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[交流]
【求助】選取the water molecules inside the channels to maintain the structural s 已有2人參與
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這是pdb文件（在附件中）： 在產(chǎn)生psf文件前，我不太清楚怎樣選取通道中的水分子，我自己選了一下，大家看一下我選的對(duì)不對(duì)，期待大家的指點(diǎn)，先謝謝了： 之前我是利用替換矩陣的方法構(gòu)建了一個(gè)四聚體為1YMG-all.pdb mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and resid 524 579 417 433 447 448 453 462 469 470 477 480 490 491 492 493 501 507 513 515 518 519 520 522 523 529 531 532 539 542 544 546 551 553 558 559 562 563 564 566 567 569 572 573 576 578 581"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } 或者： mol load pdb 1YMG-all.pdb foreach S { A B C D } { set seg [atomselect top "segname $S and chain A"] $seg writepdb seg$S.pdb $seg delete } foreach S { A B C D } { set wat [atomselect top "segname $S and resname HOH and within 12.14 of chain A"] $wat writepdb crystwat$S.pdb $wat delete } |
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3樓2011-02-16 09:32:57
qphll
金蟲 (正式寫手)
- 模擬EPI: 10
- 應(yīng)助: 18 (小學(xué)生)
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- 專業(yè): 碳素材料與超硬材料
2樓2011-02-16 09:23:00
4樓2011-02-16 11:48:34
5樓2011-02-16 12:35:13
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