:53:57
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