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[交流]
【求助】各位高手膜的尺寸是怎樣估算出來的??(已解決) 已有2人參與
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各位高手膜的尺寸是怎樣估算出來的??先謝了,F(xiàn)在人在外面,可老想著這個事 vmd user guide 也看不起來。 我產(chǎn)生膜的程序: package require membrane membrane -1 -x 30 -y 40 -o mem 可我不知道這個30 40 是怎么得到的?? 怎樣根據(jù)我上一步產(chǎn)生的psf pdb估測出膜的尺寸?? [ Last edited by nufang19a on 2011-2-26 at 01:55 ] |
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在vmd user guide中解釋measure: minmax selection: Returns two vectors, the rst containing the minimum x, y, and z coor- dinates of all atoms in selection, and the second containing the corresponding maxima. 那么我使用vmd先加載沒有加水的aqp1.psf aqp1.pdb 然后set sel [atomselect top all] measure minmix $sel 會得到【-38.243 17.022 16.185】【38.243 93.509 70.221】 有經(jīng)驗者說產(chǎn)生的膜矩形的邊長應比蛋白質(zhì)xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形。那么38.243 93.509是不是xy方向的最大尺寸呢?? |
木蟲 (著名寫手)
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