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夢(mèng)想起飛銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】細(xì)菌基因組的單酶切問(wèn)題 已有2人參與
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各位蟲(chóng)友，我最近做了好幾次梭菌全基因組的單酶切，跑的電泳條帶覺(jué)得不對(duì)勁，大家?guī)臀铱纯窗�，多謝蟲(chóng)友們啦！下邊我說(shuō)說(shuō)具體情況。首先按照CTAB法提取了細(xì)菌的基因組DNA，1%瓊脂糖電泳檢測(cè)，然后0.8%瓊脂糖切膠回收，試劑盒純化，1%瓊脂糖檢測(cè)純化產(chǎn)物。然后按照如下體系進(jìn)行酶切：第一次：BamH 1 1ul，10*buffer 3 5ul，DNA 20ul ，ddH2O 24ul，總體系50ul。第二次：BamH 1 0.5ul，10*buffer3 3ul，DNA 10ul ，ddH2O 16.5ul，總體系30ul。第三次：Pme 1 1ul，10*buffer4 3ul，DNA 8ul ，100*BSA 0.3ul，ddH2O 17.7ul，總體系30ul。都是37度酶切5小時(shí)或者以上。然后1%瓊脂糖電泳檢測(cè)，圖片在附件中。marker用的是2-log。圖片中的帶狀都是DNA的位置開(kāi)始向下一抹彌散。這是怎么造成的呢？老師說(shuō)圖片應(yīng)該是兩種情況，要么是整個(gè)泳道彌散狀，要么是幾條帶。我怎么跑出來(lái)是一點(diǎn)彌散呢？ |
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5樓2011-01-18 16:17:47
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rainwander(金幣+2): 鼓勵(lì)積極參與交流~~~ 2011-01-17 22:52:53
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Bam HI 是比較好用的酶，道理上是比較好切的，5h應(yīng)該可以徹底酶切。 可以考慮：換一種酶看看，比如 Hind III，如果這個(gè)酶能切開(kāi)的話(huà)，那可能是BamHI 酶有問(wèn)題或者這個(gè)基因組中的BamHI切點(diǎn)比較稀少。 盡量用大一點(diǎn)的體系，能用50不用30； 做個(gè)DNA量的梯度，20ul， 10ul， 5ul。 不妨試試過(guò)夜酶切。 |
2樓2011-01-16 21:43:23
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3樓2011-01-17 22:11:12
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4樓2011-01-17 22:17:06
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