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[交流]
【求助】選取the water molecules inside the channels to maintain the structural s 已有2人參與
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這是pdb文件（在附件中）： 在產(chǎn)生psf文件前，我不太清楚怎樣選取通道中的水分子，我自己選了一下，大家看一下我選的對不對，期待大家的指點，先謝謝了： 之前我是利用替換矩陣的方法構(gòu)建了一個四聚體為1YMG-all.pdb mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and resid 524 579 417 433 447 448 453 462 469 470 477 480 490 491 492 493 501 507 513 515 518 519 520 522 523 529 531 532 539 542 544 546 551 553 558 559 562 563 564 566 567 569 572 573 576 578 581"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } 或者： mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 12.14 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } |
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2樓2011-02-16 09:23:00
3樓2011-02-16 09:32:57
4樓2011-02-16 11:48:34
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6樓2011-02-16 15:01:25
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zh1987hs(金幣+5): 鼓勵以上自己解決問題 2011-02-18 22:51:01
zh1987hs(金幣+5): 鼓勵以上自己解決問題 2011-02-18 22:51:01
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已解決，單獨生成所需水的pdb文件和蛋白的pdb文件（因為沒有金屬離子等），然后合并這兩個pdb文件即可。 生成所需水的pdb文件小腳本： mol load pdb 1YMG.pdb set model [atomselect top "water and (resid 411 or resid 415 or resid 455 or resid 426 or resid 407 or resid 426)"] $model writepdb wat.pdb exit |
7樓2011-02-16 15:03:48
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