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【分享】人細胞中具有類增強子功能的長非編碼RNAs
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Long NoncodingRNAs with Enhancer-like Function in Human Cells 人細胞中具有類增強子功能的長非編碼RNAs Ulf Andersson Ørom, Thomas Derrien, Malte Beringer, Kiranmai Gumireddy, Alessandro Gardini, Giovanni Bussotti, Fan Lai, Matthias Zytnicki, Cedric Notredame, Qihong Huang, Roderic Guigo, and Ramin Shiekhattar The Wistar Institute, 3601 Spruce Street, Philadelphia, PA 19104, USA Centre forGenomicRegulation(CRG), UPF, Barcelona, Spain Institucio´Catalana de Recerca i Estudis Avanc¸ ats (ICREA), Barcelona, Spain Cell, Volume 143, Issue 1, 46-58, 1 October 2010 摘要：While the long noncoding RNAs (ncRNAs) constitute a large portion of the mammalian transcriptome, their biological functions has remained elusive. A few long ncRNAs that have been studied in any detail silence gene expression in processes such as X-inactivation and imprinting. We used a GENCODE annotation of the human genome to characterize over a thousand long ncRNAs that are expressed in multiple cell lines. Unexpectedly, we found an enhancer-like function for a set of these long ncRNAs in human cell lines. Depletion of a number of ncRNAs led to decreased expression of their neighboring protein-coding genes, including the master regulator of hematopoiesis, SCL (also called TAL1), Snai1 and Snai2. Using heterologous transcription assays we demonstrated a requirement for the ncRNAs in activation of gene expression. These results reveal an unanticipated role for a class of long ncRNAs in activation of critical regulators of development and differentiation. 1. 長的非編碼RNAs作為哺乳動物轉(zhuǎn)錄組的很大一部分，其功能尚不清楚。 2. 經(jīng)過細致研究，發(fā)現(xiàn)一些長的ncRNAs能夠使基因沉默，例如在X染色體失活和基因印記過程中。 3. 基于人類基因組的GENCODE注釋，我們發(fā)現(xiàn)了1000多條長的非編碼RNAs在多個細胞系中有表達。 4. 我們發(fā)現(xiàn)了一組具有類增強子功能的長的ncRNAs。 5. 除去一些ncRNAs后，其相鄰的蛋白質(zhì)編碼基因的表達降低。 6. 有些基因表達的激活需要ncRNAs的參與 7. 長的ncRNAs在與發(fā)育和分化相關(guān)的關(guān)鍵調(diào)控子的轉(zhuǎn)錄激活過程中，具有重要的作用。 更多資料請登錄www.bioknow.cn |
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