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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 量子化學 » Gaussian » 【討論】奇怪的分子軌道圖
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ZJboy木蟲 (著名寫手)
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[交流]
【討論】奇怪的分子軌道圖 已有9人參與
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各位有沒有試過用GV讀取formchk文件作分子軌道圖時，有時得到一些很奇怪的圖的現(xiàn)象？如果有的話，不妨討論一下。還是說，各位總是能得到合理的分子軌道圖？ [ Last edited by zhou2009 on 2011-1-15 at 09:10 ] |
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7樓2011-01-25 22:13:50
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yjcmwgk(金幣+10): 2011-01-30 10:54:39
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yjcmwgk(金幣+10): 2011-01-30 10:54:39
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GV總是一是一、二是二忠實于于你提供的計算結果數(shù)據(jù)的。 GV有時得到一些很奇怪的圖的現(xiàn)象，所謂很奇怪的圖無非是出乎自己意料。 它表明了兩種可能： 一種可能是在什么地方有失誤，包含GV運用上的失誤。有時我作密度差時，得到的結果完全出乎意料，經(jīng)過仔細查找，總能找到失誤所在，改過來就好了。 另一種可能是，這種圖形出乎意料，提供了意料之外的信息，我們必須重新認識它、解析它，是新知的起點，從而有所發(fā)現(xiàn)、有所前進。 |
8樓2011-01-26 10:08:04
ZJboy
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yjcmwgk(金幣+10): 2011-01-30 10:55:25
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當然，上面只是從MO或者ρ說的，你計算出什么cube，GV就給你忠實地畫出來。 但是對于用球-鍵來表示分子的成鍵鍵型時，GV只從原子距離來判斷，對于恰好處在某種鍵長范疇邊緣時，對鍵的有無可能出現(xiàn)失誤。 特別是由于沒有考慮電子數(shù)目，可能對芳環(huán)判斷、表達失誤。 如對于卟吩，其中相對的兩個吡咯環(huán)N上帶H，有6個電子共軛是芳環(huán)。另外相對的兩個吡咯環(huán)N上不帶H，只有5個電子共軛不是芳環(huán)。當指定用球-鍵型（Ball & Bond Type）來表示時，GV會根據(jù)原子距離來判斷，畫出卟吩中4個吡咯環(huán)是等同的芳環(huán)。要特別小心，作圖時需要手動操作改正過來。 |
10樓2011-01-27 09:20:07
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