cg陳

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[交流] 【求助】關(guān)于CASTEP吸附模擬求助

如圖所示  我想模擬個分子吸附到晶面表面的模型，以前一直用的是discover模塊，最近看了一些文獻，上面用到了castep模塊算吸附，所以打算用這個模塊來模擬我研究的體系吸附。
  吸附的方法：首先分別對分子和晶面進行優(yōu)化，得到其能量Emole和Eslab

                  然后將優(yōu)化后的分子放到也已經(jīng)優(yōu)化的晶面的表面，然后再進行優(yōu)化，得到能量Etot
                  Eads = Etot  - Emole - Eslab

  問題：1.  優(yōu)化時用幾何優(yōu)化這個任務(wù)嗎？

         2. 能量是幾何優(yōu)化后的out文件中的能量嗎？還是接著優(yōu)化過的構(gòu)型算能量任務(wù)？

         3. 我用FIND在out文件找能量，發(fā)現(xiàn)有很多而且很多都是重復(fù)的能量，那么哪一個是我要的呢？有沒有標(biāo)識呀？

         4. 我用dmol3可以算分子的幾何優(yōu)化，可是castep就不可以了，怎么才可以優(yōu)化這個分子呀？我想不可能給分子加一個晶胞吧...

         先提這么多問題吧，希望有人能夠耐心解決下哈，非常感謝...

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1樓 2011-01-06 21:43:02

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cg陳

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2樓2011-01-07 19:20:37

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niliu

鐵桿木蟲 (著名寫手)

★ ★
cg陳(金幣+10):恩謝謝 2011-01-07 20:19:45
gzqdyouxia(金幣+2):謝謝提示 2011-01-07 20:25:40

引用回帖:

Originally posted by cg陳 at 2011-01-06 21:43:02:
問題：1.  優(yōu)化時用幾何優(yōu)化這個任務(wù)嗎？

         2. 能量是幾何優(yōu)化后的out文件中的能量嗎？還是接著優(yōu)化過的構(gòu)型算能量任務(wù)？

         3. 我用FIND在out文件找能量，發(fā)現(xiàn)有很多而且很多都是重復(fù)的能量，那么哪一個是我要的呢？有沒有標(biāo)識呀？

         4. 我用dmol3可以算分子的幾何優(yōu)化，可是castep就不可以了，怎么才可以優(yōu)化這個分子呀？我想不可能給分子加一個晶胞吧

1. 是用幾何優(yōu)化。

2. 就在幾何優(yōu)化的out文件中找能量。

3. Press CTRL + F and search for Final Enthalpy. Note down the value that appears in that line.

4. 確實要加一個周期性格子才能算小分子。

具體可參見軟件自帶的Tutorials Adsorption of CO onto a Pd(110) Surface

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3樓2011-01-07 19:46:01

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cg陳

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引用回帖:

Originally posted by niliu at 2011-01-07 19:46:01:

1. 是用幾何優(yōu)化。

2. 就在幾何優(yōu)化的out文件中找能量。

3. Press CTRL + F and search for Final Enthalpy. Note down the value that appears in that line.

4. 確實要加一個周期性格子才 ...

謝謝你的耐心解答

  我在問一下： 1.task中的energy 有什么用呢？不也是用來計算能量的嘛？

                  2. 加一個周期性格子，難道是用build中的crystal,建立個晶胞嗎
                     然后將分子放到里面？

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4樓2011-01-07 20:29:46

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niliu

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★ ★
cg陳(金幣+5):謝謝 2011-01-07 20:46:54
sunyang1988(金幣+2):謝謝指點 2011-01-07 20:48:07

引用回帖:

Originally posted by cg陳 at 2011-01-07 20:29:46:

  謝謝你的耐心解答

  我在問一下： 1.task中的energy 有什么用呢？不也是用來計算能量的嘛？

                  2. 加一個周期性格子，難道是用build中的crystal,建立個晶 ...

1. task中的energy 失算能量，當(dāng)不需要幾何優(yōu)化時就直接用它。如果你在幾何優(yōu)化后用它算一次能量也可以，不過與幾何優(yōu)化的最終能量是相同的。

2. 是的。

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5樓2011-01-07 20:42:49

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guolianshun

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吸附是不是原子距離達到就自動成鍵��？

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6樓2011-03-31 17:40:43

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leachmond

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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖

上面說的“然后將優(yōu)化后的分子放到也已經(jīng)優(yōu)化的晶面的表面”，兩者之間的距離一般設(shè)為多少合適？

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7樓2012-03-03 23:48:55

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引用回帖:

7樓: Originally posted by leachmond at 2012-03-03 23:48:55:
上面說的“然后將優(yōu)化后的分子放到也已經(jīng)優(yōu)化的晶面的表面”，兩者之間的距離一般設(shè)為多少合適？

這個距離不用管，它會自己優(yōu)化的，只有剛好讓分子和表面成鍵就可以了

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8樓2012-03-04 09:47:54

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匿名

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9樓2013-11-14 21:41:52

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堇兮

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8樓: Originally posted by nan1026feng at 2012-03-04 09:47:54
這個距離不用管，它會自己優(yōu)化的，只有剛好讓分子和表面成鍵就可以了...

你好，我想問1下，優(yōu)化需要勾選optimize cell嗎？

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10樓2017-04-01 18:30:36

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