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[交流]
【求助】各位高手膜的尺寸是怎樣估算出來的？？(已解決) 已有2人參與
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各位高手膜的尺寸是怎樣估算出來的？？先謝了�，F(xiàn)在人在外面，可老想著這個事 vmd user guide 也看不起來。 我產(chǎn)生膜的程序： package require membrane membrane -1 -x 30 -y 40 -o mem 可我不知道這個30 40 是怎么得到的？？ 怎樣根據(jù)我上一步產(chǎn)生的psf pdb估測出膜的尺寸？？ [ Last edited by nufang19a on 2011-2-26 at 01:55 ] |
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wally8962
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2樓2011-02-23 14:44:28
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在vmd user guide中解釋measure： minmax selection: Returns two vectors, the rst containing the minimum x, y, and z coor- dinates of all atoms in selection, and the second containing the corresponding maxima. 那么我使用vmd先加載沒有加水的aqp1.psf aqp1.pdb 然后set sel [atomselect top all] measure minmix $sel 會得到【-38.243 17.022 16.185】【38.243 93.509 70.221】 有經(jīng)驗者說產(chǎn)生的膜矩形的邊長應(yīng)比蛋白質(zhì)xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形。那么38.243 93.509是不是xy方向的最大尺寸呢？？ |
3樓2011-02-25 09:36:08
4樓2011-02-25 09:37:32
5樓2011-02-25 10:08:47
6樓2011-02-25 11:15:11
wally8962
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7樓2011-02-25 12:01:22
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“如果你只是想為你的蛋白質(zhì)配一個合適大小的膜，“有經(jīng)驗者說產(chǎn)生的膜矩形的邊長應(yīng)比蛋白質(zhì)xy方向的最大尺寸大30-40埃的正方形”是有道理的，因為一般情況下你不希望蛋白質(zhì)和其鏡像有相互作用，膜大一點一般沒什么問題，但是會加大計算量。measure minmax 給出的是各個方向的最小和最大坐標(biāo)，對于規(guī)則的方盒子你可以理解為左下角和右上角，但對于蛋白質(zhì)這種不規(guī)則形狀就不是了。最大尺寸應(yīng)該是x2-x1,y2-y1得到的值，你可以把蛋白質(zhì)適當(dāng)?shù)霓D(zhuǎn)一轉(zhuǎn)，讓這兩個值盡量小一點。你似乎把尺寸和坐標(biāo)搞混了。 ”這是其他同學(xué)給的意見 這里的x2 x1,y2 y1是怎么的來的？？ [ Last edited by nufang19a on 2011-2-25 at 15:24 ] |
8樓2011-02-25 15:11:11
9樓2011-02-25 16:12:54
wally8962
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10樓2011-02-25 20:02:53
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