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aquariusy木蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助】蛋白質(zhì)在不同pH下動(dòng)力學(xué)模擬 已有3人參與
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| 請(qǐng)問(wèn)蛋白質(zhì)在不同pH下動(dòng)力學(xué)模擬能做嗎？是不是和電荷有關(guān)系？最近剛開(kāi)始用NAMD，還不太懂，請(qǐng)教大家了 |
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wally8962
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2樓2011-01-05 22:18:37
aquariusy
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3樓2011-01-06 21:24:55
wally8962
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4樓2011-01-07 10:56:01
bay__gulf
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5, 模擬EPI+1):謝謝 2011-01-08 14:41:00
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ghcacj(金幣+5, 模擬EPI+1):謝謝 2011-01-08 14:41:00
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經(jīng)典MD不能處理pH值的理由 http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=18011&page=1#pid90885 1 先搞清楚蛋白側(cè)鏈和封端結(jié)構(gòu)的pKa值, 比如這里的總結(jié) http://hi.baidu.com/bay__gulf618 ... 86d27728b65d4.html# 2 通過(guò)基團(tuán)的pKa 和環(huán)境的pH, 確定基團(tuán)的質(zhì)子化狀態(tài) 一般的分析化學(xué)手冊(cè)上都有公式 在線預(yù)測(cè)可以使用PROPKA 或H++ http://www.mdbbs.org/thread-6738-1-9.html 3 力場(chǎng)中默認(rèn)的質(zhì)子化狀態(tài)都是中性pH 下的, 如果要改變, 可以使用patch http://www.mdbbs.org/thread-10227-1-4.html |
5樓2011-01-07 11:40:36
aquariusy
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6樓2011-01-07 20:19:17
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