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[交流]
【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?
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| 各位，請教一個問題，我使用NAMD做分子動力學(xué)計算，希望能使用AMBER力場，但在生成AMBER的構(gòu)型和力場文件時總是不順利，而我現(xiàn)在有現(xiàn)成的psf文件，我想直接使用來自AMBER的力場參數(shù)然后寫CHARMM格式的力場文件，當然這些參數(shù)根據(jù)兩個力場使用的公式不同進行了轉(zhuǎn)化，我這樣處理合理嗎？接下來的計算會有什么問題？真誠請教 |
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2樓2011-02-22 01:11:03
★ ★ ★
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-02-22 16:02:17
abin007(金幣+2): 2011-02-22 16:38:09
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-02-22 16:02:17
abin007(金幣+2): 2011-02-22 16:38:09
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倒是沒有大的問題, 有些細節(jié)是要注意的, 比如1-4scaling namd 是可以直接調(diào)用amber 力場的, 方法參考 http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html |
3樓2011-02-22 09:00:07
4樓2011-02-22 10:06:25
★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
月只藍: 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-05-30 19:13:08
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
月只藍: 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-05-30 19:13:08
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您好，有個問題想問您一下，我現(xiàn)在也正在做amber2charmm的轉(zhuǎn)換，比例關(guān)系是將amber網(wǎng)站上的力場包和charmm力場包里的amber2charmm進行了比較，發(fā)現(xiàn)比例關(guān)系都是1:1，但是這樣轉(zhuǎn)換過來后，生成的鍵長鍵角參數(shù)有些不對勁，我注意到您提到了1-4scaling，是不是我的比例出錯了，能否具體告訴我一下是哪些的比例不是一比一呢？（角，鍵，二面角，非正常）？ |
5樓2014-05-20 21:14:12
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